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- PDB-2xqy: CRYSTAL STRUCTURE OF PSEUDORABIES CORE FRAGMENT OF GLYCOPROTEIN H... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xqy
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF PSEUDORABIES CORE FRAGMENT OF GLYCOPROTEIN H IN COMPLEX WITH FAB D6.3
要素
  • (A13-D6.3 MONOCLONAL ...) x 2
  • ENVELOPE GLYCOPROTEIN H
キーワードIMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN COMPLEX / ENVELOPE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endosome membrane / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1340 / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 - #50 / Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal domain / Herpesvirus glycoprotein H main domain / Herpesvirus glycoprotein H / Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal / Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal domain superfamily / Herpesvirus glycoprotein H C-terminal domain / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1340 / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 - #50 / Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal domain / Herpesvirus glycoprotein H main domain / Herpesvirus glycoprotein H / Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal / Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal domain superfamily / Herpesvirus glycoprotein H C-terminal domain / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein H
類似検索 - 構成要素
生物種SUID HERPESVIRUS (ヘルペスウイルス)
MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Backovic, M. / Dubois, R. / Cockburn, J. / Sharff, A. / Vaney, M. / Granzow, H. / Klupp, B. / Bricogne, G. / Mettenleiter, T. / Rey, F.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Structure of a Core Fragment of Glycoprotein H from Pseudorabies Virus in Complex with Antibody.
著者: Backovic, M. / Dubois, R.M. / Cockburn, J.J. / Sharff, A.J. / Vaney, M.C. / Granzow, H. / Klupp, B.G. / Bricogne, G. / Mettenleiter, T.C. / Rey, F.A.
履歴
登録2010年9月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / software / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _software.name / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENVELOPE GLYCOPROTEIN H
E: ENVELOPE GLYCOPROTEIN H
G: A13-D6.3 MONOCLONAL ANTIBODY
J: A13-D6.3 MONOCLONAL ANTIBODY
K: A13-D6.3 MONOCLONAL ANTIBODY
L: A13-D6.3 MONOCLONAL ANTIBODY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,87912
ポリマ－225,5366
非ポリマー2,3436
水17,150952
1
A: ENVELOPE GLYCOPROTEIN H
G: A13-D6.3 MONOCLONAL ANTIBODY
L: A13-D6.3 MONOCLONAL ANTIBODY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,0416
ポリマ－112,7683
非ポリマー1,2733
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
E: ENVELOPE GLYCOPROTEIN H
J: A13-D6.3 MONOCLONAL ANTIBODY
K: A13-D6.3 MONOCLONAL ANTIBODY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,8386
ポリマ－112,7683
非ポリマー1,0703
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.310, 100.630, 161.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.02, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.9998, 0.0205, -0.0048), (-0.0207, 0.9994, -0.0286), (0.0042, 0.0287, 0.9996)10.385, 47.697, -1.951
2given(0.997, 0.0774, 0.0013), (-0.0773, 0.9969, -0.0144), (-0.0024, 0.0142, 0.9999)9.594, 46.769, -2.052
3given(0.9961, -0.0887, -0.0017), (0.0887, 0.996, -0.0046), (0.0021, 0.0045, 1)-5.337, -47.699, 1.579

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要素

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抗体 , 2種, 4分子 GJKL

#2: 抗体 A13-D6.3 MONOCLONAL ANTIBODY


分子量: 28098.064 Da / 分子数: 2 / 断片: HEAVY CHAIN OF FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / Cell: B CELL HYBRIDOMA / 細胞株: A13-D6.3 MURINE B CELL HYBRIDOMA / プラスミド: PMT-FAB-STREP / 細胞株 (発現宿主): S2
発現宿主: DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
#3: 抗体 A13-D6.3 MONOCLONAL ANTIBODY


分子量: 24278.783 Da / 分子数: 2 / 断片: LIGHT CHAIN OF FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / Cell: B CELL HYBRIDOMA / 細胞株: A13-D6.3 MURINE B CELL HYBRIDOMA / プラスミド: PMT-FAB-STREP / 細胞株 (発現宿主): S2
発現宿主: DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)

