ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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ADSC | Quantumデータ収集 | PHENIX | | モデル構築 | PHENIX | (phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化 | HKL-2000 | | データ削減 | HKL-2000 | | データスケーリング | PHENIX | | 位相決定 | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1E9G 解像度: 2.326→34.89 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 31.3 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.2695 | 1712 | 5.07 % | RANDOM |
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Rwork | 0.2107 | - | - | - |
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obs | 0.2137 | 33768 | 98.41 % | - |
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all | - | 33768 | - | - |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.326→34.89 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 4530 | 0 | 18 | 80 | 4628 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.01 | 4637 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.377 | 6292 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d15.068 | 1701 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.059 | 658 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.009 | 810 | | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | % reflection obs (%) |
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2.3262-2.3946 | 0.3722 | 117 | 0.3001 | 2472 | 90 | 2.3946-2.4719 | 0.3515 | 150 | 0.285 | 2692 | 100 | 2.4719-2.5602 | 0.2978 | 146 | 0.2588 | 2679 | 100 | 2.5602-2.6627 | 0.3301 | 154 | 0.2577 | 2729 | 100 | 2.6627-2.7838 | 0.3357 | 146 | 0.2477 | 2718 | 100 | 2.7838-2.9305 | 0.3201 | 139 | 0.2526 | 2747 | 100 | 2.9305-3.114 | 0.3244 | 137 | 0.2459 | 2700 | 100 | 3.114-3.3543 | 0.283 | 146 | 0.2243 | 2720 | 100 | 3.3543-3.6915 | 0.2724 | 144 | 0.2123 | 2712 | 99 | 3.6915-4.2249 | 0.2748 | 125 | 0.1961 | 2644 | 97 | 4.2249-5.3199 | 0.2332 | 166 | 0.173 | 2563 | 96 | 5.3199-34.8979 | 0.2325 | 142 | 0.1945 | 2680 | 98 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 2.0964 | -0.0186 | -0.6198 | 1.6477 | -0.2057 | 2.0955 | -0.0058 | -0.0865 | -0.07 | 0.1123 | -0.0045 | 0.1344 | 0.0401 | -0.235 | 0.0125 | 0.4087 | 0.0323 | -0.0071 | 0.4999 | -0.0067 | 0.4748 | 34.5028 | 87.7285 | 14.0133 | 2 | 1.9188 | -0.6782 | -0.3146 | 2.0642 | 0.5378 | 1.8987 | 0.0282 | 0.1503 | -0.1539 | -0.1045 | 0 | 0.0227 | 0.1831 | 0.1274 | -0.034 | 0.4539 | 0.0449 | -0.0095 | 0.479 | -0.0017 | 0.4867 | 58.7142 | 73.7338 | -14.5579 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | CHAIN A2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | CHAIN B | |
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