PDB-2vax: Crystal structure of deacetylcephalosporin C acetyltransferase (C...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2vax

タイトル

Crystal structure of deacetylcephalosporin C acetyltransferase (Cephalosporin C-soak)

要素

ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

キーワード

TRANSFERASE / DEACETYLCEPHALOSPORIN C / CEPHALOSPORIN BIOSYNTHESIS / A/B-HYDROLASE FOLD / ANTIBIOTIC BIOSYNTHESIS / ACYLTRANSFERASE / ACETYL TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

deacetylcephalosporin-C acetyltransferase / deacetylcephalosporin-C acetyltransferase activity / homoserine metabolic process / homoserine O-acetyltransferase activity / methionine biosynthetic process / antibiotic biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

ACREMONIUM CHRYSOGENUM (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Lejon, S. / Ellis, J. / Valegard, K.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: The Last Step in Cephalosporin C Formation Revealed: Crystal Structures of Deacetylcephalosporin C Acetyltransferase from Acremonium Chrysogenum in Complexes with Reaction Intermediates.
著者: Lejon, S. / Ellis, J. / Valegard, K.

履歴

登録	2007年9月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年9月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2vax.cif.gz	815.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2vax.ent.gz	670.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2vax.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/va/2vax ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/va/2vax	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2vatC 2vavC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2vat-5 2vav-4 2vat-2 2vat-6 2vav-6 2vat-1 2vav-5 2vav-3 2vat-3 2vav-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

B: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

C: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

D: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

E: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

F: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

G: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

H: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

I: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

J: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

K: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

L: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

597 kDa, 12 ポリマー
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1

A: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

I: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
99.5 kDa, 2 ポリマー
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2

B: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

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3

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K: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

