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- PDB-5mpm: SERCA2a from pig heart -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mpm
タイトルSERCA2a from pig heart
要素Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 2
キーワードHYDROLASE / Ca2+-ATPase / SERCA
機能・相同性
機能・相同性情報


Reduction of cytosolic Ca++ levels / ER-nucleus signaling pathway / positive regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / P-type calcium transporter activity involved in regulation of cardiac muscle cell membrane potential / calcium ion transport from cytosol to endoplasmic reticulum / regulation of calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / Ion homeostasis / T-tubule organization / Ion transport by P-type ATPases / calcium ion import into sarcoplasmic reticulum ...Reduction of cytosolic Ca++ levels / ER-nucleus signaling pathway / positive regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / P-type calcium transporter activity involved in regulation of cardiac muscle cell membrane potential / calcium ion transport from cytosol to endoplasmic reticulum / regulation of calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / Ion homeostasis / T-tubule organization / Ion transport by P-type ATPases / calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / negative regulation of heart contraction / ribbon synapse / P-type Ca2+ transporter / regulation of the force of heart contraction / transition between fast and slow fiber / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / S100 protein binding / regulation of cardiac muscle contraction by calcium ion signaling / organelle localization by membrane tethering / mitochondrion-endoplasmic reticulum membrane tethering / autophagosome membrane docking / lncRNA binding / autophagosome assembly / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / sarcoplasmic reticulum membrane / calcium channel regulator activity / neuron cellular homeostasis / calcium ion transmembrane transport / intracellular calcium ion homeostasis / cellular response to oxidative stress / transmembrane transporter binding / calcium ion binding / enzyme binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / P-type ATPase, subfamily IIA, SERCA-type / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / haloacid dehalogenase-like hydrolase / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Cation-transporting P-type ATPase, C-terminal / Cation transporting ATPase, C-terminus ...Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / P-type ATPase, subfamily IIA, SERCA-type / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / haloacid dehalogenase-like hydrolase / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Cation-transporting P-type ATPase, C-terminal / Cation transporting ATPase, C-terminus / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation-transporting P-type ATPase, N-terminal / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation transport ATPase (P-type) / E1-E2 ATPase / HAD superfamily/HAD-like / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Distorted Sandwich / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CZA / : / TRIFLUOROMAGNESATE / Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Drachmann, N.D. / Sitsel, A. / Andersen, J.L. / Nissen, P. / Olesen, C.
資金援助 ベルギー, デンマーク, 5件
組織認可番号国
VLAIO ベルギー
The Danish National Research Foundation - Center for Membrane Pumps in Cells and Disease (PUMPkin) デンマーク
European Research Council Advanced Research grant BIOMEMOS
Karen Elise Jensens Fond
IWT doctoral grant
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2019
タイトル: Structures of the heart specific SERCA2a Ca2+-ATPase.
著者: Sitsel, A. / De Raeymaecker, J. / Drachmann, N.D. / Derua, R. / Smaardijk, S. / Andersen, J.L. / Vandecaetsbeek, I. / Chen, J. / De Maeyer, M. / Waelkens, E. / Olesen, C. / Vangheluwe, P. / Nissen, P.
履歴
登録2016年12月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22019年7月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,3426
ポリマ－109,8371
非ポリマー5055
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1440 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area44260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.349, 253.287, 64.981
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.86, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 2 / SR Ca(2+)-ATPase 2 / Calcium pump 2 / Calcium-transporting ATPase sarcoplasmic reticulum type / ...SR Ca(2+)-ATPase 2 / Calcium pump 2 / Calcium-transporting ATPase sarcoplasmic reticulum type / slow twitch skeletal muscle isoform / Endoplasmic reticulum class 1/2 Ca(2+) ATPase


分子量: 109836.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P11607, EC: 3.6.3.8

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非ポリマー , 5種, 10分子

#2: 化合物 ChemComp-MGF / TRIFLUOROMAGNESATE / トリフルオロマグネサ-ト


分子量: 81.300 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: F3Mg
#3: 化合物 ChemComp-CZA / (6AR,11AS,11BR)-10-ACETYL-9-HYDROXY-7,7-DIMETHYL-2,6,6A,7,11A,11B-HEXAHYDRO-11H-PYRROLO[1',2':2,3]ISOINDOLO[4,5,6-CD]INDOL-11-ONE


分子量: 336.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H20N2O3
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.67 %
結晶化温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 80 mM KCl, 15 mM MgCl2, 2 mM EGTA, 10 mM NaF, 200 uM CPA

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→63.32 Å / Num. obs: 25135 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rpim(I) all: 0.082 / Rrim(I) all: 0.155 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 3.3→3.35 Å / 冗長度: 3.6 % / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2152: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3FGO

3fgo


解像度: 3.3→63.32 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.25
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2579 1937 7.73 %
Rwork0.2041 --
obs0.2083 25045 98.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→63.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7649 0 32 5 7686
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0057838
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.43110617
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.2932912
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0571242
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041355
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3-3.38250.41991240.3151661X-RAY DIFFRACTION99
3.3825-3.4740.39721480.3261623X-RAY DIFFRACTION98
3.474-3.57620.35811560.30131657X-RAY DIFFRACTION99
3.5762-3.69160.37741570.28311572X-RAY DIFFRACTION98
3.6916-3.82360.33051230.25061711X-RAY DIFFRACTION98
3.8236-3.97660.32121190.28331594X-RAY DIFFRACTION96
3.9766-4.15760.29991330.2251655X-RAY DIFFRACTION99
4.1576-4.37670.25111410.19041644X-RAY DIFFRACTION99
4.3767-4.65090.23841300.17051676X-RAY DIFFRACTION100
4.6509-5.00980.21021340.15541683X-RAY DIFFRACTION100
5.0098-5.51370.23971430.18051646X-RAY DIFFRACTION100
5.5137-6.31090.22941370.20161672X-RAY DIFFRACTION100
6.3109-7.94860.24921370.19651663X-RAY DIFFRACTION99
7.9486-63.33340.18961550.15771651X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.09670.40561.77115.3091-0.36763.49660.0379-0.24290.0956-0.0921-0.0904-0.2536-0.11-0.19740.11430.7634-0.03610.31880.5725-0.04370.6047-0.323365.5322-42.7474
24.143-0.0596-0.16194.3396-0.17594.2019-0.2031-0.0336-0.245-0.39890.00630.28850.2255-0.52730.16430.6172-0.13010.15540.4585-0.04180.6373-22.764952.0827-59.0583
32.4863-0.5248-0.13095.8813-1.09081.9470.04010.07040.104-0.27-0.04790.32940.05130.03240.00341.2579-0.10610.2940.676-0.00970.8885-6.138278.6346-76.3965
40.46181.41070.28244.9327-0.4901-0.65310.0433-0.0153-0.2663-0.1850.08350.51590.26620.0127-0.0521.6739-0.11830.34170.8205-0.0751.746-26.32579.3737-56.1821
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resid 1:42 or resid 125:243)
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and (resid 331:359 or resid 605:745)
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and (resid 360:604)
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and (resid 43:124 or resid 244:330 or resid 746:992)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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