+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3nco | ||||||
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Title | Crystal structure of FnCel5A from F. nodosum Rt17-B1 | ||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE / FnCel5A / F. nodosum Rt17-B1 | ||||||
Function / homology | Function and homology information organic substance metabolic process / cellulase / cellulase activity / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Fervidobacterium nodosum (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 1.5 Å | ||||||
Authors | Zheng, B.S. / Yang, W. / Wang, Y. / Lou, Z.Y. / Rao, Z.H. / Feng, Y. | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal structure of FnCel5A from F. nodosum Rt17-B1 Authors: Zheng, B.S. / Rao, Z.H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3nco.cif.gz | 277.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3nco.ent.gz | 234.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3nco.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/3nco ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/3nco | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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4 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 37803.254 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Fervidobacterium nodosum (bacteria) / Strain: Rt17-B1 / Plasmid: pET-15b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 (DE3) References: UniProt: D4PEB3, UniProt: A7HNC0*PLUS, cellulase #2: Protein/peptide | | Mass: 332.310 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: The peptide was chemically synthesized. #3: Protein/peptide | | Mass: 332.310 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: The peptide was chemically synthesized. #4: Chemical | ChemComp-PO4 / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.48 Å3/Da / Density % sol: 50.32 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: BL-5A / Wavelength: 0.9798, 0.9795, 0.9600 | ||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Oct 25, 2008 | ||||||||||||
Radiation | Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 1.5→50 Å / Num. all: 122364 / Num. obs: 121477 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.072 | ||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 1.67→1.75 Å / Rmerge(I) obs: 0.407 / Num. unique all: 12477 / % possible all: 99 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 1.5→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 3.803 / SU ML: 0.07 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.099 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 23.414 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.5→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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