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4

F: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

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ヘテロ分子

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5

G: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

L: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

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6

C: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

J: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

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単位格子

Length a, b, c (Å)	121.357, 109.288, 195.388
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.03, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASN	ASN	ARG	ARG	A	A	7 - 33	66 - 92
2	1	ASN	ASN	ARG	ARG	B	B	7 - 33	66 - 92
3	1	ASN	ASN	ARG	ARG	C	C	7 - 33	66 - 92
4	1	ASN	ASN	ARG	ARG	D	D	7 - 33	66 - 92
5	1	ASN	ASN	ARG	ARG	E	E	7 - 33	66 - 92
6	1	ASN	ASN	ARG	ARG	F	F	7 - 33	66 - 92
7	1	ASN	ASN	ARG	ARG	G	G	7 - 33	66 - 92
8	1	ASN	ASN	ARG	ARG	H	H	7 - 33	66 - 92
9	1	ASN	ASN	ARG	ARG	I	I	7 - 33	66 - 92
10	1	ASN	ASN	ARG	ARG	J	J	7 - 33	66 - 92
11	1	ASN	ASN	ARG	ARG	K	K	7 - 33	66 - 92
12	1	ASN	ASN	ARG	ARG	L	L	7 - 33	66 - 92
1	2	VAL	VAL	LEU	LEU	A	A	35 - 59	94 - 118
2	2	VAL	VAL	LEU	LEU	B	B	35 - 59	94 - 118
3	2	VAL	VAL	LEU	LEU	C	C	35 - 59	94 - 118
4	2	VAL	VAL	LEU	LEU	D	D	35 - 59	94 - 118
5	2	VAL	VAL	LEU	LEU	E	E	35 - 59	94 - 118
6	2	VAL	VAL	LEU	LEU	F	F	35 - 59	94 - 118
7	2	VAL	VAL	LEU	LEU	G	G	35 - 59	94 - 118
8	2	VAL	VAL	LEU	LEU	H	H	35 - 59	94 - 118
9	2	VAL	VAL	LEU	LEU	I	I	35 - 59	94 - 118
10	2	VAL	VAL	LEU	LEU	J	J	35 - 59	94 - 118
11	2	VAL	VAL	LEU	LEU	K	K	35 - 59	94 - 118
12	2	VAL	VAL	LEU	LEU	L	L	35 - 59	94 - 118
1	3	SER	SER	VAL	VAL	A	A	61 - 127	120 - 186
2	3	SER	SER	VAL	VAL	B	B	61 - 127	120 - 186
3	3	SER	SER	VAL	VAL	C	C	61 - 127	120 - 186
4	3	SER	SER	VAL	VAL	D	D	61 - 127	120 - 186
5	3	SER	SER	VAL	VAL	E	E	61 - 127	120 - 186
6	3	SER	SER	VAL	VAL	F	F	61 - 127	120 - 186
7	3	SER	SER	VAL	VAL	G	G	61 - 127	120 - 186
8	3	SER	SER	VAL	VAL	H	H	61 - 127	120 - 186
9	3	SER	SER	VAL	VAL	I	I	61 - 127	120 - 186
10	3	SER	SER	VAL	VAL	J	J	61 - 127	120 - 186
11	3	SER	SER	VAL	VAL	K	K	61 - 127	120 - 186
12	3	SER	SER	VAL	VAL	L	L	61 - 127	120 - 186
1	4	ILE	ILE	VAL	VAL	A	A	129 - 139	188 - 198
2	4	ILE	ILE	VAL	VAL	B	B	129 - 139	188 - 198
3	4	ILE	ILE	VAL	VAL	C	C	129 - 139	188 - 198
4	4	ILE	ILE	VAL	VAL	D	D	129 - 139	188 - 198
5	4	ILE	ILE	VAL	VAL	E	E	129 - 139	188 - 198
6	4	ILE	ILE	VAL	VAL	F	F	129 - 139	188 - 198
7	4	ILE	ILE	VAL	VAL	G	G	129 - 139	188 - 198
8	4	ILE	ILE	VAL	VAL	H	H	129 - 139	188 - 198
9	4	ILE	ILE	VAL	VAL	I	I	129 - 139	188 - 198
10	4	ILE	ILE	VAL	VAL	J	J	129 - 139	188 - 198
11	4	ILE	ILE	VAL	VAL	K	K	129 - 139	188 - 198
12	4	ILE	ILE	VAL	VAL	L	L	129 - 139	188 - 198
1	5	GLN	GLN	ALA	ALA	A	A	141 - 159	200 - 218
2	5	GLN	GLN	ALA	ALA	B	B	141 - 159	200 - 218
3	5	GLN	GLN	ALA	ALA	C	C	141 - 159	200 - 218
4	5	GLN	GLN	ALA	ALA	D	D	141 - 159	200 - 218
5	5	GLN	GLN	ALA	ALA	E	E	141 - 159	200 - 218
6	5	GLN	GLN	ALA	ALA	F	F	141 - 159	200 - 218
7	5	GLN	GLN	ALA	ALA	G	G	141 - 159	200 - 218
8	5	GLN	GLN	ALA	ALA	H	H	141 - 159	200 - 218
9	5	GLN	GLN	ALA	ALA	I	I	141 - 159	200 - 218
10	5	GLN	GLN	ALA	ALA	J	J	141 - 159	200 - 218
11	5	GLN	GLN	ALA	ALA	K	K	141 - 159	200 - 218
12	5	GLN	GLN	ALA	ALA	L	L	141 - 159	200 - 218
1	6	PHE	PHE	ALA	ALA	A	A	161 - 217	220 - 276
2	6	PHE	PHE	ALA	ALA	B	B	161 - 217	220 - 276
3	6	PHE	PHE	ALA	ALA	C	C	161 - 217	220 - 276
4	6	PHE	PHE	ALA	ALA	D	D	161 - 217	220 - 276
5	6	PHE	PHE	ALA	ALA	E	E	161 - 217	220 - 276
