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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5nb2 | |||||||||
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タイトル | Crystal structures of homooligomers of collagen type IV. alpha2NC1 | |||||||||
![]() | Collagen alpha-2(IV) chain | |||||||||
![]() | STRUCTURAL PROTEIN / Non-collagenous domain of collagen type IV. A principal structural component of basement membranes | |||||||||
機能・相同性 | ![]() collagen type IV trimer / Anchoring fibril formation / Crosslinking of collagen fibrils / glomerular basement membrane development / Collagen chain trimerization / Extracellular matrix organization / extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength / Collagen biosynthesis and modifying enzymes / Laminin interactions / collagen-activated tyrosine kinase receptor signaling pathway ...collagen type IV trimer / Anchoring fibril formation / Crosslinking of collagen fibrils / glomerular basement membrane development / Collagen chain trimerization / Extracellular matrix organization / extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength / Collagen biosynthesis and modifying enzymes / Laminin interactions / collagen-activated tyrosine kinase receptor signaling pathway / Signaling by PDGF / NCAM1 interactions / Scavenging by Class A Receptors / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / extracellular matrix structural constituent / endodermal cell differentiation / Collagen degradation / Non-integrin membrane-ECM interactions / basement membrane / ECM proteoglycans / Integrin cell surface interactions / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / negative regulation of angiogenesis / extracellular matrix organization / response to activity / angiogenesis / collagen-containing extracellular matrix / molecular adaptor activity / endoplasmic reticulum lumen / DNA-templated transcription / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Casino, P. / Marina, A. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structures of collagen IV globular domains: insight into associated pathologies, folding and network assembly. 著者: Casino, P. / Gozalbo-Rovira, R. / Rodriguez-Diaz, J. / Banerjee, S. / Boutaud, A. / Rubio, V. / Hudson, B.G. / Saus, J. / Cervera, J. / Marina, A. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 149.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 118.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 431.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 434.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25114.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P08572 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.62 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 22% polyvinylpyrrolidone K15, 0.1M Na2SO4 and Mes pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月25日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.5→112.809 Å / Num. all: 18124 / Num. obs: 18124 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.2 % / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.137 / Rsym value: 0.134 / Net I/av σ(I): 4.5 / Net I/σ(I): 24.1 / Num. measured all: 456608 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1LI1 解像度: 2.5→112.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.912 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 22.318 / SU ML: 0.257 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.427 / ESU R Free: 0.287 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 120.09 Å2 / Biso mean: 62.084 Å2 / Biso min: 30 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.5→112.81 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.565 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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