PDB-1q13: Crystal structure of rabbit 20alpha hyroxysteroid dehydrogenase i...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1q13

タイトル

Crystal structure of rabbit 20alpha hyroxysteroid dehydrogenase in ternary complex with NADP and testosterone

要素

Prostaglandin-E2 9-reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / 20alpha-HSD / hydroxysteroid dehydrogenase / aldo-keto reductase / TIM-barrel / AKR / testosterone / ternary complex

機能・相同性

機能・相同性情報

prostaglandin-E2 9-reductase / prostaglandin E2 9-reductase activity / 20alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / 17-alpha,20-alpha-dihydroxypregn-4-en-3-one dehydrogenase [NAD(P)+] activity / prostaglandin biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.08 Å

データ登録者

Couture, J.-F. / Cantin, L. / Legrand, P. / Luu-The, V. / Labrie, F. / Breton, R.

引用

ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2004
タイトル: Loop relaxation, a mechanism that explains the reduced specificity of rabbit 20alpha-hydroxysteroid dehydrogenase, a member of the aldo-keto reductase superfamily.
著者: Couture, J.F. / Legrand, P. / Cantin, L. / Labrie, F. / Luu-The, V. / Breton, R.

履歴

登録	2003年7月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年11月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2017年12月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.5	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1q13.cif.gz	150.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1q13.ent.gz	118 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1q13.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/1q13 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/1q13	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1q5mC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3uzz-2 2p5n-1 1j96-2 4lbs-d 7d17-d 7coz-3 3cot-1 3r43-d 3r94-d 3buv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (10)

登録構造単位

A: Prostaglandin-E2 9-reductase

B: Prostaglandin-E2 9-reductase

ヘテロ分子

75.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Prostaglandin-E2 9-reductase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Prostaglandin-E2 9-reductase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.210, 84.046, 66.249
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.17, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Refine code: 1

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	LYS	LYS	ARG	ARG	A	A	4 - 7	4 - 7
2	1	1	LYS	LYS	ARG	ARG	B	B	4 - 7	4 - 7
3	2	1	ASP	ASP	TYR	TYR	A	A	12 - 24	12 - 24
4	2	1	ASP	ASP	TYR	TYR	B	B	12 - 24	12 - 24
5	3	1	ILE	ILE	ILE	ILE	A	A	40 - 42	40 - 42
6	3	1	ILE	ILE	ILE	ILE	B	B	40 - 42	40 - 42
7	4	1	ALA	ALA	HIS	HIS	A	A	44 - 48	44 - 48
8	4	1	ALA	ALA	HIS	HIS	B	B	44 - 48	44 - 48
9	5	1	ASP	ASP	GLU	GLU	A	A	50 - 58	50 - 58
10	5	1	ASP	ASP	GLU	GLU	B	B	50 - 58	50 - 58
11	6	1	ASP	ASP	PRO	PRO	A	A	78 - 92	78 - 92
12	6	1	ASP	ASP	PRO	PRO	B	B	78 - 92	78 - 92
13	7	1	PRO	PRO	LEU	LEU	A	A	97 - 99	97 - 99
14	7	1	PRO	PRO	LEU	LEU	B	B	97 - 99	97 - 99
15	8	1	VAL	VAL	ALA	ALA	A	A	111 - 121	111 - 121
16	8	1	VAL	VAL	ALA	ALA	B	B	111 - 121	111 - 121
17	9	1	ILE	ILE	TRP	TRP	A	A	144 - 148	144 - 148
18	9	1	ILE	ILE	TRP	TRP	B	B	144 - 148	144 - 148
19	10	1	ALA	ALA	GLU	GLU	A	A	150 - 152	150 - 152
20	10	1	ALA	ALA	GLU	GLU	B	B	150 - 152	150 - 152
21	11	1	CYS	CYS	ARG	ARG	A	A	154 - 170	154 - 170
22	11	1	CYS	CYS	ARG	ARG	B	B	154 - 170	154 - 170
23	12	1	PRO	PRO	GLN	GLN	A	A	186 - 199	186 - 199
24	12	1	PRO	PRO	GLN	GLN	B	B	186 - 199	186 - 199
25	13	1	LEU	LEU	GLU	GLU	A	A	202 - 224	202 - 224
26	13	1	LEU	LEU	GLU	GLU	B	B	202 - 224	202 - 224
27	14	1	PRO	PRO	VAL	VAL	A	A	225 - 234	225 - 234
28	14	1	PRO	PRO	VAL	VAL	B	B	225 - 234	225 - 234
29	15	1	GLN	GLN	SER	SER	A	A	250 - 271	250 - 271
30	15	1	GLN	GLN	SER	SER	B	B	250 - 271	250 - 271
31	16	1	VAL	VAL	SER	SER	A	A	295 - 298	295 - 298
32	16	1	VAL	VAL	SER	SER	B	B	295 - 298	295 - 298
33	17	1	PRO	PRO	ASP	ASP	A	A	318 - 321	318 - 321
34	17	1	PRO	PRO	ASP	ASP	B	B	318 - 321	318 - 321
1	1	2	NAP	NAP	NAP	NAP	A	D	401
2	1	2	NAP	NAP	NAP	NAP	B	F	402