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タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 954分子 AE

#1: タンパク質 ENVELOPE GLYCOPROTEIN H / GH


分子量: 60391.078 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 107-639 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SUID HERPESVIRUS (ヘルペスウイルス)
株: 1 / プラスミド: PT350 / 細胞株 (発現宿主): S2
発現宿主: DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P27416
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 952 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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糖 , 2種, 6分子

#4: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細PHE610 IS MODELED WITHOUT SIDE CHAIN. THE SEQUENCE DEPOSITED UNDER GB CBI70317.1 (CHAINS G AND J) ...PHE610 IS MODELED WITHOUT SIDE CHAIN. THE SEQUENCE DEPOSITED UNDER GB CBI70317.1 (CHAINS G AND J) CONTAINS THE WHOLE HEAVY CHAIN OF THE MONOCLONAL ANTIBODY THAT THE FAB D6.3 FRAGMENT IS DERIVED FROM. THE SEQUENCE COPIED HERE CORRESPONDS TO THE HEAVY CHAIN FRAGMENT THAT CONTRIBUTES TO THE FAB, I.E. IT DOES NOT CONTAIN THE FC C-TERMINAL REGION. CHAINS K AND L ARE GB CBI70318.1. THE CHAINS A AND E HAS C-TERMINAL DOUBLE STREP-TAG.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.4 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8
詳細: 0.1M IMIDAZOLE PH 8, 0.7M SODIUM FORMATE, 10.5% PEG 4,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.1399
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年3月28日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1399 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→58.13 Å / Num. obs: 151575 / % possible obs: 92.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 52.49 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 22.3
反射 シェル解像度: 2.05→2.16 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 55.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.0精密化
autoPROCデータ削減
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BBD

1bbd


解像度: 2.05→58.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9521 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU R Cruickshank DPI: 0.158 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.158 / SU Rfree Blow DPI: 0.133 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.134
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2046 7603 5.02 %RANDOM
Rwork0.1878 ---
obs0.1887 151525 91.85 %-
原子変位パラメータBiso mean: 70.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.8034 Å20 Å29.3841 Å2
2---0.465 Å20 Å2
3---6.2684 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.318 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→58.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13625 0 154 952 14731
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0114122HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0219265HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4594SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes288HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2218HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it14122HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion6.43
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.13
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1899SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact15695SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.1 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2859 258 5.02 %
Rwork0.2483 4878 -
all0.2501 5136 -
obs--91.85 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7111-0.3663-0.7450.38110.37152.28880.01090.2990.1843-0.0198-0.0319-0.0499-0.0306-0.41860.021-0.1650.0128-0.09280.00560.0527-0.22-29.588315.4618-59.3063
21.6298-0.3198-0.860.54530.57531.91840.00980.30510.1004-0.0074-0.024-0.03450.0741-0.24230.0142-0.10610.001-0.0963-0.0259-0.0343-0.2161-18.446465.4495-60.9675
31.2129-0.45720.55641.2845-0.34291.8033-0.11140.10950.24630.1126-0.0485-0.1218-0.31970.01930.15980.1144-0.0467-0.0746-0.25240.0301-0.1145-12.587823.6448-23.3323
41.3596-0.51570.670.8405-0.26091.6621-0.11490.16750.1653-0.0532-0.0325-0.1227-0.03090.26910.14750.0786-0.0329-0.0365-0.17110.0154-0.1048-1.158271.6415-25.0165
52.1241-0.40041.32790.927-0.38781.78290.1694-0.0035-0.16160.0221-0.054-0.05850.24840.1529-0.11530.0781-0.0455-0.0489-0.22490.0057-0.1229-0.997555.7525-16.0628
61.949-0.19661.08150.9174-0.15371.8074-0.01420.02130.14140.16210.0069-0.0365-0.0104-0.01440.00720.0382-0.0209-0.0554-0.2116-0.0121-0.1039-11.41417.7452-14.343
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN E)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN G)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN J)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN K)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN L)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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