PDB-5n86: Crystal structure of FAS1 domain of hyaluronic acid receptor stab...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5n86

タイトル

Crystal structure of FAS1 domain of hyaluronic acid receptor stabilin-2

要素

Stabilin-2

キーワード

CELL ADHESION / FAS1 domain / hyaluronic acid receptor / stabilin-2 / Stab2

機能・相同性

機能・相同性情報

Scavenging by Class H Receptors / Hyaluronan uptake and degradation / hyaluronic acid binding / hyaluronan catabolic process / low-density lipoprotein particle receptor activity / low-density lipoprotein particle binding / scavenger receptor activity / protein-disulfide reductase activity / receptor-mediated endocytosis / endocytosis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.484 Å

データ登録者

Twarda-Clapa, A. / Labuzek, B. / Grudnik, P. / Dubin, G. / Holak, T.A.

資金援助

ポーランド, 2件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of the FAS1 domain of the hyaluronic acid receptor stabilin-2.
著者: Twarda-Clapa, A. / Labuzek, B. / Krzemien, D. / Musielak, B. / Grudnik, P. / Dubin, G. / Holak, T.A.

履歴

登録	2017年2月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年6月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年7月11日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5n86.cif.gz	177.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5n86.ent.gz	142.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5n86.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n8/5n86 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n8/5n86	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1o70S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1p0z-9 6ck8-2 1qfo-2 5vm0-1 1p0z-5 1p0z-3 2k54-d 4f2c-d 3by8-d 2ox8-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (5) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (3) #232 - 2019年4月タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals) 類似性 (2) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (2) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#75 - 2006年3月
組織因子 (Tissue Factor)
類似性 (5)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (3)
#232 - 2019年4月
タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals)
類似性 (2)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (2)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#69 - 2005年9月
コレラ毒素 (Cholera Toxin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Stabilin-2

B: Stabilin-2

31.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Stabilin-2

登録者が定義した集合体
15.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Stabilin-2

登録者が定義した集合体
15.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.740, 55.830, 87.520
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Stabilin-2 / FAS1 EGF-like and X-link domain-containing adhesion molecule 2 / Fasciclin / EGF-like / laminin- ...FAS1 EGF-like and X-link domain-containing adhesion molecule 2 / Fasciclin / EGF-like / laminin-type EGF-like and link domain-containing scavenger receptor 2 / FEEL-2 / Hyaluronan receptor for endocytosis 分子量: 15725.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STAB2, FEEL2, FELL, FEX2, HARE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8WWQ8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 361 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Stabilin-2 / FAS1 EGF-like and X-link domain-containing adhesion molecule 2 / Fasciclin / EGF-like / laminin- ...

分子量: 15725.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STAB2, FEEL2, FELL, FEX2, HARE / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8WWQ8

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 361 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.03 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 0.8 M sodium/potassium tartrate, 0.5% PEG 5000 MME

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月6日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.484→47.069 Å / Num. obs: 40147 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.7 % / B_iso Wilson estimate: 12.52 Å² / R_pim(I) all: 0.038 / R_rim(I) all: 0.094 / R_sym value: 0.085 / Net I/av σ(I): 4.7 / Net I/σ(I): 10.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	% possible all
1.484-1.56	5.9	0.183	3.2	0.082	0.201	0.183	100
1.56-1.66	5.6	0.143	4.9	0.066	0.158	0.143	99.8
1.66-1.77	5.7	0.128	5.2	0.057	0.14	0.128	99.5
1.77-1.92	5.8	0.116	5.2	0.052	0.128	0.116	99.9
1.92-2.1	5.3	0.109	3.8	0.051	0.121	0.109	99.7
2.1-2.35	5.9	0.094	6.3	0.042	0.103	0.094	100
2.35-2.71	5.5	0.086	7.4	0.039	0.095	0.086	99.4
2.71-3.32	6.1	0.079	8.3	0.034	0.087	0.079	100
3.32-4.69	5.4	0.073	8.7	0.034	0.081	0.073	99.7
4.69-48.74	5.4	0.068	7.9	0.031	0.075	0.068	99.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		data processing
SCALA	3.3.21	データスケーリング
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
MOLREP		位相決定
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
MOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1O70

1o70

解像度: 1.484→47.069 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 15.63

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1717	2010	5.02 %
R_work	0.1451	-	-
obs	0.1464	40073	99.56 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 67.1 Å² / B_iso mean: 19.0661 Å² / B_iso min: 3.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.484→47.069 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2145	0	0	361	2506
B_iso mean	-	-	-	29.8	-
残基数	-	-	-	-	279

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2256
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.013	3080
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	361
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	404
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.792	820