6	6	PHE	PHE	ALA	ALA	F	F	161 - 217	220 - 276
7	6	PHE	PHE	ALA	ALA	G	G	161 - 217	220 - 276
8	6	PHE	PHE	ALA	ALA	H	H	161 - 217	220 - 276
9	6	PHE	PHE	ALA	ALA	I	I	161 - 217	220 - 276
10	6	PHE	PHE	ALA	ALA	J	J	161 - 217	220 - 276
11	6	PHE	PHE	ALA	ALA	K	K	161 - 217	220 - 276
12	6	PHE	PHE	ALA	ALA	L	L	161 - 217	220 - 276
1	7	LYS	LYS	PHE	PHE	A	A	219 - 235	278 - 294
2	7	LYS	LYS	PHE	PHE	B	B	219 - 235	278 - 294
3	7	LYS	LYS	PHE	PHE	C	C	219 - 235	278 - 294
4	7	LYS	LYS	PHE	PHE	D	D	219 - 235	278 - 294
5	7	LYS	LYS	PHE	PHE	E	E	219 - 235	278 - 294
6	7	LYS	LYS	PHE	PHE	F	F	219 - 235	278 - 294
7	7	LYS	LYS	PHE	PHE	G	G	219 - 235	278 - 294
8	7	LYS	LYS	PHE	PHE	H	H	219 - 235	278 - 294
9	7	LYS	LYS	PHE	PHE	I	I	219 - 235	278 - 294
10	7	LYS	LYS	PHE	PHE	J	J	219 - 235	278 - 294
11	7	LYS	LYS	PHE	PHE	K	K	219 - 235	278 - 294
12	7	LYS	LYS	PHE	PHE	L	L	219 - 235	278 - 294
1	8	MET	MET	ARG	ARG	A	A	237 - 279	296 - 338
2	8	MET	MET	ARG	ARG	B	B	237 - 279	296 - 338
3	8	MET	MET	ARG	ARG	C	C	237 - 279	296 - 338
4	8	MET	MET	ARG	ARG	D	D	237 - 279	296 - 338
5	8	MET	MET	ARG	ARG	E	E	237 - 279	296 - 338
6	8	MET	MET	ARG	ARG	F	F	237 - 279	296 - 338
7	8	MET	MET	ARG	ARG	G	G	237 - 279	296 - 338
8	8	MET	MET	ARG	ARG	H	H	237 - 279	296 - 338
9	8	MET	MET	ARG	ARG	I	I	237 - 279	296 - 338
10	8	MET	MET	ARG	ARG	J	J	237 - 279	296 - 338
11	8	MET	MET	ARG	ARG	K	K	237 - 279	296 - 338
12	8	MET	MET	ARG	ARG	L	L	237 - 279	296 - 338
1	9	ALA	ALA	SER	SER	A	A	282 - 307	341 - 366
2	9	ALA	ALA	SER	SER	B	B	282 - 307	341 - 366
3	9	ALA	ALA	SER	SER	C	C	282 - 307	341 - 366
4	9	ALA	ALA	SER	SER	D	D	282 - 307	341 - 366
5	9	ALA	ALA	SER	SER	E	E	282 - 307	341 - 366
6	9	ALA	ALA	SER	SER	F	F	282 - 307	341 - 366
7	9	ALA	ALA	SER	SER	G	G	282 - 307	341 - 366
8	9	ALA	ALA	SER	SER	H	H	282 - 307	341 - 366
9	9	ALA	ALA	SER	SER	I	I	282 - 307	341 - 366
10	9	ALA	ALA	SER	SER	J	J	282 - 307	341 - 366
11	9	ALA	ALA	SER	SER	K	K	282 - 307	341 - 366
12	9	ALA	ALA	SER	SER	L	L	282 - 307	341 - 366
1	10	GLY	GLY	ALA	ALA	A	A	309 - 330	368 - 389
2	10	GLY	GLY	ALA	ALA	B	B	309 - 330	368 - 389
3	10	GLY	GLY	ALA	ALA	C	C	309 - 330	368 - 389
4	10	GLY	GLY	ALA	ALA	D	D	309 - 330	368 - 389
5	10	GLY	GLY	ALA	ALA	E	E	309 - 330	368 - 389
6	10	GLY	GLY	ALA	ALA	F	F	309 - 330	368 - 389
7	10	GLY	GLY	ALA	ALA	G	G	309 - 330	368 - 389
8	10	GLY	GLY	ALA	ALA	H	H	309 - 330	368 - 389
9	10	GLY	GLY	ALA	ALA	I	I	309 - 330	368 - 389
10	10	GLY	GLY	ALA	ALA	J	J	309 - 330	368 - 389
11	10	GLY	GLY	ALA	ALA	K	K	309 - 330	368 - 389
12	10	GLY	GLY	ALA	ALA	L	L	309 - 330	368 - 389
1	11	SER	SER	GLY	GLY	A	A	332 - 345	391 - 404
2	11	SER	SER	GLY	GLY	B	B	332 - 345	391 - 404
3	11	SER	SER	GLY	GLY	C	C	332 - 345	391 - 404
4	11	SER	SER	GLY	GLY	D	D	332 - 345	391 - 404
5	11	SER	SER	GLY	GLY	E	E	332 - 345	391 - 404
6	11	SER	SER	GLY	GLY	F	F	332 - 345	391 - 404
7	11	SER	SER	GLY	GLY	G	G	332 - 345	391 - 404
8	11	SER	SER	GLY	GLY	H	H	332 - 345	391 - 404
9	11	SER	SER	GLY	GLY	I	I	332 - 345	391 - 404
10	11	SER	SER	GLY	GLY	J	J	332 - 345	391 - 404
11	11	SER	SER	GLY	GLY	K	K	332 - 345	391 - 404
12	11	SER	SER	GLY	GLY	L	L	332 - 345	391 - 404
1	12	SER	SER	ASP	ASP	A	A	347 - 381	406 - 440
2	12	SER	SER	ASP	ASP	B	B	347 - 381	406 - 440
3	12	SER	SER	ASP	ASP	C	C	347 - 381	406 - 440
4	12	SER	SER	ASP	ASP	D	D	347 - 381	406 - 440
5	12	SER	SER	ASP	ASP	E	E	347 - 381	406 - 440
6	12	SER	SER	ASP	ASP	F	F	347 - 381	406 - 440
7	12	SER	SER	ASP	ASP	G	G	347 - 381	406 - 440
8	12	SER	SER	ASP	ASP	H	H	347 - 381	406 - 440
9	12	SER	SER	ASP	ASP	I	I	347 - 381	406 - 440
10	12	SER	SER	ASP	ASP	J	J	347 - 381	406 - 440
11	12	SER	SER	ASP	ASP	K	K	347 - 381	406 - 440
12	12	SER	SER	ASP	ASP	L	L	347 - 381	406 - 440

