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- PDB-5lw1: Crystal structure of DARPin-DARPin rigid fusion, variant DD_232_1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lw1
タイトルCrystal structure of DARPin-DARPin rigid fusion, variant DD_232_11_D12 in complex JNK1a1 and JIP1 peptide
要素
  • C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 1
  • DD_232_11_D12
  • Mitogen-activated protein kinase 8
  • Pepstatin
キーワードDE NOVO PROTEIN / X-ray crystallography / designed ankyrin repeat proteins / protein design / protein engineering / rigid domain fusions / transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


dentate gyrus mossy fiber / regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / JUN phosphorylation / positive regulation of cell killing / basal dendrite / Activation of BMF and translocation to mitochondria / Interleukin-38 signaling / negative regulation of JUN kinase activity / positive regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / JUN kinase activity ...dentate gyrus mossy fiber / regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / JUN phosphorylation / positive regulation of cell killing / basal dendrite / Activation of BMF and translocation to mitochondria / Interleukin-38 signaling / negative regulation of JUN kinase activity / positive regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / JUN kinase activity / Activation of BIM and translocation to mitochondria / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / MAP-kinase scaffold activity / JUN kinase binding / positive regulation of cyclase activity / mitogen-activated protein kinase kinase binding / regulation of JNK cascade / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / histone deacetylase regulator activity / NRAGE signals death through JNK / protein kinase inhibitor activity / Activation of the AP-1 family of transcription factors / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / Fc-epsilon receptor signaling pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / dendritic growth cone / positive regulation of protein metabolic process / energy homeostasis / kinesin binding / peptidyl-threonine phosphorylation / mitogen-activated protein kinase / regulation of macroautophagy / response to mechanical stimulus / axonal growth cone / negative regulation of protein binding / response to UV / stress-activated MAPK cascade / NRIF signals cell death from the nucleus / vesicle-mediated transport / JNK cascade / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / cellular response to amino acid starvation / protein serine/threonine kinase binding / cellular response to reactive oxygen species / FCERI mediated MAPK activation / positive regulation of JNK cascade / cellular response to mechanical stimulus / regulation of circadian rhythm / mitochondrial membrane / peptidyl-serine phosphorylation / histone deacetylase binding / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / cellular senescence / rhythmic process / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / MAPK cascade / regulation of protein localization / cellular response to lipopolysaccharide / cellular response to oxidative stress / response to oxidative stress / Oxidative Stress Induced Senescence / protein phosphatase binding / protein phosphorylation / positive regulation of apoptotic process / axon / protein serine kinase activity / neuronal cell body / protein serine/threonine kinase activity / synapse / endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
JIP1, SH3 domain / : / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, JNK / Phosphotyrosine interaction domain (PTB/PID) / Phosphotyrosine interaction domain (PID) profile. / Phosphotyrosine-binding domain, phosphotyrosine-interaction (PI) domain / PTB/PI domain / Variant SH3 domain / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. ...JIP1, SH3 domain / : / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, JNK / Phosphotyrosine interaction domain (PTB/PID) / Phosphotyrosine interaction domain (PID) profile. / Phosphotyrosine-binding domain, phosphotyrosine-interaction (PI) domain / PTB/PI domain / Variant SH3 domain / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / PH-like domain superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pepstatin / ADENOSINE / Mitogen-activated protein kinase 8 / C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Wu, Y. / Batyuk, A. / Mittl, P.R. / Honegger, A. / Plueckthun, A.
資金援助 スイス, 2件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation310030B_166676 スイス
European Research CouncilNEXTBINDERS
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2018
タイトル: Structural Basis for the Selective Inhibition of c-Jun N-Terminal Kinase 1 Determined by Rigid DARPin-DARPin Fusions.
著者: Wu, Y. / Honegger, A. / Batyuk, A. / Mittl, P.R.E. / Pluckthun, A.
履歴
登録2016年9月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月13日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: pdbx_molecule_features
改定 1.22019年7月10日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.32020年1月1日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / struct_site / struct_site_gen
Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DD_232_11_D12
B: Mitogen-activated protein kinase 8
C: C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 1
D: DD_232_11_D12
E: Mitogen-activated protein kinase 8
F: C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 1
G: DD_232_11_D12
H: Mitogen-activated protein kinase 8
I: C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 1
L: Pepstatin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)243,04137
ポリマ－239,93410
非ポリマー3,10727
水00
1
A: DD_232_11_D12
B: Mitogen-activated protein kinase 8
C: C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,68911
ポリマ－79,7493
非ポリマー9408
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4910 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area31120 Å2
手法PISA
2
D: DD_232_11_D12
E: Mitogen-activated protein kinase 8
F: C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,78512
ポリマ－79,7493
非ポリマー1,0369
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4740 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area30620 Å2
手法PISA
3
G: DD_232_11_D12
H: Mitogen-activated protein kinase 8
I: C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 1
L: Pepstatin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,56714
ポリマ－80,4354
非ポリマー1,13210
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5790 Å2
ΔGint-124 kcal/mol
Surface area30780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)219.990, 141.760, 119.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.83, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 6分子 ADGBEH