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Prostaglandin-E2 9-reductase / 20-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / 20-alpha-HSD 分子量: 36720.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / プラスミド: pGEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl-21(DE3)pLysS 参照: UniProt: P80508, prostaglandin-E2 9-reductase, 20alpha-hydroxysteroid dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#4: 化合物	ChemComp-TES / TESTOSTERONE / テストステロン分子量: 288.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₈O₂ / コメント: ホルモン*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 392 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.24 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG4000, ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 200 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年7月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.08→5.06 Å / Num. all: 81288 / Num. obs: 37115 / Observed criterion σ(F): 7.2 / Observed criterion σ(I): 13
反射シェル	解像度: 2.1→2.15 Å / % possible all: 59

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
XDS		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.08→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.91 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.86 / SU B: 8.783 / SU ML: 0.228 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.1 / ESU R: 0.354 / ESU R Free: 0.249 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28008	1754	5 %	RANDOM
R_work	0.22643	-	-	-
obs	0.22918	33320	93.54 %	-
all	-	76308	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.287 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.09 Å²	0 Å²	0.16 Å²
2-	-	0.06 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.08→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5111	0	122	392	5625

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.025	0.022	5366
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.013	1.992	7286
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.177	5	636
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.134	0.2	798
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	4006
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.295	0.2	3156
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.265	0.2	450
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.561	0.2	86
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.477	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.915	1.5	3198
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.388	2	5178
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.423	3	2168
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.427	4.5	2108

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1268	tight positional	0.09	0.05
2	2	B	48	tight positional	0.09	0.05
1	1	A	1268	tight thermal	0.25	0.3
2	2	B	48	tight thermal	0.48	0.3

LS精密化シェル

解像度: 2.084→2.175 Å / Total num. of bins used: 12 /

	R_factor	反射数
R_free	0.307	188
R_work	0.258	3649

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8825	0.4683	-0.0842	1.3726	-0.2404	1.3053	-0.0119	0.0381	0.0724	0.0331	0.0168	0.0702	-0.0615	0.0929	-0.0049	0.7805	0.0082	-0.0004	0.2914	0.0165	0.0159	15.994	0.388	32.043
2	0.7218	0.3047	-0.1426	1.006	0.2102	1.0648	-0.0451	0.0049	-0.0203	-0.0014	-0.0144	-0.01	0.0062	-0.1402	0.0595	0.7925	-0.0024	-0.0101	0.3584	-0.0118	0.0475	41.681	0.819	-0.28

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 323	2 - 323
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	D	401	1
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	F	501	1
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	G	602 - 802	1 - 201
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	2 - 323	2 - 323
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	E	402	1
7	X-RAY DIFFRACTION	2	B	H	405 - 593	3 - 191

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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