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Yorodumi- PDB-4aeo: Structure of Xenobiotic Reductase B from Pseudomonas putida in co... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4aeo | ||||||
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Title | Structure of Xenobiotic Reductase B from Pseudomonas putida in complex with TNT | ||||||
Components | XENOBIOTIC REDUCTASE B | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | PSEUDOMONAS PUTIDA KT2440 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.7 Å | ||||||
Authors | Carvalho, A.L. / Mukhopadhyay, A. / Romao, M.J. / Bursakov, S. / Kladova, A. / Ramos, J.L. / van Dillewijn, P. | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Structural Determinants of Aromatic Ring Reduction in the Xenobiotic Reductase B from Pseudomonas Putida Authors: Carvalho, A.L. / Mukhopadhyay, A. / Bonifacio, C. / Romao, M.J. / Bursakov, S. / Kladova, A. / Ramos, J.L. / Van Dillewijn, P. | ||||||
History |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4aeo.cif.gz | 296.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4aeo.ent.gz | 253.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4aeo.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/4aeo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/4aeo | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4ab4C 4a89 C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.9999, 0.0095, 0.0097), Vector: |
-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 39374.148 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) PSEUDOMONAS PUTIDA KT2440 (bacteria) / References: UniProt: Q88PD0 |
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-Non-polymers , 5 types, 770 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-GOL / | #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 49 % / Description: NONE |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID14-2 / Wavelength: 0.933 |
Detector | Type: ADSC CCD / Detector: CCD |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.933 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.7→25.6 Å / Num. obs: 79931 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(I): 2.7 / Redundancy: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 11.44 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 9.8 |
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.79 Å / Redundancy: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 93.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.7→25.565 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.36 / Phase error: 18.19 / Stereochemistry target values: MLHL
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.17 Å / VDW probe radii: 0.4 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.555 Å2 / ksol: 0.472 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→25.565 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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