PDB-5muc: Crystal structure of the FimH lectin domain in complex with 1,5-A...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5muc

タイトル

Crystal structure of the FimH lectin domain in complex with 1,5-Anhydromannitol

要素

Protein FimH

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / FimH / UTI / lectin / carbohydrate / UPEC / bladder infection

機能・相同性

機能・相同性情報

pilus tip / mechanosensory behavior / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / pilus / cell-substrate adhesion / D-mannose binding / host cell membrane / cell adhesion
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Jakob, R.P. / Rabbani, S. / Ernst, B. / Maier, T.

引用

ジャーナル: Chemistry / 年: 2018
タイトル: KinITC-One Method Supports both Thermodynamic and Kinetic SARs as Exemplified on FimH Antagonists.
著者: Zihlmann, P. / Silbermann, M. / Sharpe, T. / Jiang, X. / Muhlethaler, T. / Jakob, R.P. / Rabbani, S. / Sager, C.P. / Frei, P. / Pang, L. / Maier, T. / Ernst, B.

履歴

登録	2017年1月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年2月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年7月4日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.2	2018年8月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title
改定 1.3	2018年9月12日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.2	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5muc.cif.gz	187.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5muc.ent.gz	153 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5muc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5muc_validation.pdf.gz	440.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5muc_full_validation.pdf.gz	440.2 KB	表示
XML形式データ	5muc_validation.xml.gz	16 KB	表示
CIF形式データ	5muc_validation.cif.gz	22.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mu/5muc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mu/5muc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5cjqS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4av4-d 6gtx-1 4x50-1 1tr7-1 3mcy-1 6gtx-3 5l4x-2 3mcy-3 6gty-1 4xo8-1 7ayn-4 7ayn-1 3zl2-d 5cgb-1 5jcr-2 3mcy-4 6g2s-8 4xo8-2 5fwr-8 5fs5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein FimH

B: Protein FimH

ヘテロ分子

34.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein FimH

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
17.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Protein FimH

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
17.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.382, 68.564, 95.687
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Protein FimH 分子量: 16916.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: fimH, b4320, JW4283 / プラスミド: pTRC99a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P08191
#2: 糖	ChemComp-AH2 / 1-deoxy-alpha-D-mannopyranose / 1,5-Anhydromannitol / 1-deoxy-alpha-D-mannose / 1-deoxy-D-mannose / 1-deoxy-mannose / 1,5-アンヒドロ-D-マンニト-ルタイプ: D-saccharide / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₅
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.33 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.6 M Ammoniumsulfat, 0.1 M Hepes 7.5, 1% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.87287 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.87287 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→47.843 Å / Num. obs: 12481 / % possible obs: 94.98 % / 冗長度: 4.8 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.0196 / Net I/σ(I): 6
反射シェル	解像度: 2.6→2.7 Å / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.79 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1322 / CC_1/2: 0.707 / % possible all: 96.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10pre_2131: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5CJQ

5cjq

解像度: 2.6→47.843 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.57 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2602	675	5.41 %
R_work	0.2346	-	-
obs	0.2361	12481	94.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→47.843 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2392	0	22	258	2672

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	2476
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.705	3406
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.885	1442
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	402
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	438

