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- PDB-5mlu: Crystal structure of the PFV GAG CBS bound to a mononucleosome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mlu
タイトルCrystal structure of the PFV GAG CBS bound to a mononucleosome
要素
  • (DNA (145-MER)) x 2
  • (Histone H2B) x 2
  • Histone H2A type 1
  • Histone H3.2
  • Histone H4
  • PFV GAG peptide
キーワードDNA BINDING PROTEIN / nucleosome / GAG / prototype foamy virus (PFV) / complex / protein / DNA
機能・相同性
機能・相同性情報


host cytoskeleton / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / viral budding via host ESCRT complex / viral release from host cell / structural constituent of chromatin / nucleosome / heterochromatin formation / nucleosome assembly / host cell / viral nucleocapsid ...host cytoskeleton / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / viral budding via host ESCRT complex / viral release from host cell / structural constituent of chromatin / nucleosome / heterochromatin formation / nucleosome assembly / host cell / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / protein heterodimerization activity / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Gag polyprotein / : / Spumavirus gag protein, N-terminal / Spumavirus Gag polyprotein, conserved central domain / Spumavirus Gag polyprotein, C-terminal / Histone, subunit A / Histone, subunit A / : / Histone H2B signature. / Histone H2A conserved site ...Gag polyprotein / : / Spumavirus gag protein, N-terminal / Spumavirus Gag polyprotein, conserved central domain / Spumavirus Gag polyprotein, C-terminal / Histone, subunit A / Histone, subunit A / : / Histone H2B signature. / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone 2A / Histone H2A / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / Histone H4 / Histone H2B 1.1 / Histone H2A type 1 / Gag polyprotein / Histone H4 / Histone H3.2
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
Simian foamy virus (サルフォーミーウイルス)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Pye, V.E. / Maskell, D.P. / Lesbats, P. / Cherepanov, P.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Structural basis for spumavirus GAG tethering to chromatin.
著者: Lesbats, P. / Serrao, E. / Maskell, D.P. / Pye, V.E. / O'Reilly, N. / Lindemann, D. / Engelman, A.N. / Cherepanov, P.
履歴
登録2016年12月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月24日Group: Database references
改定 1.22017年5月31日Group: Database references
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone H3.2
B: Histone H4
C: Histone H2A type 1
D: Histone H2B
E: Histone H3.2
F: Histone H4
G: Histone H2A type 1
H: Histone H2B
M: PFV GAG peptide
I: DNA (145-MER)
J: DNA (145-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,47715
ポリマ－177,25711
非ポリマー2204
水3,495194
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area59200 Å2
ΔGint-394 kcal/mol
Surface area72470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.260, 109.450, 175.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 5種, 8分子 AEBFCGDH

#1: タンパク質 Histone H3.2


分子量: 11405.321 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P84233
#2: タンパク質 Histone H4


分子量: 9566.249 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62799
#3: タンパク質 Histone H2A type 1


分子量: 11494.393 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06897
#4: タンパク質 Histone H2B


分子量: 10348.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1B8Y853, UniProt: P02281*PLUS
#5: タンパク質 Histone H2B


分子量: 10478.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1B8Y853, UniProt: P02281*PLUS

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 M

#6: タンパク質・ペプチド PFV GAG peptide


分子量: 1986.177 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Simian foamy virus (サルフォーミーウイルス)
発現宿主: synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: P14349*PLUS

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ

#7: DNA鎖 DNA (145-MER)


分子量: 44991.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Widom 601 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / Plasmid details: Widow 601
#8: DNA鎖 DNA (145-MER)


分子量: 44520.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Widom 601 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / Plasmid details: Widow 601

-
非ポリマー , 2種, 198分子

#9: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mn
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.92 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.05M MnCl2, 0.04M KCl, 0.1M potassium cacodylate pH 6.0, 5% trehalose, 24% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97626 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→76.61 Å / Num. obs: 51308 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.86 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASERphenix位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KX5

