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万見
- PDB-5mqr: Sialidase BT_1020 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mqr
タイトルSialidase BT_1020
要素Beta-L-arabinobiosidase
キーワードHYDROLASE / sialidase / arabinofuranosidase / plant pectin
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / exo-alpha-sialidase / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Sialidase-like, CBM domain / BT_1020-like, N-terminal beta propeller / Glycoside hydrolase family 65, C-terminal / Glycosyl hydrolase family 65, C-terminal domain / : / Mannosylglycerate hydrolase MGH1-like glycoside hydrolase domain / BNR repeat-like domain / Sialidase ...: / : / Sialidase-like, CBM domain / BT_1020-like, N-terminal beta propeller / Glycoside hydrolase family 65, C-terminal / Glycosyl hydrolase family 65, C-terminal domain / : / Mannosylglycerate hydrolase MGH1-like glycoside hydrolase domain / BNR repeat-like domain / Sialidase / Neuraminidase - #10 / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / Sialidase superfamily / 6 Propeller / Neuraminidase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / Exo-alpha-sialidase / Six-hairpin glycosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Basle, A. / Ndeh, D. / Rogowski, A. / Cartmell, A. / Luis, A.S. / Venditto, I. / Labourel, A. / Gilbert, H.J.
資金援助 英国, 4件
組織認可番号国
iotechnology and Biological Research CouncilBB/K020358/1 英国
iotechnology and Biological Research CouncilBB/K001949/1 英国
Wellcome TrustWT097907MA 英国
European Research Council322820 英国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2017
タイトル: Complex pectin metabolism by gut bacteria reveals novel catalytic functions.
著者: Ndeh, D. / Rogowski, A. / Cartmell, A. / Luis, A.S. / Basle, A. / Gray, J. / Venditto, I. / Briggs, J. / Zhang, X. / Labourel, A. / Terrapon, N. / Buffetto, F. / Nepogodiev, S. / Xiao, Y. / ...著者: Ndeh, D. / Rogowski, A. / Cartmell, A. / Luis, A.S. / Basle, A. / Gray, J. / Venditto, I. / Briggs, J. / Zhang, X. / Labourel, A. / Terrapon, N. / Buffetto, F. / Nepogodiev, S. / Xiao, Y. / Field, R.A. / Zhu, Y. / O'Neill, M.A. / Urbanowicz, B.R. / York, W.S. / Davies, G.J. / Abbott, D.W. / Ralet, M.C. / Martens, E.C. / Henrissat, B. / Gilbert, H.J.
履歴
登録2016年12月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月5日Group: Database references
改定 1.22017年4月12日Group: Database references
改定 1.32017年8月23日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-L-arabinobiosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,22610
ポリマ－129,2221
非ポリマー1,0049
水16,033890
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2260 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area39300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.720, 316.998, 90.023
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1543-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Beta-L-arabinobiosidase / BT_1020


分子量: 129221.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
遺伝子: hypBA2, Btheta7330_02635 / プラスミド: pet28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0P0FQG4, UniProt: Q8A8Z7*PLUS, (Ara-f)3-Hyp beta-L-arabinobiosidase

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非ポリマー , 6種, 899分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 890 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.02 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 14% (v/v) ethylene glycol, 14% (w/v) PEG 8000, 30 mM of each di-, tri, tetra- and penta-ethylene glycol, 50 mM hepes and 50 mM MOPS pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→49.25 Å / Num. obs: 90935 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.145 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.998 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / CC1/2: 0.495 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SHELXCD位相決定
SHELXDE位相決定
Cootモデル構築
REFMAC5.8.0155精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→49.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 8.739 / SU ML: 0.114 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.167 / ESU R Free: 0.147 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1951 4591 5 %RANDOM
Rwork0.1643 ---
obs0.16585 86325 99.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 30.308 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.24 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.89 Å2-0 Å2
3----0.35 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.2→49.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8784 0 61 890 9735
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0199100
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.028290
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5291.95612328
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.953319099
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6695.0091086
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.0223.892465
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.604151384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7411560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.21246
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02110359
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022217
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7592.0884331
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7582.0874330
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2853.1285413
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.2853.1295414
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0762.2324769
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.0752.2324769
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.7783.286915
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.84624.77910518
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.84624.78510519
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.203→2.26 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 346 -
Rwork0.272 6196 -
obs--98.2 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 4.6761 Å / Origin y: 109.0239 Å / Origin z: 2.9134 Å
111213212223313233
T0.0293 Å2-0.004 Å20.0149 Å2-0.0146 Å2-0.005 Å2--0.0113 Å2
L0.3161 °2-0.187 °20.0431 °2-0.7777 °2-0.1498 °2--0.2535 °2
S0.0228 Å °0.0611 Å °-0.0043 Å °-0.0841 Å °-0.0053 Å °-0.0038 Å °0.0084 Å °0.0082 Å °-0.0175 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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