PDB-4n7w: Crystal Structure of the sodium bile acid symporter from Yersinia...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4n7w

タイトル

Crystal Structure of the sodium bile acid symporter from Yersinia frederiksenii

要素

Transporter, sodium/bile acid symporter family

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / slc10 / sodium symport / bile acid / membrane protein / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Consortium on Membrane Protein Structure / NYCOMPS

機能・相同性

Na+/H+ antiporter like fold - #20 / Na+/H+ antiporter like fold / Up-down Bundle / Mainly Alpha / CITRIC ACID / Chem-MPG / :

機能・相同性情報

生物種

Yersinia frederiksenii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.951 Å

データ登録者

Zhou, X. / Levin, E.J. / Zhou, M. / New York Consortium on Membrane Protein Structure (NYCOMPS)

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Structural basis of the alternating-access mechanism in a bile acid transporter.
著者: Zhou, X. / Levin, E.J. / Pan, Y. / McCoy, J.G. / Sharma, R. / Kloss, B. / Bruni, R. / Quick, M. / Zhou, M.

履歴

登録	2013年10月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年1月22日	Group: Database references
改定 1.2	2016年6月8日	Group: Atomic model
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4n7w.cif.gz	239.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4n7w.ent.gz	195.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4n7w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/4n7w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/4n7w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4n7xC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7cyg-2 3zns-3 7cyg-1 6lh1-d 5zzt-d 4mzd-d 4u7x-d 6a13-d 6w44-d 1a4m-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Transporter, sodium/bile acid symporter family

B: Transporter, sodium/bile acid symporter family

ヘテロ分子

66.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transporter, sodium/bile acid symporter family

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Transporter, sodium/bile acid symporter family

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	189.406, 46.223, 70.357
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.680, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Transporter, sodium/bile acid symporter family 分子量: 32723.092 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Yersinia frederiksenii (バクテリア) 遺伝子: yfred0001_28600 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C4ST46
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 化合物	ChemComp-MPG / [(Z)-octadec-9-enyl] (2R)-2,3-bis(oxidanyl)propanoate 分子量: 356.540 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₄₀O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.8 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.5 詳細: 30% PEG 400, 100 mM sodium citrate, 100 mM NaCl, 3% (w/v) D-trehalose, 1-oleoyl-rac-glycerol, pH 5.5, lipid cubic phase, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.99999 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月23日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.99999 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 43734 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 30.42 Å² / R_merge(I) obs: 0.076 / Χ²: 0.986 / Net I/σ(I): 13.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.95-1.98	3.5	0.586	2165	0.803	1	100
1.98-2.02	3.5	0.481	2193	0.791	1	99.2
2.02-2.06	3.6	0.417	2150	0.829	1	100
2.06-2.1	3.5	0.362	2184	0.938	1	99.5
2.1-2.15	3.6	0.296	2143	0.995	1	100
2.15-2.2	3.5	0.241	2221	1.06	1	100
2.2-2.25	3.6	0.224	2125	1.118	1	99.8
2.25-2.31	3.5	0.196	2204	1.119	1	99.9
2.31-2.38	3.6	0.169	2160	1.111	1	100
2.38-2.46	3.5	0.143	2190	1.245	1	100
2.46-2.54	3.5	0.135	2214	1.102	1	100
2.54-2.65	3.6	0.113	2150	1.137	1	99.9
2.65-2.77	3.6	0.1	2197	1.061	1	100
2.77-2.91	3.6	0.094	2207	0.959	1	100
2.91-3.1	3.6	0.084	2193	0.935	1	100
3.1-3.33	3.6	0.076	2201	0.957	1	100
3.33-3.67	3.6	0.072	2199	0.912	1	99.9
3.67-4.2	3.6	0.061	2237	0.839	1	99.9
4.2-5.29	3.4	0.05	2119	0.895	1	95.7
5.29-50	3.6	0.047	2282	0.911	1	98.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.951→30.492 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8528 / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.94 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2234	2219	5.08 %
R_work	0.1857	41499	-
obs	0.1876	43718	99.36 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 141.5 Å² / B_iso mean: 33.7489 Å² / B_iso min: 13.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.951→30.492 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4575	0	76	147	4798

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4761
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.09	6486
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	803
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	777
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.095	1680

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.951-1.9935	0.2521	141	0.2119	2471	2612	96
1.9935-2.0398	0.2427	143	0.1964	2522	2665	99
2.0398-2.0908	0.2376	125	0.1913	2612	2737	100
2.0908-2.1473	0.2367	137	0.1865	2574	2711	100
2.1473-2.2105	0.2219	130	0.1787	2633	2763	100
2.2105-2.2818	0.2155	157	0.1741	2572	2729	100
2.2818-2.3634	0.2327	123	0.1628	2568	2691	100
2.3634-2.4579	0.2386	151	0.1646	2602	2753	100
2.4579-2.5697	0.2124	133	0.172	2631	2764	100
2.5697-2.7052	0.2258	120	0.1668	2632	2752	100
2.7052-2.8745	0.2146	133	0.1664	2579	2712	100
2.8745-3.0963	0.2137	150	0.1805	2612	2762	100
3.0963-3.4075	0.2114	154	0.1787	2585	2739	100
3.4075-3.8997	0.2052	144	0.1914	2639	2783	100
3.8997-4.9099	0.2363	128	0.2014	2560	2688	97
4.9099-30.4955	0.2278	150	0.197	2707	2857	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9055	-1.5168	-1.0015	1.2501	0.6615	1.2595	0.0217	-0.4419	0.6539	0.0222	0.2427	-0.4564	-0.2089	0.4653	-0.2028	0.2838	-0.041	0.0107	0.2523	-0.0965	0.3861	-30.5515	-8.3321	31.6694
2	2.5759	-0.7415	0.2511	0.7239	-0.2772	0.9336	-0.0244	-0.0677	0.1054	0.0442	0.0577	-0.0481	-0.1098	0.0894	-0.039	0.1898	-0.0173	0.0392	0.123	-0.0454	0.1456	-30.3191	-18.9843	28.2798
3	4.0182	0.1843	1.0914	0.9377	-0.5733	3.8462	0.1655	0.2796	-0.5793	0.1606	0.1132	-0.3379	0.4772	0.1854	-0.2365	0.3596	0.0482	-0.019	0.1493	-0.0972	0.3524	-28.1817	-40.3815	-12.8378
4	2.4796	0.7824	-0.3573	1.2602	0.3362	1.6742	0.0963	-0.364	-0.0441	0.1411	-0.041	-0.0587	0.146	0.2157	-0.0555	0.2545	0.03	0.0084	0.2113	-0.0263	0.1205	-25.9139	-24.5844	0.1194
5	1.8591	0.6986	0.5369	0.8818	0.116	0.4501	0.0354	0.0532	-0.2214	0.1009	0.0585	-0.1328	0.1102	0.1624	-0.0909	0.3013	0.0392	0.0089	0.2164	-0.0512	0.1653	-21.1783	-30.8282	-6.5036
6	4.2829	0.2287	-1.2219	0.8761	-0.2832	1.7898	0.0759	-0.0368	-0.1409	0.1019	-0.0643	-0.0794	0.1341	0.3388	-0.0394	0.2888	0.0066	-0.0081	0.2498	-0.0194	0.136	-22.5275	-26.9788	-10.7596

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 60 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 61 through 307 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 5 through 48 )	B
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 49 through 164 )	B
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 165 through 259 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 260 through 306 )	B

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