1kx5


解像度: 2.8→76.607 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.61
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2518 960 2.09 %Random selection
Rwork0.2085 ---
obs0.2094 45929 88.87 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→76.607 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6096 5945 4 194 12239
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00312898
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5418677
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.9176770
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0522122
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031365
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.94760.3522810.29173450X-RAY DIFFRACTION49
2.9476-3.13230.30661000.27165396X-RAY DIFFRACTION75
3.1323-3.37420.35431490.27827054X-RAY DIFFRACTION99
3.3742-3.71370.26361410.2297177X-RAY DIFFRACTION100
3.7137-4.25110.24831460.21257183X-RAY DIFFRACTION99
4.2511-5.35570.22781930.19477212X-RAY DIFFRACTION100
5.3557-76.63550.23411500.18217497X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.112-0.4280.04590.6872-0.7070.6801-0.1405-0.0309-0.23730.62920.0227-0.94070.39060.2262-0.00630.5775-0.0376-0.10590.4322-0.00230.76781.9688-27.900357.295
20.0219-0.20970.05980.6191-0.08260.0380.0294-0.3246-0.33440.04890.0147-0.86450.07160.08480.00290.3902-0.0120.03740.52660.00150.5336-9.2036-25.751656.7288
30.02490.00670.06410.0035-0.00770.0181-0.4510.5465-0.52050.023-0.5423-0.38220.2191-0.15080.00020.4651-0.101-0.02530.6838-0.10590.4632-20.3565-29.76754.2391
4-0.0368-0.005-0.0366-0.0280.01090.0262-0.22590.21010.02980.8180.4416-0.0002-0.1717-0.02610.00010.9155-0.0762-0.15270.4024-0.07640.81124.617-45.457649.9963
50.23920.0697-0.1510.1248-0.03850.0425-0.02490.16460.19251.18220.1868-0.50520.4508-0.497-00.53470.019-0.16830.4985-0.02130.5972-3.9656-28.372464.0815
6-0.1981-0.2049-0.2820.39290.0846-0.02310.27630.0252-0.10380.40060.0498-0.33640.01450.07290.04170.52480.04850.18120.4344-0.03050.5713-5.7311-35.649341.7886
70.07270.0060.10780.0013-0.05430.0514-0.56880.0280.0014-1.2540.1674-0.55520.10180.28610.00010.3741-0.01550.08510.3691-0.010.6907-5.3563-24.750338.3015
80.01110.0691-0.0740.0588-0.01910.03820.01530.4439-0.2084-0.45050.2330.41370.30.2336-01.2872-0.1384-0.28730.7514-0.06560.6745-27.1396-37.67614.8655
90.783-0.81840.72440.5035-0.04750.5890.00840.247-0.2504-1.07090.08020.34050.8837-0.40260.02740.7699-0.1858-0.12520.5461-0.03360.5361-30.7507-37.404728.7699
100.0153-0.02190.04030.0426-0.0080.0999-0.1105-0.1936-0.34730.01780.15930.04970.00370.0565-00.4791-0.0718-0.01590.71530.03130.5656-28.6872-34.812641.582
11-0.0686-0.1354-0.0634-0.1289-0.1223-0.00230.1966-0.5936-0.3097-0.066-0.13080.43370.37740.019800.5802-0.06320.06161.03350.10951.0344-37.6871-34.133357.0739
120.02330.00030.0775-0.0063-0.0493-0.06080.1173-0.0497-0.41820.275-0.34660.20460.2709-0.231701.1885-0.0555-0.11841.0864-0.18470.6097-37.4814-32.529319.5602
130.0277-0.1065-0.10270.04280.05930.2895-0.48640.3855-0.3368-0.97610.451-0.0642-0.1511-0.427700.8486-0.2273-0.19250.918-0.03930.7494-38.0371-37.379329.034
140.04230.17120.080.124-0.0947-0.03980.2342-0.15560.0634-0.5998-0.1911-0.15830.0593-0.034500.8970.00230.04960.407-0.0760.4452-12.5991-28.312424.3899
150.2548-0.04890.21130.0131-0.0410.09140.6352-0.2946-0.6593-0.2118-0.2729-0.09940.33820.30380.0070.8520.00990.07620.4706-0.00750.512-15.8676-39.355830.4626
160.2015-0.0703-0.22360.16160.45421.2529-0.13070.5702-0.4229-0.2490.8388-0.0576-0.1936-0.48540.1091.89710.04140.04480.4907-0.20090.6991-19.465-46.530618.8468
170.0081-0.0683-0.02320.53070.05420.07820.1684-0.226-0.50550.82090.21581.7014-0.0179-0.65980.0446-0.9008-0.09740.44341.5690.16080.8419-47.5515-30.471859.0148
180.03060.04570.00720.0677-0.0810.1028-0.1616-0.26130.24530.05120.27020.1458-0.5722-0.65880.0495-0.01110.5762-0.27961.41250.11450.9669-44.2216-9.34542.5973
190.47980.10640.52961.07871.12620.824-0.1089-0.2510.17760.068-0.02840.5629-0.6309-0.0382-0.18550.50730.13950.07450.75580.00130.5597-35.0791-17.712449.5225
200.12270.00110.01830.02810.00130.0871-0.7944-0.27120.73640.0503-0.75980.55790.00320.2902-0.08270.1419-0.12410.3080.9380.02520.6111-23.648-16.503555.0904
