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- PDB-5mqm: Glycoside hydrolase BT_0986 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mqm
タイトルGlycoside hydrolase BT_0986
要素Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain
キーワードHYDROLASE / glycoside hydrolase / rhamnosidase / plant pectin / CAZy family 106
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
alpha-L-rhamnosidase / Galactose-binding-like domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / D-rhamnopyranose tetrazole / DNA-binding protein / Glycoside hydrolase family 2, sugar binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Basle, A. / Ndeh, D. / Rogowski, A. / Cartmell, A. / Luis, A.S. / Venditto, I. / Labourel, A. / Gilbert, H.J.
資金援助 英国, 4件
組織認可番号国
iotechnology and Biological Research CouncilBB/K020358/1 英国
iotechnology and Biological Research CouncilBB/K001949/1 英国
Wellcome TrustWT097907MA 英国
European Research Council322820 英国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2017
タイトル: Complex pectin metabolism by gut bacteria reveals novel catalytic functions.
著者: Ndeh, D. / Rogowski, A. / Cartmell, A. / Luis, A.S. / Basle, A. / Gray, J. / Venditto, I. / Briggs, J. / Zhang, X. / Labourel, A. / Terrapon, N. / Buffetto, F. / Nepogodiev, S. / Xiao, Y. / ...著者: Ndeh, D. / Rogowski, A. / Cartmell, A. / Luis, A.S. / Basle, A. / Gray, J. / Venditto, I. / Briggs, J. / Zhang, X. / Labourel, A. / Terrapon, N. / Buffetto, F. / Nepogodiev, S. / Xiao, Y. / Field, R.A. / Zhu, Y. / O'Neill, M.A. / Urbanowicz, B.R. / York, W.S. / Davies, G.J. / Abbott, D.W. / Ralet, M.C. / Martens, E.C. / Henrissat, B. / Gilbert, H.J.
履歴
登録2016年12月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月5日Group: Database references
改定 1.22017年4月12日Group: Database references
改定 1.32017年8月23日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,1319
ポリマ－125,1361
非ポリマー9958
水5,819323
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1520 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area39890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.050, 84.810, 120.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.20, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / BT_0986


分子量: 125135.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
遺伝子: Btheta7330_02599 / プラスミド: pet28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0P0FM19, UniProt: Q8A931*PLUS

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非ポリマー , 5種, 331分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-RPQ / D-rhamnopyranose tetrazole


分子量: 186.169 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10N4O3
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.41 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 15% (w/v) PEG 550 MME, 15% (w/v) PEG 20000, 0.25 M rahmnose, 50mM hepes and 50 mm MOPS pH 7.56 6mM D-rhamnopyranose tetrazole

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.11→50.69 Å / Num. obs: 75602 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2.11→2.16 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.818 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / CC1/2: 0.548 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
REFMAC5.8.0155精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: apo model

解像度: 2.11→50.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 13.428 / SU ML: 0.166 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.215 / ESU R Free: 0.183 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24026 3563 4.9 %RANDOM
Rwork0.1986 ---
obs0.20064 69011 98.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 41.332 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.14 Å20 Å2-1.24 Å2
2--0.48 Å20 Å2
3---1.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.11→50.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8271 0 62 323 8656
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0198545
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.028041
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5021.95311574
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.954318532
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.63151037
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.17524.109404
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.113151430
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.5651556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.21227
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0219619
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021975
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3363.3184151
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3353.3174150
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1934.9695184
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.1934.975185
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5493.5164394
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.5493.5164394
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.5955.1846390
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.98437.2479268
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.98437.2529269
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.11→2.165 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 276 -
Rwork0.282 5114 -
obs--99.8 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 28.4162 Å / Origin y: 33.8568 Å / Origin z: 29.4694 Å
111213212223313233
T0.0573 Å20.003 Å2-0.0412 Å2-0.025 Å20.0032 Å2--0.0416 Å2
L0.1487 °20.0139 °2-0.0333 °2-0.2656 °20.1939 °2--0.3803 °2
S0.013 Å °0.0518 Å °0.0202 Å °0.0284 Å °0.0301 Å °-0.0163 Å °0.003 Å °0.039 Å °-0.0431 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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