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.9999, -0.0108, 0.01095), (0.01046, -0.9995, 0.03044), (-0.01127, 0.03033, 0.9995)	152.7, 19.97, 0.6275
2	given	(-0.7973, 0.1006, -0.5951), (0.07706, 0.9949, 0.06492), (0.5986, 0.005905, -0.801)	147.6, 0.9931, -18.94
3	given	(0.7981, -0.1, -0.5942), (-0.07633, -0.995, 0.06493), (-0.5977, -0.006466, -0.8017)	57.25, -23.75, 168
4	given	(1, 0.00072, 1.6E-5), (0.00072, -1, 0.000534), (1.6E-5, -0.000534, -1)	60.68, 22.07, 97.7
5	given	(-0.5185, 0.5007, 0.6931), (0.3403, 0.8645, -0.3699), (-0.7844, 0.04406, -0.6187)	110.2, -7.281, 56.21
6	given	(0.528, 0.4876, 0.6953), (0.3848, -0.8672, 0.316), (0.7571, 0.1007, -0.6455)	-8.558, -42.44, 58.06
7	given	(0.5275, -0.4873, -0.6959), (0.3851, 0.8673, -0.3155), (0.7572, -0.1016, 0.6452)	38.16, -54.17, -48.77
8	given	(-0.9999, 0.01186, 0.01086), (0.01152, 0.9995, -0.0304), (-0.01121, -0.03027, -0.9995)	212, 0.06128, 99.62
9	given	(-0.8005, -0.09654, -0.5915), (-0.04778, 0.9941, -0.09757), (0.5975, -0.04984, -0.8004)	157.4, 63.95, 41.78
10	given	(-0.8027, 0.1004, 0.5878), (-0.0501, -0.9936, 0.1013), (0.5942, 0.0519, 0.8026)	156.5, -29.16, -67.97
11	given	(-0.5184, -0.5007, -0.6933), (0.3401, -0.8645, 0.37), (-0.7846, -0.04399, 0.6184)	220.4, -44.9, 44.34