#1: タンパク質 DD_232_11_D12


分子量: 35248.953 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Variant (発現宿主): XL1-Blue
#2: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 8 / MAPK 8 / JNK-46 / Stress-activated protein kinase 1c / SAPK1c / Stress-activated protein kinase ...MAPK 8 / JNK-46 / Stress-activated protein kinase 1c / SAPK1c / Stress-activated protein kinase JNK1 / c-Jun N-terminal kinase 1


分子量: 43154.875 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK8, JNK1, PRKM8, SAPK1, SAPK1C / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Variant (発現宿主): XL1-Blue / 参照: UniProt: P45983, mitogen-activated protein kinase

-
タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 CFIL

#3: タンパク質・ペプチド C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 1 / JNK-interacting protein 1 / Islet-brain 1 / IB-1 / JNK MAP kinase scaffold protein 1 / Mitogen- ...JNK-interacting protein 1 / Islet-brain 1 / IB-1 / JNK MAP kinase scaffold protein 1 / Mitogen-activated protein kinase 8-interacting protein 1


分子量: 1345.612 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UQF2
#4: タンパク質・ペプチド Pepstatin


タイプ: Oligopeptide / クラス: 酵素阻害剤 / 分子量: 685.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: Pepstatin

-
非ポリマー , 2種, 27分子

#5: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-ADN / ADENOSINE / アデノシン


分子量: 267.241 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O4

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.12 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Lithium Sulfate 1.8 M Tris 0.1 M Additives (0.002% w/v) Adenosine, Pepstatin A Epinephrine Sodium phenyl phosphate dibasic dehydrate Inosine 5-triphosphate trisodium salt pH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→49.383 Å / Num. obs: 58948 / % possible obs: 97.94 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.1345 / Rpim(I) all: 0.05445 / Net I/σ(I): 11.27
反射 シェル解像度: 3.2→3.314 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 1.842 / Mean I/σ(I) obs: 1.13 / Num. unique obs: 5875 / CC1/2: 0.42 / Rpim(I) all: 0.7352 / % possible all: 98.46

