PDB-5ljf: Crystal structure of the endo-1,4-glucanase RBcel1 E135A with cel...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ljf

タイトル

Crystal structure of the endo-1,4-glucanase RBcel1 E135A with cellotriose

要素

Endoglucanase

キーワード

HYDROLASE / GLYCOSYL HYDROLASE FAMILY 5 / CELLULASE / TIM BARREL / BETA-1 / 4-ENDOGLUCANASE

機能・相同性

機能・相同性情報

glucan catabolic process / cellulase / cellulase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

uncultured bacterium (環境試料)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.73439601224 Å

データ登録者

Dutoit, R. / Collet, L. / Galleni, M. / Bauvois, C.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021
タイトル: Glycoside hydrolase family 5: structural snapshots highlighting the involvement of two conserved residues in catalysis.
著者: Collet, L. / Vander Wauven, C. / Oudjama, Y. / Galleni, M. / Dutoit, R.

履歴

登録	2016年7月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年8月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.0	2021年7月21日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / citation / citation_author / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_close_contact / struct_conn Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_value_order
改定 3.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 3.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ljf.cif.gz	194.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ljf.ent.gz	124.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ljf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ljf_validation.pdf.gz	819.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ljf_full_validation.pdf.gz	822.5 KB	表示
XML形式データ	5ljf_validation.xml.gz	33 KB	表示
CIF形式データ	5ljf_validation.cif.gz	51.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lj/5ljf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lj/5ljf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6zz3C 4ee9S 4m24 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4m24-d 6a7b-1 4ee9-d 4a3u-1 4jvm-1 4aeo-2 4lx4-2 3mvi-2 4lx4-3 6r2j-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Endoglucanase

B: Endoglucanase

ヘテロ分子

73.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Endoglucanase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Endoglucanase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.690, 99.310, 148.580
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質

Endoglucanase

分子量: 36324.016 Da / 分子数: 2 / 変異: E135A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

uncultured bacterium (環境試料) / プラスミド: pET-22b / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C1JI15, cellulase

#2: 多糖

beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-cellotriose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-cellotriose

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 821 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.98 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: Crystals were grown at 19 C using the hanging drop method by mixing 2 uL of protein solution (385 uM of protein in 20 mM NaPi pH 6.5 and cellotriose 5 mM) , with 2 uL of resevoir buffer (100 ...詳細: Crystals were grown at 19 C using the hanging drop method by mixing 2 uL of protein solution (385 uM of protein in 20 mM NaPi pH 6.5 and cellotriose 5 mM) , with 2 uL of resevoir buffer (100 mM Tris HCl pH 7.4 with 17.5 pc w/v polyethylene glycol 600) containing seeds. Crystals were cryoprotected by equilibrating 2 hours the drop against 500 uL reservoir containing 0.1M Tris PEG 600 30pc pH 7.4.

結晶

マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.98 %

結晶化

温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: Crystals were grown at 19 C using the hanging drop method by mixing 2 uL of protein solution (385 uM of protein in 20 mM NaPi pH 6.5 and cellotriose 5 mM) , with 2 uL of resevoir buffer (100 ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.73→47.09 Å / Num. obs: 70572 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 8.6 % / B_iso Wilson estimate: 20.2870816768 Å² / R_merge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 15.81
反射シェル	解像度: 1.73→1.8 Å / 冗長度: 8 % / R_merge(I) obs: 0.86 / Mean I/σ(I) obs: 2.54 / % possible all: 94

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER	phenix.automr_1.10.1_2155	位相決定
PHENIX	phenix.autobuild_1.10.1_2155	モデル構築
Coot	0.7.1	モデル構築
PHENIX	1.10.1_2155	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4EE9 polyalanine

4ee9

解像度: 1.73439601224→38.918562621 Å / SU ML: 0.198744573079 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35787498699 / 位相誤差: 21.8447173464

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.212305648019	3529	5.00120459731 %
R_work	0.175578724123	-	-
obs	0.177417744335	70563	99.3397342043 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.3568679699 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.73439601224→38.918562621 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5065	0	68	821	5954

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00643096369537	5308
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.920329285218	7213
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0564654844079	746
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00658217571003	926
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.7941097506	3110

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7344-1.7582	0.329794649418	122	0.324532924097	2314	X-RAY DIFFRACTION	85.7142857143
1.7582-1.7833	0.317605187415	138	0.26462061076	2614	X-RAY DIFFRACTION	99.9636759898
1.7833-1.8099	0.290279338463	140	0.246439688418	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8099-1.8382	0.293385613392	141	0.226389374185	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8382-1.8683	0.244449991314	138	0.214032923351	2630	X-RAY DIFFRACTION	99.9277978339
1.8683-1.9005	0.266493944436	143	0.203714913375	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9005-1.9351	0.252561436175	138	0.206855022424	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9351-1.9723	0.280176595553	141	0.219453794148	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9723-2.0126	0.272754981849	140	0.217251831044	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0126-2.0563	0.294953922854	141	0.211300658223	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0563-2.1041	0.270440186013	142	0.204787227857	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1041-2.1568	0.245995136108	140	0.198702518929	2657	X-RAY DIFFRACTION	99.9642601858
2.1568-2.2151	0.234487190977	141	0.192878940947	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2151-2.2802	0.255390223372	142	0.187403002464	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2802-2.3538	0.230790252161	140	0.190366783246	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3538-2.4379	0.274303827821	142	0.181067272379	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4379-2.5355	0.2546474392	143	0.191809301698	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5355-2.6509	0.20016471555	141	0.181118741939	2670	X-RAY DIFFRACTION	99.9644381223
2.6509-2.7906	0.218436082654	142	0.180096245696	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7906-2.9654	0.217082688453	143	0.17714716587	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9654-3.1943	0.207545230843	143	0.170926057239	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1943-3.5156	0.179604791377	144	0.157335041708	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5156-4.0238	0.175309480938	144	0.146163385691	2735	X-RAY DIFFRACTION	99.8959056211
4.0238-5.0678	0.128591096376	148	0.125588653562	2796	X-RAY DIFFRACTION	99.8982015609
5.0678-38.9283	0.172290785126	152	0.147918614617	2883	X-RAY DIFFRACTION	98.3792544571

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