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- PDB-5mx4: Crystal structure of H. pylori purine nucleoside phosphorylase fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mx4
タイトルCrystal structure of H. pylori purine nucleoside phosphorylase from clinical isolate HpPNP-1
要素Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
キーワードTRANSFERASE / purine nucleoside phosphorylase / clinical isolate / Helicobacter pylori / dead-end-complex
機能・相同性
機能・相同性情報


uridine phosphorylase / uridine phosphorylase activity / nucleoside catabolic process / purine-nucleoside phosphorylase activity
類似検索 - 分子機能
Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type / Nucleoside phosphorylase, conserved site / Purine and other phosphorylases family 1 signature. / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HYPOXANTHINE / PHOSPHATE ION / Uridine phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori R018c (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Stefanic, Z.
資金援助 クロアチア, 2件
組織認可番号国
Croatian Science Foundation7423 クロアチア
FP7/2007-2013, Biostruct-X283570
引用ジャーナル: Int. J. Biol. Macromol. / 年: 2017
タイトル: Structural characterization of purine nucleoside phosphorylase from human pathogen Helicobacter pylori.
著者: Stefanic, Z. / Mikleusevic, G. / Luic, M. / Bzowska, A. / Lescic Asler, I.
履歴
登録2017年1月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月12日Group: Database references
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
B: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
C: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
D: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
E: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
F: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,1348
ポリマ－154,9036
非ポリマー2312
水15,403855
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21690 Å2
ΔGint-137 kcal/mol
Surface area45490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.190, 129.492, 156.019
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type / PNP


分子量: 25817.096 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Helicobacter pylori R018c (ピロリ菌) / 参照: UniProt: K2JXG0, purine-nucleoside phosphorylase
#2: 化合物 ChemComp-HPA / HYPOXANTHINE / ヒポキサンチン


分子量: 136.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4N4O
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 855 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.15 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2M MgCl2, 0.1M Tris-HCl pH 7.0, 10% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 0.9781 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9781 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.31→48.768 Å / Num. obs: 67351 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 28.1 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rrim(I) all: 0.083 / Χ2: 0.987 / Net I/σ(I): 16.81
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.31-2.450.2885.31104420.9480.31798
2.45-2.620.2047.47100310.9740.224100
2.62-2.820.1599.8193520.9810.17699.9
2.82-3.090.11213.686400.9890.12599.9
3.09-3.460.07819.678320.9950.08699.9
3.46-3.990.06326.2869030.9950.0799.2
3.99-4.880.04832.459230.9970.05399.6
4.88-6.860.04530.4446740.9970.0599.8
6.86-48.7680.03139.8627600.9980.03499.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB code 1k9s

1k9s


解像度: 2.31→48.768 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.37
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 3312 4.92 %
Rwork0.1799 --
obs0.1828 67351 99.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 89.8 Å2 / Biso mean: 30.8692 Å2 / Biso min: 11.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.31→48.768 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10812 0 15 855 11682
Biso mean--31.97 31.97 -
残基数----1398
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00811038
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.93914865
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0531709
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051868
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.036712
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2998-2.33260.3971730.28632575274899
2.3326-2.36740.31831280.24926682796100
2.3674-2.40440.28071200.209126462766100
2.4044-2.44380.29931290.195426402769100
2.4438-2.4860.26341280.185826522780100
2.486-2.53120.25071340.190326422776100
2.5312-2.57990.27821550.193826112766100
2.5799-2.63250.26151360.186626602796100
2.6325-2.68980.28041430.188626352778100
2.6898-2.75230.28451320.186426702802100
2.7523-2.82120.26441510.188726222773100
2.8212-2.89740.25571340.193926452779100
2.8974-2.98270.2471180.189727052823100
2.9827-3.07890.25361230.181926752798100
3.0789-3.18890.22021250.178126552780100
3.1889-3.31660.22461310.180926852816100
3.3166-3.46750.23051380.184526622800100
3.4675-3.65030.27211600.19572626278699
3.6503-3.87890.27431440.22772636278098
3.8789-4.17820.19041400.15262671281199
4.1782-4.59840.17591390.134327062845100
4.5984-5.26310.1851460.128127042850100
5.2631-6.62840.22621390.163427592898100
6.6284-48.79270.2011460.162128893035100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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