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1SVX chain A and 1UKH

1svx

1ukh


解像度: 3.2→49.383 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2124 2944 5 %
Rwork0.1753 --
obs0.1771 58926 97.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→49.383 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16102 0 177 0 16279
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00216587
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.49422485
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.5399907
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0412544
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042870
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.25250.43511550.38182636X-RAY DIFFRACTION99
3.2525-3.30860.37811530.35252648X-RAY DIFFRACTION98
3.3086-3.36870.36071400.32022654X-RAY DIFFRACTION98
3.3687-3.43350.38161430.3012693X-RAY DIFFRACTION98
3.4335-3.50360.33071250.29312628X-RAY DIFFRACTION98
3.5036-3.57970.33931400.27542558X-RAY DIFFRACTION94
3.5797-3.6630.24331600.23322655X-RAY DIFFRACTION99
3.663-3.75450.22551290.20742710X-RAY DIFFRACTION99
3.7545-3.8560.25851690.19872669X-RAY DIFFRACTION99
3.856-3.96940.23011220.18862696X-RAY DIFFRACTION99
3.9694-4.09750.22561280.18212679X-RAY DIFFRACTION99
4.0975-4.24390.21661350.16742674X-RAY DIFFRACTION99
4.2439-4.41370.18851510.14982699X-RAY DIFFRACTION99
4.4137-4.61440.16281510.14242623X-RAY DIFFRACTION97
4.6144-4.85750.16371230.12932586X-RAY DIFFRACTION95
4.8575-5.16160.16851390.13632701X-RAY DIFFRACTION99
5.1616-5.55960.18361350.14242718X-RAY DIFFRACTION99
5.5596-6.11810.20661230.16142721X-RAY DIFFRACTION99
6.1181-7.00130.19971580.16452604X-RAY DIFFRACTION96
7.0013-8.81270.16541300.14172734X-RAY DIFFRACTION99
8.8127-49.38880.18421350.15342696X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.95590.26361.95210.08870.64474.0455-0.5381-1.94981.09461.04880.22820.0884-0.0714-0.16930.51420.8853-0.02820.23170.8101-0.27341.2104204.2697.240230.216
27.3003-0.237-2.45062.80750.42154.5457-0.1482-0.60760.08820.2702-0.14030.03230.4890.06620.25510.6201-0.0567-0.09280.8772-0.15460.6406224.7486-2.963127.9972
33.48250.79681.16342.93063.45564.0864-0.21110.23240.2887-0.25220.2423-0.9179-0.41890.5536-0.20550.6485-0.0925-0.02390.98640.01820.8519243.6012-9.048512.9426
44.56250.65722.38724.02020.12298.629-0.04740.2313-0.22480.02640.25020.11980.30130.2419-0.26210.53390.02090.12630.68-0.01810.885230.8307-25.1994-6.4433
52.4638-0.7881-3.89667.2216-2.7888.7922-0.7287-0.5643-0.06820.1451-0.0411-1.41360.23711.56380.58151.0614-0.2624-0.28771.46860.14631.3406278.253511.692635.9807
66.436-0.18880.7226.29292.20955.4146-0.2264-0.3002-0.3377-0.10830.103-0.5868-0.31110.91270.24460.695-0.2223-0.1111.13870.25030.7467270.22214.882632.4744
74.9886-3.3966-0.6896.4179-0.721.881-0.1441-0.17240.33330.3714-0.0153-0.6986-0.47510.60660.16130.7639-0.2199-0.1010.86470.01090.6096262.055620.83126.0678
83.4571-0.7268-0.62222.724-1.81182.55330.1303-0.0072-0.142-0.2457-0.38060.1628-0.08270.14210.16940.9334-0.1316-0.09320.78120.00120.5866253.602518.278328.5055
95.3262.31830.22885.54340.28632.10670.2029-0.41010.05020.0595-0.21810.2905-0.2839-0.42780.04820.79780.055-0.04450.7273-0.04080.6175234.929818.223827.5132
105.15232.2661-0.93226.6451-1.12616.4240.2547-0.30271.10120.2442-0.28071.022-1.51740.16410.04881.1530.0461-0.10480.6623-0.0680.9521240.228936.073327.125
111.8718-1.81280.30797.1283-0.77013.84070.4190.41840.14-0.768-0.64120.092-0.30010.68530.2750.6168-0.13940.0340.86330.06010.684262.510315.604114.8143
123.6188-1.74242.78664.4208-5.79647.6314-0.46720.30632.03190.5002-0.9695-0.1971-2.83921.97971.80841.1527-0.4446-0.13591.1382-0.13130.8659259.012240.207633.6161
134.541-0.82512.3154.746-1.8155.90660.1232-0.2116-0.080.13690.2770.3187-0.30720.0088-0.41341.03880.11440.09690.79040.08610.6117281.3107-26.988849.6597
144.2763-2.7376-1.41792.89070.16320.92480.58890.6012-0.1906-1.3576-0.5124-0.06850.3614-0.1234-0.07131.54830.1324-0.06990.91130.04810.8469268.2551-12.689132.0444
152.4885-0.8949-1.30237.40121.85855.1691-0.0187-0.3325-0.04860.4936-0.04920.17930.23710.23950.00540.8038-0.0804-0.14020.87350.10160.5927251.7874.934347.3345
168.0999-2.47142.22366.2063-4.98588.49180.23350.4653-0.20040.30510.4780.4937-1.98770.0488-0.88291.65780.18530.10670.7136-0.14651.06289.6862-29.9317-6.7884
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206.3293-2.40140.54096.0232.18037.77350.28860.0679-0.3293-1.00340.0384-0.9337-0.71981.459-0.25651.4987-0.42890.22471.0439-0.18481.0141308.4224-20.231415.8247
