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- PDB-4ci8: Crystal structure of the tandem atypical beta-propeller domain of EML1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ci8
タイトルCrystal structure of the tandem atypical beta-propeller domain of EML1
要素ECHINODERM MICROTUBULE-ASSOCIATED PROTEIN-LIKE 1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / EML1 / EML4-ALK / HSP90 INHIBITORS / TUBULIN-BINDING / BETA PROPELLER
機能・相同性
機能・相同性情報


mitotic spindle midzone / microtubule associated complex / mitotic spindle pole / neuroblast proliferation / hematopoietic progenitor cell differentiation / tubulin binding / mitotic spindle organization / brain development / microtubule cytoskeleton organization / microtubule binding ...mitotic spindle midzone / microtubule associated complex / mitotic spindle pole / neuroblast proliferation / hematopoietic progenitor cell differentiation / tubulin binding / mitotic spindle organization / brain development / microtubule cytoskeleton organization / microtubule binding / microtubule / calcium ion binding / perinuclear region of cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
HELP / HELP motif / : / Echinoderm microtubule-associated protein second beta-propeller / : / Echinoderm microtubule-associated protein first beta-propeller / : / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller ...HELP / HELP motif / : / Echinoderm microtubule-associated protein second beta-propeller / : / Echinoderm microtubule-associated protein first beta-propeller / : / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Echinoderm microtubule-associated protein-like 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Richards, M.W. / Bayliss, R.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Crystal Structure of Eml1 Reveals the Basis for Hsp90 Dependence of Oncogenic Eml4-Alk by Disruption of an Atypical Beta-Propeller Domain.
著者: Richards, M.W. / Law, E.W.P. / Rennalls, L.P. / Busacca, S. / O'Regan, L. / Fry, A.M. / Fennell, D.A. / Bayliss, R.
履歴
登録2013年12月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月12日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ECHINODERM MICROTUBULE-ASSOCIATED PROTEIN-LIKE 1
B: ECHINODERM MICROTUBULE-ASSOCIATED PROTEIN-LIKE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,77927
ポリマ－145,3772
非ポリマー2,40225
水3,747208
1
A: ECHINODERM MICROTUBULE-ASSOCIATED PROTEIN-LIKE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,93714
ポリマ－72,6891
非ポリマー1,24913
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ECHINODERM MICROTUBULE-ASSOCIATED PROTEIN-LIKE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,84113
ポリマ－72,6891
非ポリマー1,15312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6210 Å2
ΔGint-280.7 kcal/mol
Surface area46970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.980, 83.980, 115.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.61, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 ECHINODERM MICROTUBULE-ASSOCIATED PROTEIN-LIKE 1 / EMAP-1 / HUEMAP-1 PROTEIN 1


分子量: 72688.656 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 167-815 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PFASTBAC-FSSP / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O00423
#2: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.7 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.6
詳細: 100 MM TRI-SODIUM CITRATE PH 5.6, 2.0 M AMMONIUM SULPHATE, 200 MM POTASSIUM/SODIUM TARTRATE, 2 MM DTT.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.979
検出器タイプ: DECTRIS PIXEL / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→47.4 Å / Num. obs: 53683 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 42.06 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.6→47.375 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.83 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: RESIDUES 176-815 ARE ORDERED. THE PROTEIN CRYSTALLISED WAS SELENOMETHIONINE DERIVATIVE BUT SINCE SELENOMETHIONINE OCCUPANCY WAS PARTIAL ALL METHIONINE RESIDUES HAVE BEEN ASSIGNED AS MET RATHER THAN MSE.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2508 2726 5.1 %
Rwork0.1995 --
obs0.2022 53587 99.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.676 Å2 / ksol: 0.361 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 48.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.3728 Å2-0 Å214.5069 Å2
2--11.9981 Å20 Å2
3----9.6253 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→47.375 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9860 0 125 208 10193
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00410216
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.88513921
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7723491
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061528
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031765
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.64730.34161380.29012658X-RAY DIFFRACTION99
2.6473-2.69820.39221420.30242681X-RAY DIFFRACTION99
2.6982-2.75330.361360.30062628X-RAY DIFFRACTION99
2.7533-2.81310.37361530.28122663X-RAY DIFFRACTION99
2.8131-2.87850.30941120.25412701X-RAY DIFFRACTION99
2.8785-2.95050.37941260.26282670X-RAY DIFFRACTION99
2.9505-3.03030.3241460.26172670X-RAY DIFFRACTION99
3.0303-3.11940.31541660.26982644X-RAY DIFFRACTION99
3.1194-3.22010.31821420.23742669X-RAY DIFFRACTION100
3.2201-3.33520.27631350.21732663X-RAY DIFFRACTION99
3.3352-3.46870.23441490.19372716X-RAY DIFFRACTION99
3.4687-3.62650.26191550.19872641X-RAY DIFFRACTION99
3.6265-3.81760.25131620.1852666X-RAY DIFFRACTION100
3.8176-4.05660.18721700.16262650X-RAY DIFFRACTION100
4.0566-4.36970.17681510.14092673X-RAY DIFFRACTION99
4.3697-4.8090.1911360.13252681X-RAY DIFFRACTION98
4.809-5.5040.20271360.15562676X-RAY DIFFRACTION98
5.504-6.9310.24641290.20762742X-RAY DIFFRACTION100
6.931-47.38280.22141420.19352769X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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