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万見
- PDB-5muj: BT0996 RGII Chain B Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5muj
タイトルBT0996 RGII Chain B Complex
要素Beta-galactosidase
キーワードHYDROLASE / glycoside hydrolase / arabinofuranosidase / plant pectin / RGII
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Malectin domain / Malectin domain / : / Glycoside hydrolase, family 2 / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich / Glycosyl hydrolases family 2 ...Malectin domain / Malectin domain / : / Glycoside hydrolase, family 2 / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich / Glycosyl hydrolases family 2 / Beta-Galactosidase/glucuronidase domain superfamily / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Beta-galactosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.37 Å
データ登録者Cartmell, A. / Basle, A. / Ndeh, D. / Luis, A.S. / Venditto, I. / Labourel, A. / Rogowski, A. / Gilbert, H.J.
資金援助 英国, 4件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/K020358/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/K001949/1 英国
Wellcome TrustWT097907MA 英国
European Research Council322820 英国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2017
タイトル: Complex pectin metabolism by gut bacteria reveals novel catalytic functions.
著者: Ndeh, D. / Rogowski, A. / Cartmell, A. / Luis, A.S. / Basle, A. / Gray, J. / Venditto, I. / Briggs, J. / Zhang, X. / Labourel, A. / Terrapon, N. / Buffetto, F. / Nepogodiev, S. / Xiao, Y. / ...著者: Ndeh, D. / Rogowski, A. / Cartmell, A. / Luis, A.S. / Basle, A. / Gray, J. / Venditto, I. / Briggs, J. / Zhang, X. / Labourel, A. / Terrapon, N. / Buffetto, F. / Nepogodiev, S. / Xiao, Y. / Field, R.A. / Zhu, Y. / O'Neill, M.A. / Urbanowicz, B.R. / York, W.S. / Davies, G.J. / Abbott, D.W. / Ralet, M.C. / Martens, E.C. / Henrissat, B. / Gilbert, H.J.
履歴
登録2017年1月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月12日Group: Database references
改定 1.22017年8月30日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp / reflns_shell / Item: _chem_comp.type
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4543
ポリマ－44,1481
非ポリマー1,3062
水6,449358
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2080 Å2
ΔGint22 kcal/mol
Surface area13730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.460, 80.000, 50.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.94, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Beta-galactosidase


分子量: 44148.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (strain ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482) (バクテリア)
遺伝子: BT_0996 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8A921
#2: 多糖 alpha-L-rhamnopyranose-(1-2)-[alpha-L-rhamnopyranose-(1-3)]alpha-L-arabinopyranose-(1-4)-[4-O-[(1R)- ...alpha-L-rhamnopyranose-(1-2)-[alpha-L-rhamnopyranose-(1-3)]alpha-L-arabinopyranose-(1-4)-[4-O-[(1R)-1-hydroxyethyl]-2-O-methyl-alpha-L-fucopyranose-(1-2)]beta-D-galactopyranose-(1-2)-alpha-D-aceric acid-(1-4)-alpha-L-rhamnopyranose-(1-3)-3-C-(hydroxylmethyl)-alpha-D-erythrofuranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1247.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
[]{[(3+1)][a-L-Rhap]{[(4+1)][a-D-5-deoxy-Xylf]{[(2+1)][b-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Fucp2Me4Ac]{}[(4+1)][a-L-Arap]{[(2+1)][a-L-Rhap]{}[(3+1)][a-L-Rhap]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% (w/v) PEG 3350 and 0.2 M Lithium Acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.37→44.85 Å / Num. obs: 74740 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.6 % / Net I/σ(I): 1.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.37→44.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 5.596 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.075 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25181 3603 4.8 %RANDOM
Rwork0.1982 ---
obs0.20077 71107 99.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.851 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.55 Å20 Å2-1.1 Å2
2---1.02 Å20 Å2
3---0.35 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.37→44.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2823 0 89 358 3270
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0193021
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022686
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7091.9644104
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.03136185
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3225355
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.92623.521142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.2615425
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3141515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2433
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213360
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02725
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6291.4631415
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6281.4611413
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8992.2061768
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.8992.2071769
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0341.6881606
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.0341.6881607
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.3262.4542336
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.40919.4873438
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.40919.493439
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.9135707
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free38.355203
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded11.97355764
LS精密化 シェル解像度: 1.37→1.406 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.378 240 -
Rwork0.343 5250 -
obs--99.38 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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