[日本語] English
万見
- PDB-5xu0: Structure of the membrane fusion protein Spr0693 from Streptococc... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xu0
タイトルStructure of the membrane fusion protein Spr0693 from Streptococcus pneumoniae R6
要素Membrane-fusion protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / membrane fusion protein / channel
機能・相同性RND efflux pump, membrane fusion protein / RND efflux pump, membrane fusion protein, barrel-sandwich domain / Barrel-sandwich domain of CusB or HlyD membrane-fusion / transmembrane transporter activity / membrane => GO:0016020 / Membrane-fusion protein
機能・相同性情報
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Yang, H.B. / Jiang, Y.L. / Hou, W.T. / Chen, M.T. / Chen, Y. / Zhou, C.Z.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology2015CB910103 中国
National Natural Science Foundation of China31400628 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structure of a MacAB-like efflux pump from Streptococcus pneumoniae.
著者: Yang, H.B. / Hou, W.T. / Cheng, M.T. / Jiang, Y.L. / Chen, Y. / Zhou, C.Z.
履歴
登録2017年6月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Membrane-fusion protein
B: Membrane-fusion protein
C: Membrane-fusion protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,0703
ポリマ－87,0703
非ポリマー00
水00
1
A: Membrane-fusion protein
B: Membrane-fusion protein
C: Membrane-fusion protein

A: Membrane-fusion protein
B: Membrane-fusion protein
C: Membrane-fusion protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,1396
ポリマ－174,1396
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area14390 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area70130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)159.210, 159.210, 99.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

#1: タンパク質 Membrane-fusion protein


分子量: 29023.213 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP RESIDUES 59-324 / 変異: T197M, I317M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: ERS515107_03100 / プラスミド: pET29b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0Y3EE53
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.22 %
解説: The entry contains friedel pairs in F_plus/minus columns and I_plus/minus columns
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 7.5 % PEG 4000, 100 mM CaCl2, 10%-20% MPD

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97775 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97775 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→50 Å / Num. obs: 27463 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7 % / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 3→3.1 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: 1F3O

1f3o


解像度: 2.95→48.981 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.87
詳細: The entry contains friedel pairs in F_plus/minus columns and I_plus/minus columns
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3052 1305 4.75 %
Rwork0.2478 --
obs0.2504 27463 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→48.981 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5102 0 0 0 5102
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045142
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7936958
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.6963137
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045814
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003912
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9486-3.06660.45121350.40012844X-RAY DIFFRACTION99
3.0666-3.20610.40961410.36862862X-RAY DIFFRACTION100
3.2061-3.37510.38771350.32172853X-RAY DIFFRACTION100
3.3751-3.58650.34121420.28412871X-RAY DIFFRACTION100
3.5865-3.86330.31961650.26732861X-RAY DIFFRACTION100
3.8633-4.25190.29381430.24712897X-RAY DIFFRACTION100
4.2519-4.86670.25881660.21112888X-RAY DIFFRACTION100
4.8667-6.12970.26541520.24492954X-RAY DIFFRACTION100
6.1297-48.98750.30531260.21063128X-RAY DIFFRACTION100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る