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.4836-1.5207	0.213	128	0.1693	2669	2797	100
1.5207-1.5618	0.1956	141	0.1613	2684	2825	100
1.5618-1.6078	0.1815	145	0.1506	2663	2808	100
1.6078-1.6597	0.1887	137	0.1524	2689	2826	100
1.6597-1.719	0.1877	147	0.1527	2674	2821	99
1.719-1.7878	0.177	147	0.1482	2694	2841	100
1.7878-1.8692	0.188	138	0.1513	2713	2851	100
1.8692-1.9678	0.2014	142	0.1518	2694	2836	100
1.9678-2.091	0.1684	161	0.1483	2679	2840	99
2.091-2.2525	0.1546	132	0.1323	2750	2882	100
2.2525-2.4792	0.1674	145	0.1328	2715	2860	100
2.4792-2.8378	0.1703	126	0.1393	2765	2891	99
2.8378-3.5752	0.1635	153	0.1379	2776	2929	100
3.5752-47.0923	0.1616	168	0.1502	2898	3066	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8044	-1.1453	-0.7288	5.9381	-2.2157	3.1894	0.0787	0.062	0.1849	-0.2674	-0.08	-0.3439	-0.1771	0.2642	-0.0539	0.1162	-0.0182	0.0322	0.1238	0.0086	0.1096	16.8643	4.1463	2.7503
2	0.796	-0.1317	-0.1246	1.4528	-0.3263	0.9104	0.0445	0.2161	0.0252	-0.249	0.0815	0.0614	-0.1181	-0.138	-0.0944	0.174	0.0162	0.0017	0.1586	0.0132	0.1008	6.6803	3.7512	-3.4452
3	1.1971	-0.2988	-0.3805	0.7804	-0.526	1.8314	0.0585	0.1195	0.0861	-0.2006	0.0107	0.0615	-0.05	-0.1545	-0.0523	0.101	0.0115	-0.0041	0.1123	0.0059	0.0901	6.7805	2.1088	4.2661
4	1.5292	-0.109	1.3476	1.0619	0.5466	2.6606	-0.0812	-0.0032	0.3126	-0.2266	0.0193	0.0292	-0.5571	-0.213	0.0928	0.1443	0.0404	0.0115	0.1504	0.0126	0.1442	3.2676	9.5688	7.38
5	0.2316	-0.2635	-0.01	0.3412	-0.0067	0.008	-0.2399	-0.142	-0.0065	0.1057	0.0051	-0.074	0.2332	-0.4695	0.1097	0.2175	-0.0561	0.0517	0.2664	-0.0575	0.1431	6.0057	10.5364	22.4515
6	0.7863	0.143	0.704	1.4244	-0.6786	3.4771	0.2256	-0.1843	0.2547	-0.0148	-0.0662	0.241	-0.4889	-0.1999	-0.159	0.1455	0.0583	0.0372	0.2328	-0.0328	0.168	-1.3652	9.4826	14.4469
7	1.2484	-0.5068	0.9658	0.4897	-0.3869	0.7385	-0.2862	-0.4254	0.182	0.6029	-0.1843	-0.6915	-0.2836	-0.1004	0.3673	0.3005	-0.0321	-0.1161	0.3239	0.0354	0.3064	7.0782	1.4012	27.7868
8	0.5915	-0.3135	0.1985	0.7649	0.1262	1.4086	0.1022	-0.121	0.1066	0.0887	-0.0546	-0.0107	-0.1411	0.0095	-0.0385	0.0766	-0.0098	-0.0008	0.0995	-0.0084	0.0977	10.2431	4.2036	13.2325
9	3.8007	-2.6065	0.5683	3.6019	0.2048	0.9198	-0.0099	-0.0183	-0.2446	-0.1181	0.1578	0.5121	0.0718	-0.4467	-0.1112	0.0813	0.0027	-0.0148	0.1899	0.017	0.161	-2.5914	-0.3497	9.3504
10	1.4984	-0.0939	-0.0554	1.5049	-0.4424	0.7597	-0.016	-0.1045	-0.0703	0.0937	0.0308	0.1501	0.0543	-0.1459	0.0128	0.0767	-0.0075	0.0014	0.0906	0.0099	0.0951	12.3508	-17.0615	21.594
11	0.4181	0.0309	0.4751	0.0073	0.105	1.7638	0.0902	0.2127	-0.509	-0.1846	-0.0076	0.2333	0.9711	0.1286	0.0389	0.3664	-0.0073	-0.0008	0.1627	-0.032	0.2613	17.5414	-29.1626	11.1112
12	0.9854	0.2319	-0.1351	0.7594	-1.2476	2.4274	0.0153	-0.2362	0.0168	0.5439	-0.0946	-0.1503	-0.2645	0.1274	0.0272	0.1202	0.002	-0.0147	0.1052	-0.0052	0.0822	22.7403	-14.1426	22.5851
13	1.3513	-0.008	0.3597	2.3019	-0.5934	1.7951	-0.031	-0.0505	0.0081	0.0354	-0.0008	-0.1674	-0.1115	0.1006	-0.0159	0.073	-0.0065	-0.0031	0.0856	0.0028	0.1049	30.406	-11.2246	17.1704
14	1.2221	-0.2336	-0.2388	0.9649	0.5005	1.1311	0.0564	0.0775	-0.0197	-0.1625	0.0084	-0.1155	0.0184	0.0426	-0.0679	0.0858	0.0074	0.0061	0.051	0.0039	0.074	24.8022	-14.0485	9.467

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 11 )	A	1 - 11
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 12 through 38 )	A	12 - 38
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 39 through 62 )	A	39 - 62
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 63 through 77 )	A	63 - 77
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 78 through 85 )	A	78 - 85
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 86 through 100 )	A	86 - 100
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 101 through 112 )	A	101 - 112
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 113 through 132 )	A	113 - 132
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 133 through 139 )	A	133 - 139
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 0 through 50 )	C	0 - 50
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 51 through 62 )	C	51 - 62
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 63 through 77 )	C	63 - 77
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 78 through 101 )	C	78 - 101
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 102 through 139 )	C	102 - 139

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)