PDB-4aeo: Structure of Xenobiotic Reductase B from Pseudomonas putida in co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4aeo

タイトル

Structure of Xenobiotic Reductase B from Pseudomonas putida in complex with TNT

要素

XENOBIOTIC REDUCTASE B

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素)

機能・相同性

機能・相同性情報

FMN binding /

oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

PSEUDOMONAS PUTIDA KT2440 (シュードモナス・プチダ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Carvalho, A.L. / Mukhopadhyay, A. / Romao, M.J. / Bursakov, S. / Kladova, A. / Ramos, J.L. / van Dillewijn, P.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural Determinants of Aromatic Ring Reduction in the Xenobiotic Reductase B from Pseudomonas Putida
著者: Carvalho, A.L. / Mukhopadhyay, A. / Bonifacio, C. / Romao, M.J. / Bursakov, S. / Kladova, A. / Ramos, J.L. / Van Dillewijn, P.

履歴

登録	2012年1月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年1月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4aeo.cif.gz	296.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4aeo.ent.gz	253.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4aeo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/4aeo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/4aeo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ab4C 4a89 PDB 未公開エントリ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ab4-2 4im4-2 5k0r-d 3amg-1 3azt-1 2hs6-1 4r7o-1 3hgs-2 5k1w-d 6uff-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: XENOBIOTIC REDUCTASE B

B: XENOBIOTIC REDUCTASE B

ヘテロ分子

80.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: XENOBIOTIC REDUCTASE B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: XENOBIOTIC REDUCTASE B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.180, 105.320, 106.800
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.9999, 0.0095, 0.0097), (0.0101, -0.998, -0.0626), (0.0091, 0.0627, -0.998)
ベクター: -33.4947, 1.3063, 3.9597)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	XENOBIOTIC REDUCTASE B / OLD YELLOW ENZYME 分子量: 39374.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) PSEUDOMONAS PUTIDA KT2440 (シュードモナス・プチダ) 参照: UniProt: Q88PD0

-
非ポリマー , 5種, 770分子

#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN / フラビンモノヌクレオチド分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-TNL / 2,4,6-TRINITROTOLUENE / TNT / トリニトロトルエン分子量: 227.131 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₅N₃O₆
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 762 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 49 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→25.6 Å / Num. obs: 79931 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(I): 2.7 / 冗長度: 5.6 % / B_iso Wilson estimate: 11.44 Å² / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 9.8
反射シェル	解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 93.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→25.565 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.19 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.205	8018	10.04 %
R_work	0.1719	-	-
obs	0.1752	79856	95.15 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.17 Å / VDWプローブ半径: 0.4 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 50.555 Å² / k_sol: 0.472 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.5197 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.5395 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.0199 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→25.565 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5304	0	115	762	6181

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	5585
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.16	7637
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.402	2042
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	818
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1020

