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- PDB-3ivd: Putative 5'-Nucleotidase (c4898) from Escherichia Coli in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ivd
タイトルPutative 5'-Nucleotidase (c4898) from Escherichia Coli in complex with Uridine
要素Nucleotidase
キーワードHYDROLASE / structural genomics / Nucleotidase / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular anatomical structure / nucleotidase activity / UDP-sugar diphosphatase activity / nucleotide catabolic process / 5'-nucleotidase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
5'-nucleotidase; domain 2 / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase, conserved site / 5'-nucleotidase signature 2. / 5'-Nucleotidase, C-terminal / 5'-nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase/apyrase / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain superfamily / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 ...5'-nucleotidase; domain 2 / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase, conserved site / 5'-nucleotidase signature 2. / 5'-Nucleotidase, C-terminal / 5'-nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase/apyrase / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain superfamily / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / URIDINE / 5'-nucleotidase / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O6 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Ramagopal, U.A. / Toro, R. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Putative 5'-Nucleotidase (c4898) from Escherichia Coli in complex with Uridine
著者: Ramagopal, U.A. / Toro, R. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2009年8月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleotidase
B: Nucleotidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,38110
ポリマ－112,6002
非ポリマー7818
水8,287460
1
A: Nucleotidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6915
ポリマ－56,3001
非ポリマー3904
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Nucleotidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6915
ポリマ－56,3001
非ポリマー3904
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.597, 67.281, 86.417
Angle α, β, γ (deg.)74.04, 77.55, 83.76
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Nucleotidase


分子量: 56300.121 Da / 分子数: 2 / 断片: sequence database residues 22-519 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O6 (大腸菌) / 遺伝子: c4898 / プラスミド: BC-pSGX4(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8FBB1, UniProt: A0A0H2VD83*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 468分子

#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-URI / URIDINE / ウリジン


分子量: 244.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H12N2O6
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 460 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.62 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30% PEG 4K, 0.1M 0.2M MgCl2, Tris-HCl pH 8.5, Vapor diffusion, Sitting drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 76172 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Χ2: 1.089 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.9-1.972.80.46266880.89784.4
1.97-2.053.20.36574400.93294.4
2.05-2.143.60.30676201.00896.8
2.14-2.253.70.2577151.0597.5
2.25-2.393.90.277811.10397.7
2.39-2.583.90.16376871.10997.9
2.58-2.843.90.12878071.16898.3
2.84-3.253.80.09677731.20798.5
3.25-4.093.80.0778341.1398.8
4.09-503.70.06278271.15599

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / WRfactor Rfree: 0.211 / WRfactor Rwork: 0.166 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.876 / SU B: 2.99 / SU ML: 0.089 / SU R Cruickshank DPI: 0.149 / SU Rfree: 0.139 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.149 / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS, U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 3828 5 %RANDOM
Rwork0.167 ---
all0.169 76164 --
obs0.169 76164 95.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 57.02 Å2 / Biso mean: 22.624 Å2 / Biso min: 9.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.32 Å20.97 Å2-0.26 Å2
2--0.78 Å2-0.42 Å2
3----0.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7723 0 40 460 8223
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0227922
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3381.95310758
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9751010
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.92825.367341
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.511151354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4441525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.21223
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0215935
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.19124947
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.96637980
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.49122975
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.32532771
LS精密化 シェル解像度: 1.898→1.947 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 234 -
Rwork0.23 4274 -
all-4508 -
obs--77.46 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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