210.2540.0519-0.1525-0.0072-0.04550.08370.2827-0.016-0.23390.4362-0.12250.4259-0.5341-1.04110.00010.52860.07930.11691.28170.06510.6558-42.7596-19.023756.4315
220.033-0.240.05930.1864-0.10210.119-0.61540.26920.4130.81970.34050.9657-1.1380.3966-0.3256-0.85690.5207-0.04780.7326-0.080.4696-33.319-10.108444.8809
230.04790.06910.0993-0.003-0.049-0.0341-0.56230.4040.1702-0.5934-0.0615-0.221-0.08560.1595-0.00430.74670.0474-0.21460.64640.06240.7778-32.3475-13.356631.0694
24-0.0055-0.0418-0.00280.0294-0.0223-0.01140.061-0.05030.0764-0.49560.18380.13410.0624-0.31240.00020.7913-0.016-0.17250.5521-0.07580.5742-32.7975-23.502835.9383
250.1698-0.03340.1480.039-0.0749-0.0562-0.19720.6650.1008-0.62030.0794-0.0721-0.37520.15510.00011.1874-0.03820.22060.72950.04390.7318-5.9309-6.474920.0393
260.4448-0.0495-0.34680.20540.10780.1063-0.2175-0.05610.6713-0.316-0.0385-0.2756-0.4204-0.12110.00170.65790.0374-0.03850.39190.04630.573-5.2887-2.38836.576
27-0.2523-0.206-0.49660.23980.52830.41220.02730.2350.5286-0.0790.1354-0.4293-0.2032-0.34740.0030.52370.0421-0.00550.4928-0.0210.5283-6.4289-10.679252.6533
280.1225-0.1540.0163-0.0275-0.02530.10230.7463-0.60820.62280.3198-0.0176-0.33060.14770.18710.09110.89450.15240.21680.54990.16570.50095.32-10.235128.1704
290.12580.0165-0.1850.0955-0.07290.1061-0.0416-0.06420.1933-0.5762-0.0954-0.88840.3486-0.03750.00220.4504-0.04560.14360.40520.00640.80971.6131-6.22338.1397
300.73030.1736-0.34120.4074-0.32040.26520.0883-0.05560.0831-0.3-0.0241-0.05050.1627-0.437200.84470.0849-0.16360.3834-0.00960.4467-19.9631-8.613727.9823
310.3067-0.07680.18640.0356-0.08990.1037-0.31540.83060.10110.5071-0.6335-0.5521-0.41670.3970.00431.4061-0.0111-0.07240.43510.03650.788-12.43545.311523.1892
321.47230.14760.56662.34520.10141.36850.09620.0363-0.0764-0.38550.0055-0.2259-0.0832-0.04620.11120.49970.12-0.00160.49420.13360.3914-19.4505-22.867941.217
331.32610.03770.3012.15420.17670.93390.1338-0.0309-0.109-0.2752-0.0807-0.15650.0846-0.13170.05810.48340.05530.14510.55180.12830.2276-19.1796-22.137941.1868
340.1078-0.28690.15990.11250.0223-0.0020.1303-0.25450.0266-0.3422-0.0764-0.0370.34870.53150.00631.3009-0.0926-0.08961.08750.07850.8626-27.019-44.460942.8179
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 39:83)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 84:124)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 125:135)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resid 19:26)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 27:51)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 52:80)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 81:102)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain C and resid 16:33)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain C and resid 34:84)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain C and resid 85:102)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain C and resid 103:118)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain D and resid 29:40)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain D and resid 41:65)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain D and resid 66:87)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain D and resid 88:106)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain D and resid 107:121)
17X-RAY DIFFRACTION17(chain E and resid 39:61)
18X-RAY DIFFRACTION18(chain E and resid 62:76)
19X-RAY DIFFRACTION19(chain E and resid 77:123)
20X-RAY DIFFRACTION20(chain E and resid 124:135)
21X-RAY DIFFRACTION21(chain F and resid 25:46)
22X-RAY DIFFRACTION22(chain F and resid 47:76)
23X-RAY DIFFRACTION23(chain F and resid 77:94)
24X-RAY DIFFRACTION24(chain F and resid 95:102)
25X-RAY DIFFRACTION25(chain G and resid 14:41)
26X-RAY DIFFRACTION26(chain G and resid 42:75)
27X-RAY DIFFRACTION27(chain G and resid 76:118)
28X-RAY DIFFRACTION28(chain H and resid 28:40)
29X-RAY DIFFRACTION29(chain H and resid 41:66)
30X-RAY DIFFRACTION30(chain H and resid 67:107)
31X-RAY DIFFRACTION31(chain H and resid 108:121)
32X-RAY DIFFRACTION32(chain I and resid -72:72)
33X-RAY DIFFRACTION33(chain J and resid -72:72)
34X-RAY DIFFRACTION34(chain M and resid 535:551)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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