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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ee9 | ||||||
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Title | Crystal structure of the RBcel1 endo-1,4-glucanase | ||||||
![]() | Endoglucanase | ||||||
![]() | HYDROLASE / GLYCOSYL HYDROLASE FAMILY 5 / CELLULASE / TIM BARREL / BETA-1 / 4-ENDOGLUCANASE | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Delsaute, M. / Berlemont, R. / Van Elder, D. / Galleni, M. / Bauvois, C. | ||||||
![]() | ![]() Title: Three-dimensional structure of RBcel1, a metagenome-derived psychrotolerant family GH5 endoglucanase. Authors: Delsaute, M. / Berlemont, R. / Dehareng, D. / Van Elder, D. / Galleni, M. / Bauvois, C. #1: Journal: ISME J / Year: 2009 Title: Insights into bacterial cellulose biosynthesis by functional metagenomics on Antarctic soil samples. Authors: Berlemont, R. / Delsaute, M. / Pipers, D. / D'Amico, S. / Feller, G. / Galleni, M. / Power, P. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 163.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 136.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 436.8 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 438.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 19.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 31.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 36382.051 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 31-351 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Plasmid: pET-22b / Production host: ![]() ![]() | ||
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#2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.24 Å3/Da / Density % sol: 45.05 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: 17% PEG 600, 0.1M Tris-HCl pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Oct 2, 2011 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9797 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.38→30.05 Å / Num. all: 67174 / Num. obs: 67782 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 9.5 % / Biso Wilson estimate: 11.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 20.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.38→1.46 Å / Redundancy: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 9218 / % possible all: 94.5 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 62.101 Å2 / ksol: 0.376 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.381→30.05 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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