#1: タンパク質	ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE / DCPC-ATF / DAC ACETYLTRANSFERASE / DAC-AT / DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE 分子量: 49259.664 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ACREMONIUM CHRYSOGENUM (菌類) / プラスミド: PTWIN / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P39058, deacetylcephalosporin-C acetyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-CSC / 4-(3-ACETOXYMETHYL-2-CARBOXY-8-OXO-5-THIA-1-AZA-BICYCLO[4.2.0]OCT-2-EN-7-YLCARBAMOYL)-1-CARBOXY-BUTYL-AMMONIUM / CEPHALOSPORIN C 分子量: 416.426 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₂N₃O₈S / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 18-19% PEG 4000, 0.1M IMIDAZOLE, 0.5M NACL, 0.2M SODIUM ACETATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月9日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射	モノクロメーター: DIAMOND (111), GE(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→65.09 Å / Num. obs: 156738 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 14.7
反射シェル	解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.6→62.75 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.923 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.901 / SU B: 10.879 / SU ML: 0.236 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.715 / ESU R Free: 0.294 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 241-267 ARE DISORDERED.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24	3414	2.2 %	RANDOM
R_work	0.211	-	-	-
obs	0.212	153301	99.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.99 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.33 Å²	0 Å²	-0.07 Å²
2-	-	2.1 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→62.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	32625	0	340	207	33172

