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- PDB-5mhk: ICP4 DNA-binding domain in complex with 19mer DNA duplex from its... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mhk
タイトルICP4 DNA-binding domain in complex with 19mer DNA duplex from its own promoter
要素
  • (DNA (5'-D(*GP*CP*TP*CP*CP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*G)- ...) x 2
  • ICP4 DNA BINDING DOMAIN
  • RS1
キーワードTRANSCRIPTION / Transcription factor / Herpes virus / Intercalation
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-templated viral transcription / viral tegument / response to type I interferon / host cell cytoplasm / positive regulation of DNA-templated transcription / host cell nucleus / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus ICP4-like protein, C-terminal / Herpesvirus ICP4-like protein, N-terminal / Herpesvirus ICP4-like protein N-terminal region / Herpesvirus ICP4-like protein C-terminal region / :
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Major viral transcription factor ICP4 / RS1
類似検索 - 構成要素
生物種Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
HUMAN HERPESVIRUS 1 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Tunnicliffe, R.B. / Lockhart-Cairns, M.P. / Levy, C. / Mould, P. / Jowitt, T.A. / Sito, H. / Baldock, C. / Sandri-Goldin, R.M. / Golovanov, A.P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of HealthAI107803 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: The herpes viral transcription factor ICP4 forms a novel DNA recognition complex.
著者: Tunnicliffe, R.B. / Lockhart-Cairns, M.P. / Levy, C. / Mould, A.P. / Jowitt, T.A. / Sito, H. / Baldock, C. / Sandri-Goldin, R.M. / Golovanov, A.P.
履歴
登録2016年11月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年4月10日Group: Data collection / Source and taxonomy
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / entity_src_gen / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*CP*CP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*G)-3')
H: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*CP*CP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*G)-3')
E: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*CP*CP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*CP*CP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*G)-3')
A: RS1
C: RS1
D: RS1
B: RS1
J: ICP4 DNA BINDING DOMAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,02718
ポリマ－121,2959
非ポリマー7329
水4,252236
1
G: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*CP*CP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*G)-3')
H: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*CP*CP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*G)-3')
C: RS1
D: RS1
J: ICP4 DNA BINDING DOMAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,19310
ポリマ－60,8455
非ポリマー3485
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*CP*CP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*CP*CP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*G)-3')
A: RS1
B: RS1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,8358
ポリマ－60,4504
非ポリマー3844
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10840 Å2
ΔGint-118 kcal/mol
Surface area21000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.510, 100.730, 201.890
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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DNA (5'-D(*GP*CP*TP*CP*CP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*G)- ... , 2種, 4分子 GEHF

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*TP*CP*CP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*G)-3')


分子量: 5877.783 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: SYNTHETIC DNA, SEQUENCES MATCHES A REGION FROM THE ICP4 PROMOTER (IE3)
由来: (合成) HUMAN HERPESVIRUS 1 (ヘルペスウイルス)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*TP*CP*CP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*G)-3')


分子量: 5775.739 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: SYNTHETIC DNA, SEQUENCES MATCHES A REGION FROM THE ICP4 PROMOTER (IE3)
由来: (合成) HUMAN HERPESVIRUS 1 (ヘルペスウイルス)

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 5分子 ACDBJ

#3: タンパク質
RS1


分子量: 24398.414 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: DNA BINDING DOMAIN OF ICP4, RESIDUES 258-487
由来: (組換発現) Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
プラスミド: PET-21A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / Variant (発現宿主): T7 EXPRESS LYSY / 参照: UniProt: Q09I77, UniProt: P08392*PLUS
#4: タンパク質・ペプチド ICP4 DNA BINDING DOMAIN


分子量: 394.422 Da / 分子数: 1
Fragment: LIkely N-terminus of chain D, but chain connectivity is ambiguous
由来タイプ: 組換発現 / 詳細: DNA BINDING DOMAIN OF ICP4, RESIDUES 258-487
由来: (組換発現) Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
プラスミド: PET-21A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / Variant (発現宿主): T7 EXPRESS LYSY / 参照: UniProt: Q09I77, UniProt: P08392*PLUS

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非ポリマー , 4種, 245分子

#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.57 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2M Ammonium sulfate, 0.1 Bis/Tris pH 5.5 & 25% w/v PEG3350 [SG1 B8 Molecular Dimensions]. Cryoprotected with 20% PEG 200

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→71.3 Å / Num. obs: 58110 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.1613 / Net I/σ(I): 8.69
反射 シェル解像度: 2.28→2.362 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 1.333 / Mean I/σ(I) obs: 1.39 / CC1/2: 0.574 / % possible all: 99.95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.28→71.3 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.31
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2429 2849 4.9 %Random selection
Rwork0.2115 ---
obs0.2131 58104 99.92 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→71.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5847 1388 37 236 7508
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037600
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.55910629
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4464200
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0371101
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041172
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.28-2.31930.33771410.29862697X-RAY DIFFRACTION100
2.3193-2.36150.31161260.28432765X-RAY DIFFRACTION100
2.3615-2.40690.3341460.26722713X-RAY DIFFRACTION100
2.4069-2.45610.31991520.26432724X-RAY DIFFRACTION100
2.4561-2.50950.30361540.26322693X-RAY DIFFRACTION100
2.5095-2.56790.31681560.25552747X-RAY DIFFRACTION100
2.5679-2.63210.27211280.2552712X-RAY DIFFRACTION100
2.6321-2.70330.30831250.24752739X-RAY DIFFRACTION100
2.7033-2.78280.30941280.24082763X-RAY DIFFRACTION100
2.7828-2.87260.261510.21972704X-RAY DIFFRACTION100
2.8726-2.97530.26431470.22722757X-RAY DIFFRACTION100
2.9753-3.09440.27371160.23072788X-RAY DIFFRACTION100
3.0944-3.23530.28241360.22542765X-RAY DIFFRACTION100
3.2353-3.40580.24681520.21862740X-RAY DIFFRACTION100
3.4058-3.61920.23841420.1882779X-RAY DIFFRACTION100
3.6192-3.89860.20451390.18552784X-RAY DIFFRACTION100
3.8986-4.29090.19311510.17842766X-RAY DIFFRACTION100
4.2909-4.91170.19191540.18372808X-RAY DIFFRACTION100
4.9117-6.18770.24721480.21162852X-RAY DIFFRACTION100
6.1877-71.33760.22461570.19752959X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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