PDB-4qmb: The structure of inorganic pyrophosphatase from Schistosoma japonicum

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4qmb

タイトル

The structure of inorganic pyrophosphatase from Schistosoma japonicum

要素

SJCHGC07024 protein

キーワード

HYDROLASE / METAL BINDING PROTEIN / pyrophosphatase

機能・相同性

機能・相同性情報

inorganic diphosphatase / inorganic diphosphate phosphatase activity / phosphate-containing compound metabolic process / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Schistosoma japonicum (にほんじゅうけつきゅうちゅう)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.603 Å

データ登録者

Wu, Q.F.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The structure and function of inorganic pyrophosphatase from Schistosoma japonicum
著者: Wu, Q.F.

履歴

登録	2014年6月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年7月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月24日	Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4qmb.cif.gz	238.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4qmb.ent.gz	193.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4qmb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4qmb_validation.pdf.gz	434.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4qmb_full_validation.pdf.gz	458.2 KB	表示
XML形式データ	4qmb_validation.xml.gz	25.4 KB	表示
CIF形式データ	4qmb_validation.cif.gz	34.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qm/4qmb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qm/4qmb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1e9gS 4qlz S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4qlz-d 6c45-1 5w8o-d 2vav-3 4ci8-1 4h5u-2 2vat-6 3gnq-9 4hc5-d 2vax-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SJCHGC07024 protein

B: SJCHGC07024 protein

65.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.750, 75.750, 122.962
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

#1: タンパク質	SJCHGC07024 protein / Inorganic pyrophosphatase 分子量: 32713.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schistosoma japonicum (にほんじゅうけつきゅうちゅう) プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5DE13
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.46 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 0.1M Tris-HCl pH 6.8, 2M NH4SO4, 0.04M MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9707 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9707 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.603→37.88 Å / Num. all: 24093 / Num. obs: 24093 / % possible obs: 99.69 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 2.603→2.696 Å / % possible all: 99.33

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1496)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1E9G

1e9g

解像度: 2.603→37.875 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 28.49 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2631	1984	8.24 %
R_work	0.2024	-	-
obs	0.2075	24077	99.62 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.603→37.875 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4530	0	0	88	4618

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	4629
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.467	6280
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.836	1701
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	658
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	810

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.6031-2.6682	0.3509	146	0.2261	1561	99
2.6682-2.7403	0.35	138	0.2407	1559	100
2.7403-2.8209	0.3623	150	0.2404	1610	100
2.8209-2.9119	0.3164	136	0.2303	1605	100
2.9119-3.0159	0.3387	147	0.2289	1566	100
3.0159-3.1366	0.2706	135	0.2248	1591	100
3.1366-3.2793	0.3015	144	0.2151	1589	100
3.2793-3.4521	0.266	151	0.204	1590	100
3.4521-3.6682	0.2641	131	0.1997	1556	100
3.6682-3.9512	0.2869	141	0.1855	1558	99
3.9512-4.3483	0.1876	133	0.1742	1599	99
4.3483-4.9763	0.228	146	0.1612	1583	100
4.9763-6.265	0.2699	141	0.2006	1588	100
6.265-37.879	0.2336	145	0.2275	1538	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5783	0.6069	0.4158	2.583	1.1286	2.0455	0.0514	0.0804	-0.1331	-0.0703	-0.1812	0.0777	0.1256	-0.0852	0.1045	0.3289	0.0638	0.0167	0.3456	-0.0461	0.3506	16.5504	-14.3978	-12.9527
2	1.6639	-0.4909	-0.3939	2.5326	1.1045	2.059	0.0303	-0.0764	0.128	0.113	-0.1697	0.093	-0.0602	-0.0918	0.0959	0.3326	-0.0533	-0.0171	0.3478	-0.0334	0.3357	16.5191	14.4277	14.797

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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