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	33955
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.909	1.952	46024
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.994	5	4145
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.354	22.61	1640
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.107	15	5358
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.932	15	336
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.128	0.2	4911
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	26528
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	15295
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.317	0.2	23563
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.136	0.2	1125
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.291	0.2	253
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.233	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.868	1.5	21088
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.414	2	33285
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.169	3	14489
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.642	4.5	12694
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	197	tight positional	0.06	0.05
1	2	B	197	tight positional	0.11	0.05
1	3	C	197	tight positional	0.07	0.05
1	4	D	197	tight positional	0.07	0.05
1	5	E	197	tight positional	0.07	0.05
1	6	F	197	tight positional	0.06	0.05
1	7	G	197	tight positional	0.13	0.05
1	8	H	197	tight positional	0.1	0.05
1	9	I	197	tight positional	0.07	0.05
1	10	J	197	tight positional	0.08	0.05
1	11	K	197	tight positional	0.07	0.05
1	12	L	197	tight positional	0.06	0.05
2	1	A	189	tight positional	0.06	0.05
2	2	B	189	tight positional	0.06	0.05
2	3	C	189	tight positional	0.06	0.05
2	4	D	189	tight positional	0.06	0.05
2	5	E	189	tight positional	0.05	0.05
2	6	F	189	tight positional	0.07	0.05
2	7	G	189	tight positional	0.07	0.05
2	8	H	189	tight positional	0.06	0.05
2	9	I	189	tight positional	0.06	0.05
2	10	J	189	tight positional	0.05	0.05
2	11	K	189	tight positional	0.05	0.05
2	12	L	189	tight positional	0.06	0.05
3	1	A	469	tight positional	0.05	0.05
3	2	B	469	tight positional	0.05	0.05
3	3	C	469	tight positional	0.07	0.05
3	4	D	469	tight positional	0.07	0.05
3	5	E	469	tight positional	0.05	0.05
3	6	F	469	tight positional	0.06	0.05
3	7	G	469	tight positional	0.06	0.05
3	8	H	469	tight positional	0.06	0.05
3	9	I	469	tight positional	0.05	0.05
3	10	J	469	tight positional	0.06	0.05
3	11	K	469	tight positional	0.06	0.05
3	12	L	469	tight positional	0.06	0.05
4	1	A	83	tight positional	0.06	0.05
4	2	B	83	tight positional	0.06	0.05
4	3	C	83	tight positional	0.06	0.05
4	4	D	83	tight positional	0.07	0.05
4	5	E	83	tight positional	0.06	0.05
4	6	F	83	tight positional	0.07	0.05
4	7	G	83	tight positional	0.08	0.05
4	8	H	83	tight positional	0.05	0.05
4	9	I	83	tight positional	0.05	0.05
4	10	J	83	tight positional	0.08	0.05
4	11	K	83	tight positional	0.07	0.05
4	12	L	83	tight positional	0.06	0.05
5	1	A	136	tight positional	0.08	0.05
5	2	B	136	tight positional	0.05	0.05
5	3	C	136	tight positional	0.06	0.05
5	4	D	136	tight positional	0.06	0.05
5	5	E	136	tight positional	0.06	0.05
5	6	F	136	tight positional	0.05	0.05
5	7	G	136	tight positional	0.06	0.05
5	8	H	136	tight positional	0.06	0.05
5	9	I	136	tight positional	0.05	0.05
5	10	J	136	tight positional	0.06	0.05
5	11	K	136	tight positional	0.06	0.05
5	12	L	136	tight positional	0.05	0.05
6	1	A	457	tight positional	0.08	0.05
6	2	B	457	tight positional	0.05	0.05
6	3	C	457	tight positional	0.06	0.05
6	4	D	457	tight positional	0.06	0.05
6	5	E	457	tight positional	0.05	0.05
6	6	F	457	tight positional	0.08	0.05
6	7	G	457	tight positional	0.06	0.05
6	8	H	457	tight positional	0.06	0.05
6	9	I	457	tight positional	0.06	0.05
6	10	J	457	tight positional	0.05	0.05
6	11	K	457	tight positional	0.06	0.05
6	12	L	457	tight positional	0.05	0.05
7	1	A	140	tight positional	0.07	0.05
