+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3lw9 | ||||||
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Title | Structure of a Cytoplasmic Domain of Salmonella InvA | ||||||
Components | Invasion protein invA | ||||||
Keywords | PROTEIN TRANSPORT / inva / type III secretion / salmonella / virulence / bacterial pathogenesis / Cell inner membrane / Cell membrane / Membrane / Transmembrane / Transport | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.85 Å | ||||||
Authors | Stebbins, C.E. / Lilic, M. / Quezada, C.M. | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.D / Year: 2010 Title: A conserved domain in type III secretion links the cytoplasmic domain of InvA to elements of the basal body. Authors: Lilic, M. / Quezada, C.M. / Stebbins, C.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3lw9.cif.gz | 150.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3lw9.ent.gz | 126.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3lw9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lw/3lw9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lw/3lw9 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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4 |
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Unit cell |
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Details | Dimer in the asymmetric unit |
-Components
#1: Protein | Mass: 19840.961 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (bacteria) Gene: invA, STM2896 / Plasmid: pCDFDuet-1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P0A1I3 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.88 Å3/Da / Density % sol: 57.24 % |
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Crystal grow | Temperature: 296 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: For crystallization, InvA (356-525) was concentrated to 25mg/ml in a buffer containing 25mM Tris pH 8.0, 200mM NaCl, 2mM DTT. Crystals were grown by vapor diffusion using hanging drops ...Details: For crystallization, InvA (356-525) was concentrated to 25mg/ml in a buffer containing 25mM Tris pH 8.0, 200mM NaCl, 2mM DTT. Crystals were grown by vapor diffusion using hanging drops formed from mixing a 1:1 volume ratio of InvA (356-525) protein with an equilibration buffer consisting of 1.6M Ammonium sulfate, 0.1M MES pH 7.0, 8% Dioxane at 230C. , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 113 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X29A / Wavelength: 0.979 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Date: Mar 26, 2009 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 7.6 % / Av σ(I) over netI: 29.28 / Number: 573512 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Χ2: 1.04 / D res high: 1.85 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 75386 / % possible obs: 99.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 1.85→50 Å / Num. obs: 75386 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Χ2: 1.039 / Net I/σ(I): 13.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.85→19.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 6.802 / SU ML: 0.093 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.129 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 64.81 Å2 / Biso mean: 29.416 Å2 / Biso min: 13.23 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.85→19.29 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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