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.7193	0.2677	273	0.2167	2306	X-RAY DIFFRACTION	93
1.7193-1.7395	0.2502	280	0.2028	2289	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7395-1.7608	0.2504	265	0.2008	2320	X-RAY DIFFRACTION	93
1.7608-1.783	0.2487	265	0.1948	2307	X-RAY DIFFRACTION	93
1.783-1.8065	0.2583	275	0.1926	2295	X-RAY DIFFRACTION	92
1.8065-1.8312	0.2375	231	0.1808	2312	X-RAY DIFFRACTION	93
1.8312-1.8574	0.2371	259	0.1717	2298	X-RAY DIFFRACTION	92
1.8574-1.8851	0.2124	252	0.177	2307	X-RAY DIFFRACTION	93
1.8851-1.9145	0.2147	233	0.1673	2339	X-RAY DIFFRACTION	92
1.9145-1.9459	0.2201	285	0.1671	2286	X-RAY DIFFRACTION	93
1.9459-1.9795	0.2104	267	0.1611	2294	X-RAY DIFFRACTION	92
1.9795-2.0154	0.1958	256	0.1566	2316	X-RAY DIFFRACTION	94
2.0154-2.0542	0.2101	261	0.1544	2344	X-RAY DIFFRACTION	93
2.0542-2.0961	0.1838	230	0.1549	2340	X-RAY DIFFRACTION	93
2.0961-2.1417	0.1939	253	0.1525	2351	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1417-2.1915	0.1995	275	0.143	2358	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1915-2.2462	0.1943	264	0.1484	2337	X-RAY DIFFRACTION	94
2.2462-2.3069	0.1874	284	0.1549	2334	X-RAY DIFFRACTION	94
2.3069-2.3748	0.1892	255	0.154	2395	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3748-2.4514	0.2004	244	0.1511	2432	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4514-2.5389	0.1863	274	0.1627	2388	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5389-2.6404	0.2012	255	0.1613	2437	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6404-2.7605	0.1926	245	0.1656	2482	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7605-2.9058	0.1967	296	0.1595	2482	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9058-3.0876	0.1831	289	0.1679	2505	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0876-3.3255	0.1917	272	0.1753	2547	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3255-3.6593	0.2201	263	0.1849	2600	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6593-4.1868	0.172	289	0.1651	2575	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1868-5.2674	0.2149	308	0.1851	2567	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2674-25.5674	0.2275	320	0.2314	2695	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.116	-0.0957	0.08	0.1007	-0.0193	0.0954	0.0073	-0.015	-0.0254	-0.0246	0.0048	0.029	0.0139	-0.0049	-0	0.0501	0.0066	-0.0089	0.0514	-0.0043	0.0628	-22.2313	-6.3321	2.0454
2	0.0575	-0.0242	0.001	0.0285	0.0334	0.0895	-0.0174	-0.0165	-0.0594	-0.0831	0.0745	0.1067	0.0539	-0.0437	0.001	0.0709	-0.007	-0.0095	0.0574	0.0166	0.1044	-17.1738	-24.6347	8.1737
3	0.0414	0.0207	-0.0234	0.0097	-0.0082	0.0205	-0.0064	0.0438	0.0127	-0.0142	-0.007	-0.021	0.0548	-0.0073	-0.0015	0.074	0.0172	-0.0069	0.0689	-0.0071	0.0793	-8.0019	-17.5596	-4.9369
4	0.0162	0.0012	-0.0146	0.0051	-0.0059	0.0148	0.0456	0.0602	-0.0754	-0.0177	-0.0197	0.0268	0.0402	0.0098	0	0.0741	-0.0104	-0.0136	0.0514	-0.0006	0.0675	-11.0531	-13.4061	6.1757
5	0.0334	-0.0284	0.0072	0.0211	-0.0016	0.0114	0.0242	0.0476	-0.0328	0.0158	-0.0041	-0.038	0.0483	-0.0287	0	0.0973	0.0163	-0.0162	0.0697	-0.0077	0.0853	-0.0067	-18.3344	5.4269
6	0.039	0.0004	-0.0002	0.0146	-0.0039	0.011	0.027	0.0026	0.0154	0.0084	-0.0111	-0.0051	-0.0315	-0.0011	0	0.0916	0.0018	-0.0169	0.0748	0.0039	0.0778	-7.6326	-12.1107	13.3358
7	0.0485	-0.003	0.0512	0.0387	-0.0157	0.0544	-0.0222	-0.0669	-0.0133	0.06	0.0108	-0.0113	0.0012	-0.0063	0	0.0586	0.0061	0.0002	0.0808	0.0003	0.0483	-4.8681	-5.2662	16.4525
8	0.2425	-0.2449	0.0784	0.2645	-0.0462	0.1315	-0.0236	-0.1984	-0.0512	0.08	0.0452	0.1001	-0.0232	-0.0824	0.0568	0.0556	0.0215	0.0065	0.1098	-0.0062	0.0301	-26.6991	-0.1865	16.0759
