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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5m0w | |||||||||||||||
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タイトル | N-terminal domain of mouse Shisa 3 | |||||||||||||||
![]() | Protein shisa-3 homolog | |||||||||||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / Single-pass transmembrane protein / tumor suppressor gene / Wnt-signaling pathway / disulfide | |||||||||||||||
機能・相同性 | Shisa family / Shisa, N-terminal domain / multicellular organism development / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / membrane => GO:0016020 / endoplasmic reticulum membrane / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Protein shisa-3 homolog![]() | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Lohkamp, B. / Ojala, J.R.M. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Ab initio solution of macromolecular crystal structures without direct methods. 著者: McCoy, A.J. / Oeffner, R.D. / Wrobel, A.G. / Ojala, J.R. / Tryggvason, K. / Lohkamp, B. / Read, R.J. #1: ![]() タイトル: Ab initio solution of macromolecular crystal structures without direct methods 著者: McCoy, A.J. / Oeffner, R.D. / Wrobel, A. / Ojala, J.R.M. / Tryggvason, K. / Lohkamp, B. / Read, R.J. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 50.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 34.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 478.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 479.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 9040.780 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 22-95 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal domain with Strep tag / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 118分子 ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/MES.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/MES.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-MES / | #6: 化合物 | ChemComp-PEG / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.74 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 2.0 M (NH4)2SO4, 100 mM MES pH 6.5, 4% PEG 400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.931 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.39→29.88 Å / Num. obs: 18352 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 12.2 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 30.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.39→1.41 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.456 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / CC1/2: 0.879 / % possible all: 88.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: Single sulphur 解像度: 1.39→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.977 / SU B: 1.276 / SU ML: 0.022 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.041 / ESU R Free: 0.039 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.161 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.39→30 Å
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拘束条件 |
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