+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3cw0 | ||||||
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Title | E.coli DmsD | ||||||
Components | Twin-arginine leader-binding protein dmsD | ||||||
Keywords | CHAPERONE / DmsD / Alpha-helices / Membrane | ||||||
Function / homology | Function and homology information signal sequence binding / chaperone-mediated protein folding / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli K-12 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.4 Å | ||||||
Authors | Ramasamy, S. / Clemons, W. | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.F / Year: 2009 Title: Structure of the twin-arginine signal-binding protein DmsD from Escherichia coli. Authors: Ramasamy, S.K. / Clemons, W.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3cw0.cif.gz | 177.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3cw0.ent.gz | 142.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3cw0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/3cw0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/3cw0 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 23721.865 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli K-12 (bacteria) / Gene: dmsD, ynfI / Plasmid: pET33b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 (DE3) / References: UniProt: P69853 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.63 Å3/Da / Density % sol: 53.19 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 1M Ammonium sulphate, 0.1M HEPES, 0.5% PEG8K, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL9-2 / Wavelength: 1.54 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Date: Jan 5, 2008 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Double crystal monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.3→97.59 Å / Num. obs: 55317 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 11.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.4→88.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 17.157 / SU ML: 0.174 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.398 / ESU R Free: 0.251 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 11.112 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→88.4 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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