9	0.0816	0.0398	-0.0471	0.0709	-0.0734	0.0723	0.0087	-0.019	-0.0072	-0.0234	0.0243	0.0685	-0.0119	-0.0194	0.002	0.0529	0.0059	0.0038	0.0591	0.0065	0.0534	12.0018	2.8915	-8.9919
10	0.0477	0.001	0.0051	0.0122	0.0056	0.0197	0.0118	-0.0558	0.035	0.0359	-0.028	0.0379	-0.0142	-0.0353	0	0.0622	0.01	0.0104	0.0765	-0.0008	0.0613	10.2933	9.9285	0.7807
11	0.0795	-0.0046	0.0363	0.0172	0.0214	0.1864	-0.0019	-0.0102	0.1085	0.0243	0.016	0.0305	-0.0384	-0.0747	0.0058	0.067	0.0324	0.0258	0.0209	0.01	0.1128	15.6511	17.8511	-7.209
12	0.0435	-0.0377	-0.0683	0.0394	0.0421	0.134	0.0523	0.0057	0.0457	0.1133	0.0636	0.1392	-0.1137	-0.0926	0.0418	0.114	0.0057	0.0002	0.098	0.0265	0.1415	17.9775	29.3335	-14.0946
13	0.1374	0.0445	0.0183	0.0271	-0.029	0.0943	0.0017	-0.165	-0.0429	0.096	0.0166	-0.1417	-0.1373	0.0256	0.0201	0.0619	-0.003	-0.0046	0.0813	-0.0167	0.067	25.8794	16.0939	1.863
14	0.008	-0.0031	0.0082	0.0043	-0.0094	0.0062	-0.0169	-0.0068	-0.0035	-0.0044	-0.0162	-0.0448	-0.0106	-0.0234	-0.0203	0.0431	0.004	0.0054	0.0393	0.0118	0.0446	22.5551	12.4558	-9.6185
15	0.0238	-0.0118	0.0176	0.02	0.0175	0.0547	-0.0153	-0.0196	0.007	0.0208	-0.026	-0.1116	-0.049	0.0381	-0.0001	0.075	-0.002	0.0093	0.0701	0.0166	0.0806	33.6792	17.1135	-8.6978
16	0.0601	-0.0274	-0.022	0.0245	-0.0063	0.0089	-0.0153	-0.0087	-0.0113	-0.0117	0.0005	-0.0079	0.0095	-0.0106	-0.0394	0.06	0.0091	0.009	0.0624	0.0183	0.046	25.7747	11.5261	-16.9358
17	0.0619	0.0152	-0.0412	0.0558	0.0248	0.0358	-0.0634	0.0496	0.0391	-0.0061	-0.0101	-0.0249	-0.0432	-0.0289	-0.0008	0.0671	-0.0015	0.0047	0.0832	0.0051	0.0572	30.1715	6.6533	-19.6414
18	0.0149	-0.0015	-0.013	0.0075	0.0036	0.0098	-0.0242	0.0713	-0.0318	-0.0846	-0.0023	0.0108	0.0152	-0.021	-0	0.0691	0.0075	-0.0069	0.0795	0.004	0.0633	25.5865	1.4692	-21.8609
19	0.0088	-0.0125	0.0051	0.0282	0.0172	0.0161	0.0159	0.0567	0.0418	-0.0572	0.0189	0.0163	0.0268	-0.0275	-0	0.0762	-0.005	-0.007	0.1	0.0015	0.0584	13.1908	-3.781	-21.9904
20	0.0171	0.0071	-0.0126	0.0249	-0.0059	0.011	-0.0637	0.0391	0.005	-0.0211	0.0611	0.1286	-0.0154	-0.0657	-0.0433	0.0806	0.0053	0.0009	0.1068	0.0137	0.0783	-0.3855	4.1808	-17.9907

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 3:90)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 91:144)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 145:164)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 165:184)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESSEQ 185:217)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESSEQ 218:239)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESSEQ 240:289)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN A AND (RESSEQ 290:350)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESSEQ 2:63)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESSEQ 64:90)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN B AND (RESSEQ 91:115)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN B AND (RESSEQ 116:144)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN B AND (RESSEQ 145:164)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN B AND (RESSEQ 165:184)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN B AND (RESSEQ 185:217)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN B AND (RESSEQ 218:239)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN B AND (RESSEQ 240:270)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN B AND (RESSEQ 271:289)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	CHAIN B AND (RESSEQ 290:322)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	CHAIN B AND (RESSEQ 323:350)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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