7	2	B	140	tight positional	0.05	0.05
7	3	C	140	tight positional	0.05	0.05
7	4	D	140	tight positional	0.05	0.05
7	5	E	140	tight positional	0.07	0.05
7	6	F	140	tight positional	0.06	0.05
7	7	G	140	tight positional	0.06	0.05
7	8	H	140	tight positional	0.06	0.05
7	9	I	140	tight positional	0.05	0.05
7	10	J	140	tight positional	0.06	0.05
7	11	K	140	tight positional	0.06	0.05
7	12	L	140	tight positional	0.06	0.05
8	1	A	96	tight positional	0.05	0.05
8	2	B	96	tight positional	0.05	0.05
8	3	C	96	tight positional	0.04	0.05
8	4	D	96	tight positional	0.05	0.05
8	5	E	96	tight positional	0.05	0.05
8	6	F	96	tight positional	0.06	0.05
8	7	G	96	tight positional	0.05	0.05
8	8	H	96	tight positional	0.06	0.05
8	9	I	96	tight positional	0.05	0.05
8	10	J	96	tight positional	0.06	0.05
8	11	K	96	tight positional	0.06	0.05
8	12	L	96	tight positional	0.05	0.05
9	1	A	203	tight positional	0.05	0.05
9	2	B	203	tight positional	0.05	0.05
9	3	C	203	tight positional	0.06	0.05
9	4	D	203	tight positional	0.06	0.05
9	5	E	203	tight positional	0.05	0.05
9	6	F	203	tight positional	0.05	0.05
9	7	G	203	tight positional	0.06	0.05
9	8	H	203	tight positional	0.06	0.05
9	9	I	203	tight positional	0.05	0.05
9	10	J	203	tight positional	0.06	0.05
9	11	K	203	tight positional	0.06	0.05
9	12	L	203	tight positional	0.05	0.05
10	1	A	151	tight positional	0.08	0.05
10	2	B	151	tight positional	0.06	0.05
10	3	C	151	tight positional	0.05	0.05
10	4	D	151	tight positional	0.11	0.05
10	5	E	151	tight positional	0.06	0.05
10	6	F	151	tight positional	0.05	0.05
10	7	G	151	tight positional	0.06	0.05
10	8	H	151	tight positional	0.06	0.05
10	9	I	151	tight positional	0.06	0.05
10	10	J	151	tight positional	0.05	0.05
10	11	K	151	tight positional	0.05	0.05
10	12	L	151	tight positional	0.05	0.05
11	1	A	110	tight positional	0.06	0.05
11	2	B	110	tight positional	0.05	0.05
11	3	C	110	tight positional	0.06	0.05
11	4	D	110	tight positional	0.06	0.05
11	5	E	110	tight positional	0.06	0.05
11	6	F	110	tight positional	0.05	0.05
11	7	G	110	tight positional	0.04	0.05
11	8	H	110	tight positional	0.04	0.05
11	9	I	110	tight positional	0.05	0.05
11	10	J	110	tight positional	0.05	0.05
11	11	K	110	tight positional	0.05	0.05
11	12	L	110	tight positional	0.05	0.05
12	1	A	273	tight positional	0.08	0.05
12	2	B	273	tight positional	0.13	0.05
12	3	C	273	tight positional	0.08	0.05
12	4	D	273	tight positional	0.08	0.05
12	5	E	273	tight positional	0.08	0.05
12	6	F	273	tight positional	0.13	0.05
12	7	G	273	tight positional	0.08	0.05
12	8	H	273	tight positional	0.13	0.05
12	9	I	273	tight positional	0.13	0.05
12	10	J	273	tight positional	0.08	0.05
12	11	K	273	tight positional	0.08	0.05
12	12	L	273	tight positional	0.08	0.05
1	1	A	197	tight thermal	0.15	0.5
1	2	B	197	tight thermal	0.19	0.5
1	3	C	197	tight thermal	0.22	0.5
1	4	D	197	tight thermal	0.21	0.5
1	5	E	197	tight thermal	0.15	0.5
1	6	F	197	tight thermal	0.16	0.5
1	7	G	197	tight thermal	0.13	0.5
1	8	H	197	tight thermal	0.13	0.5
1	9	I	197	tight thermal	0.19	0.5
1	10	J	197	tight thermal	0.32	0.5
1	11	K	197	tight thermal	0.33	0.5
1	12	L	197	tight thermal	0.16	0.5
2	1	A	189	tight thermal	0.19	0.5
2	2	B	189	tight thermal	0.13	0.5
2	3	C	189	tight thermal	0.24	0.5
2	4	D	189	tight thermal	0.23	0.5
2	5	E	189	tight thermal	0.18	0.5
2	6	F	189	tight thermal	0.18	0.5
2	7	G	189	tight thermal	0.2	0.5
2	8	H	189	tight thermal	0.2	0.5
2	9	I	189	tight thermal	0.12	0.5
2	10	J	189	tight thermal	0.29	0.5
2	11	K	189	tight thermal	0.31	0.5
2	12	L	189	tight thermal	0.18	0.5
3	1	A	469	tight thermal	0.15	0.5
3	2	B	469	tight thermal	0.15	0.5
3	3	C	469	tight thermal	0.23	0.5
3	4	D	469	tight thermal	0.23	0.5
3	5	E	469	tight thermal	0.15	0.5
3	6	F	469	tight thermal	0.15	0.5
3	7	G	469	tight thermal	0.16	0.5
3	8	H	469	tight thermal	0.16	0.5
3	9	I	469	tight thermal	0.15	0.5
3	10	J	469	tight thermal	0.29	0.5
3	11	K	469	tight thermal	0.3	0.5