213.7054-3.995-5.1146.24984.0999.13310.9202-0.74440.3251-0.2136-0.20110.6743-1.1937-0.3828-1.04141.3495-0.05670.13821.042-0.00881.1505292.7835-19.398817.3845
222.74421.72980.12932.34031.2658.87640.0798-0.333-0.23810.07110.2011-0.1719-0.76730.94-0.27110.906-0.07180.04441.0254-0.12180.9022300.3209-24.36929.4732
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257.1622-0.74522.6512.55951.72655.003-0.2171-0.66521.0411-0.625-0.23340.2089-2.2705-0.1560.41592.11760.16340.02651.05090.00011.1236291.3342-8.95339.495
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272.83351.69693.07193.14292.34856.11490.0902-0.1617-0.1669-0.20620.2248-0.09050.4529-0.0919-0.39750.8650.1876-0.01150.87550.05541.4305259.2815-43.5705-2.7402
288.5078-1.0628-1.2055.43360.85634.99180.1003-0.2605-0.29370.04620.1225-0.23010.27580.3369-0.24340.690.1069-0.06970.6885-0.12470.8584288.5765-43.20519.5477
291.877-0.8268-0.50083.73110.9933.62190.00360.26880.44820.2299-0.1232-0.1029-0.08790.02710.12430.5521-0.08950.06730.77940.11920.9293242.688-3.3725-16.615
301.3215-0.8143-0.88725.34310.67761.36930.3550.2179-0.20760.2882-0.1491-0.21120.1560.6849-0.07470.5669-0.04560.12091.00030.05370.9465246.9072-15.3359-19.6478
315.0295-1.46152.22654.2763-2.04484.75180.35470.5073-0.4764-0.581-0.0477-0.39880.53520.2611-0.18210.80240.15210.14360.8658-0.15830.9022251.4248-30.9695-27.915
321.8278-0.4147-0.54722.36521.71824.5882-0.05620.46530.5486-0.3158-0.0589-0.575-0.23860.73630.0690.67120.0840.14371.02620.14051.0448256.8726-11.2544-24.0553
334.06192.2832-0.79351.9382-0.37747.06860.46752.51681.5758-0.3309-0.67250.39021.012-0.78620.24530.8760.32150.25341.52610.27661.1303237.6082-7.5924-40.8526
340.1055-0.48090.68212.1949-3.11124.4078-0.03352.28220.0713-0.28040.1196-0.7471-0.20330.82120.44661.1031-0.37481.00331.4907-0.18142.1403264.6813-28.463-10.6279
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 6 through 23 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 24 through 134 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 135 through 181 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 182 through 325 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 8 through 29 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 30 through 63 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 64 through 144 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 145 through 191 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 192 through 270 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 271 through 321 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 322 through 362 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 154 through 162 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 13 through 134 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 135 through 181 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 182 through 325 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and (resid 8 through 29 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and (resid 30 through 63 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 64 through 92 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 93 through 114 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 115 through 164 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 165 through 182 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 183 through 241 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 242 through 270 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 271 through 321 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 322 through 362 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'F' and (resid 154 through 162 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'G' and (resid 13 through 181 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'G' and (resid 182 through 326 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'H' and (resid 8 through 145 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'H' and (resid 146 through 191 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'H' and (resid 192 through 290 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'H' and (resid 291 through 362 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'I' and (resid 154 through 163 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'L' and (resid 2 through 5 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る