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.8007	0.3131	121	0.2999	2330	X-RAY DIFFRACTION	95
2.8007-3.0825	0.2843	157	0.2749	2337	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0825-3.5285	0.3009	134	0.2333	2370	X-RAY DIFFRACTION	97
3.5285-4.445	0.2411	131	0.1992	2252	X-RAY DIFFRACTION	90
4.445-47.8516	0.2128	132	0.2197	2517	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.051	0.1524	0.5774	0.6109	1.734	6.089	0.1271	-0.0144	0.2043	-0.0136	0.1873	-0.0528	-0.5297	0.1279	-0.2047	0.5301	-0.0562	0.063	0.3441	-0.0132	0.2755	-14.1194	-0.3842	8.717
2	0.4547	0.2463	1.3172	0.4944	0.6758	7.3447	-0.1419	0.0267	0.1255	-0.1668	0.1031	-0.053	-0.466	-0.2893	-0.0303	0.5806	0.0385	-0.0531	0.256	0.0342	0.2397	-22.5996	-1.234	0.2059
3	1.0194	-0.2136	2.0032	0.0596	-0.2289	7.627	0.021	-0.0531	-0.0706	0.1133	-0.1336	-0.0762	0.3454	0.2401	0.0198	0.5862	-0.1186	-0.0035	0.2751	-0.0074	0.1102	-18.1374	-11.4488	11.3218
4	1.6314	-1.2195	1.2934	2.7228	-2.4075	5.051	0.1906	0.1093	-0.1198	0.1049	0.0223	0.3536	0.3711	-0.3628	-0.1394	0.5562	-0.0482	0.0564	0.3266	-0.029	0.2035	-25.1272	-12.8637	6.8828
5	0.481	-0.1064	0.7118	0.2494	-0.5351	4.2618	-0.0215	-0.2066	0.0853	-0.0105	-0.0675	0.0348	-0.1374	-0.12	0.0263	0.6786	0.052	-0.0343	0.3495	0.0158	0.0596	-21.8532	-4.2461	10.7539
6	2.0821	0.7118	-3.5951	0.2539	-1.3475	7.6091	0.0516	-0.2467	-0.0586	0.3451	0.0107	-0.1662	0.174	0.8839	-0.0905	0.5205	-0.0422	0.0024	0.411	-0.027	0.1789	-6.6254	-3.472	22.9669
7	1.3007	0.2852	1.5346	0.6662	0.7625	4.9878	0.0588	0.137	-0.1585	-0.0312	0.0785	0.0289	0.3989	0.2292	-0.0645	0.5907	0.0123	0.0407	0.3168	-0.0262	0.1428	-15.9096	-9.4844	-0.5738
8	2.7563	0.1132	0.4453	0.7472	0.9467	3.2228	0.0344	-0.2384	-0.0995	0.239	-0.0826	0.0117	-0.0081	0.1681	0.0824	0.5958	-0.0074	0.0225	0.2185	0.0382	0.1461	-10.9001	-0.5847	26.9444
9	2.8172	1.2681	-1.2744	4.1354	-3.307	7.3612	-0.0357	-0.3219	-0.4686	0.2511	0.1146	0.0909	0.7679	-0.2897	-0.0579	0.4925	-0.0217	-0.0147	0.3228	0.0897	0.2215	-48.3701	-0.1201	3.9219
10	0.4112	0.0369	-0.7043	0.8855	-0.6982	6.1163	-0.0052	-0.0178	0.0954	0.4353	-0.1292	0.1671	0.2543	-0.1514	0.0531	0.5319	0.0045	0.0608	0.3568	-0.024	0.2026	-48.4478	0.7885	24.8595
11	0.3103	0.0696	-1.2214	0.3806	0.2615	6.3728	-0.1881	0.1003	0.0152	0.1316	-0.009	0.0509	0.4102	0.13	0.041	0.6251	-0.0001	-0.0112	0.3009	-0.0157	0.2183	-39.858	1.2221	6.8461
12	1.2426	0.0135	-1.7997	0.1351	0.2784	4.7331	0.2332	0.2663	0.1653	0.1034	-0.1045	0.0967	-0.386	-0.1841	-0.0778	0.6029	-0.0494	0.0298	0.257	-0.013	0.1332	-44.2716	11.4206	17.9581
13	1.292	-0.2712	-0.5556	1.9669	1.8346	1.781	0.1113	0.2032	-0.0984	-0.3119	0.2063	-0.4631	-0.439	0.3452	-0.2748	0.5762	-0.0217	0.0415	0.3553	-0.0177	0.2118	-37.2941	12.8282	13.5387
14	0.6543	-0.3684	-2.2099	0.2089	1.2569	7.5394	-0.1701	0.124	-0.082	0.0152	-0.1192	-0.0507	0.5265	0.3973	0.1697	0.5202	0.0286	0.0236	0.2487	0.0168	0.2462	-37.2537	-0.3	4.4646
15	1.1155	-0.4058	-0.9446	0.6338	0.73	1.619	0.0775	-0.1394	0.0131	0.0568	0.0718	0.026	0.0236	0.2042	0.0709	0.6987	-0.0349	0.0873	0.3946	-0.0681	0.0294	-43.8457	8.4552	29.5897
16	3.4661	0.9153	5.0721	0.2451	1.3827	8.0298	0.0122	-0.3049	0.0273	0.349	-0.1929	0.0696	-0.1772	-1.0215	0.1721	0.5815	-0.0488	0.0673	0.245	-0.0339	0.1747	-55.7463	3.544	29.6245
17	0.8836	0.1298	-1.12	0.5224	-0.4854	4.0338	0.1216	0.0325	0.1681	0.0466	0.041	0.0255	-0.2963	-0.123	0.0205	0.5313	0.0072	-0.019	0.3298	0.0081	0.126	-47.5926	7.5907	11.9988

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 32 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 33 through 53 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 54 through 77 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 78 through 95 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 96 through 116 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 117 through 124 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 125 through 150 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 151 through 158 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 1 through 15 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 16 through 32 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 33 through 53 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 54 through 77 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 78 through 95 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 96 through 104 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 105 through 116 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 117 through 124 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 125 through 158 )

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見について

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)