3	12	L	469	tight thermal	0.15	0.5
4	1	A	83	tight thermal	0.14	0.5
4	2	B	83	tight thermal	0.2	0.5
4	3	C	83	tight thermal	0.24	0.5
4	4	D	83	tight thermal	0.25	0.5
4	5	E	83	tight thermal	0.15	0.5
4	6	F	83	tight thermal	0.17	0.5
4	7	G	83	tight thermal	0.15	0.5
4	8	H	83	tight thermal	0.16	0.5
4	9	I	83	tight thermal	0.18	0.5
4	10	J	83	tight thermal	0.35	0.5
4	11	K	83	tight thermal	0.33	0.5
4	12	L	83	tight thermal	0.18	0.5
5	1	A	136	tight thermal	0.16	0.5
5	2	B	136	tight thermal	0.16	0.5
5	3	C	136	tight thermal	0.18	0.5
5	4	D	136	tight thermal	0.19	0.5
5	5	E	136	tight thermal	0.16	0.5
5	6	F	136	tight thermal	0.17	0.5
5	7	G	136	tight thermal	0.2	0.5
5	8	H	136	tight thermal	0.2	0.5
5	9	I	136	tight thermal	0.17	0.5
5	10	J	136	tight thermal	0.32	0.5
5	11	K	136	tight thermal	0.31	0.5
5	12	L	136	tight thermal	0.14	0.5
6	1	A	457	tight thermal	0.14	0.5
6	2	B	457	tight thermal	0.13	0.5
6	3	C	457	tight thermal	0.13	0.5
6	4	D	457	tight thermal	0.13	0.5
6	5	E	457	tight thermal	0.14	0.5
6	6	F	457	tight thermal	0.15	0.5
6	7	G	457	tight thermal	0.17	0.5
6	8	H	457	tight thermal	0.17	0.5
6	9	I	457	tight thermal	0.14	0.5
6	10	J	457	tight thermal	0.2	0.5
6	11	K	457	tight thermal	0.2	0.5
6	12	L	457	tight thermal	0.15	0.5
7	1	A	140	tight thermal	0.15	0.5
7	2	B	140	tight thermal	0.16	0.5
7	3	C	140	tight thermal	0.15	0.5
7	4	D	140	tight thermal	0.16	0.5
7	5	E	140	tight thermal	0.15	0.5
7	6	F	140	tight thermal	0.19	0.5
7	7	G	140	tight thermal	0.13	0.5
7	8	H	140	tight thermal	0.12	0.5
7	9	I	140	tight thermal	0.16	0.5
7	10	J	140	tight thermal	0.13	0.5
7	11	K	140	tight thermal	0.13	0.5
7	12	L	140	tight thermal	0.19	0.5
8	1	A	96	tight thermal	0.09	0.5
8	2	B	96	tight thermal	0.14	0.5
8	3	C	96	tight thermal	0.13	0.5
8	4	D	96	tight thermal	0.13	0.5
8	5	E	96	tight thermal	0.09	0.5
8	6	F	96	tight thermal	0.11	0.5
8	7	G	96	tight thermal	0.12	0.5
8	8	H	96	tight thermal	0.12	0.5
8	9	I	96	tight thermal	0.13	0.5
8	10	J	96	tight thermal	0.19	0.5
8	11	K	96	tight thermal	0.19	0.5
8	12	L	96	tight thermal	0.11	0.5
9	1	A	203	tight thermal	0.11	0.5
9	2	B	203	tight thermal	0.16	0.5
9	3	C	203	tight thermal	0.18	0.5
9	4	D	203	tight thermal	0.17	0.5
9	5	E	203	tight thermal	0.11	0.5
9	6	F	203	tight thermal	0.16	0.5
9	7	G	203	tight thermal	0.13	0.5
9	8	H	203	tight thermal	0.13	0.5
9	9	I	203	tight thermal	0.16	0.5
9	10	J	203	tight thermal	0.27	0.5
9	11	K	203	tight thermal	0.28	0.5
9	12	L	203	tight thermal	0.15	0.5
10	1	A	151	tight thermal	0.15	0.5
10	2	B	151	tight thermal	0.15	0.5
10	3	C	151	tight thermal	0.13	0.5
10	4	D	151	tight thermal	0.12	0.5
10	5	E	151	tight thermal	0.15	0.5
10	6	F	151	tight thermal	0.12	0.5
10	7	G	151	tight thermal	0.15	0.5
10	8	H	151	tight thermal	0.16	0.5
10	9	I	151	tight thermal	0.16	0.5
10	10	J	151	tight thermal	0.21	0.5
10	11	K	151	tight thermal	0.22	0.5
10	12	L	151	tight thermal	0.12	0.5
11	1	A	110	tight thermal	0.16	0.5
11	2	B	110	tight thermal	0.13	0.5
11	3	C	110	tight thermal	0.13	0.5
11	4	D	110	tight thermal	0.13	0.5
11	5	E	110	tight thermal	0.15	0.5
11	6	F	110	tight thermal	0.14	0.5
11	7	G	110	tight thermal	0.15	0.5
11	8	H	110	tight thermal	0.13	0.5
11	9	I	110	tight thermal	0.11	0.5
11	10	J	110	tight thermal	0.12	0.5
11	11	K	110	tight thermal	0.13	0.5
11	12	L	110	tight thermal	0.14	0.5
12	1	A	273	tight thermal	0.15	0.5
12	2	B	273	tight thermal	0.13	0.5
12	3	C	273	tight thermal	0.12	0.5
12	4	D	273	tight thermal	0.12	0.5
12	5	E	273	tight thermal	0.15	0.5
12	6	F	273	tight thermal	0.15	0.5
12	7	G	273	tight thermal	0.14	0.5
12	8	H	273	tight thermal	0.14	0.5
12	9	I	273	tight thermal	0.14	0.5
12	10	J	273	tight thermal	0.16	0.5
12	11	K	273	tight thermal	0.16	0.5
12	12	L	273	tight thermal	0.15	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.67 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0	0
R_work	0.239	11466

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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