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- PDB-6a7b: AKR1C3 complexed with new inhibitor with novel scaffold -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6a7b
タイトルAKR1C3 complexed with new inhibitor with novel scaffold
要素Aldo-keto reductase family 1 member C3
キーワードOXIDOREDUCTASE / Aldo-keto reductase family 1 member C3 / type 5 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase / prostaglandin F synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


prostaglandin-F synthase / testosterone 17beta-dehydrogenase (NADP+) / prostaglandin D2 11-ketoreductase activity / ketoreductase activity / prostaglandin F synthase activity / cellular response to prostaglandin stimulus / cellular response to corticosteroid stimulus / macromolecule metabolic process / 15-hydroxyprostaglandin-D dehydrogenase (NADP+) activity / 3beta(or 20alpha)-hydroxysteroid dehydrogenase ...prostaglandin-F synthase / testosterone 17beta-dehydrogenase (NADP+) / prostaglandin D2 11-ketoreductase activity / ketoreductase activity / prostaglandin F synthase activity / cellular response to prostaglandin stimulus / cellular response to corticosteroid stimulus / macromolecule metabolic process / 15-hydroxyprostaglandin-D dehydrogenase (NADP+) activity / 3beta(or 20alpha)-hydroxysteroid dehydrogenase / negative regulation of retinoic acid biosynthetic process / 5-alpha-androstane-3-beta,17-beta-diol dehydrogenase (NADP+) activity / Delta4-3-oxosteroid 5beta-reductase activity / farnesol catabolic process / geranylgeranyl reductase activity / 3alpha-hydroxysteroid 3-dehydrogenase / cellular response to jasmonic acid stimulus / 3alpha(17beta)-hydroxysteroid dehydrogenase (NAD+) / prostanoid biosynthetic process / androsterone dehydrogenase [NAD(P)+] activity / testosterone dehydrogenase (NADP+) activity / regulation of testosterone biosynthetic process / ketosteroid monooxygenase activity / RA biosynthesis pathway / testosterone biosynthetic process / cellular response to prostaglandin D stimulus / Synthesis of bile acids and bile salts via 24-hydroxycholesterol / : / 3alpha(or 20beta)-hydroxysteroid dehydrogenase / androstan-3-alpha,17-beta-diol dehydrogenase (NAD+) activity / testosterone dehydrogenase (NAD+) activity / regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / retinal metabolic process / progesterone metabolic process / 17beta-estradiol 17-dehydrogenase / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) activity / estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)+] activity / : / prostaglandin H2 endoperoxidase reductase activity / all-trans-retinol dehydrogenase (NADP+) activity / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / daunorubicin metabolic process / doxorubicin metabolic process / retinal dehydrogenase (NAD+) activity / bile acid binding / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / aldose reductase (NADPH) activity / prostaglandin metabolic process / renal absorption / steroid metabolic process / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport / keratinocyte differentiation / response to nutrient / cellular response to calcium ion / cellular response to starvation / male gonad development / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cell population proliferation / extracellular exosome / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aldo-keto reductase family 1 member C / Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily ...Aldo-keto reductase family 1 member C / Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9S0 / DIMETHYLFORMAMIDE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Aldo-keto reductase family 1 member C3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.37 Å
データ登録者Zheng, X. / Zhao, Y. / Zhang, H. / Chen, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China81602968 中国
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2018
タイトル: Screening, synthesis, crystal structure, and molecular basis of 6-amino-4-phenyl-1,4-dihydropyrano[2,3-c]pyrazole-5-carbonitriles as novel AKR1C3 inhibitors.
著者: Zheng, X. / Jiang, Z. / Li, X. / Zhang, C. / Li, Z. / Wu, Y. / Wang, X. / Zhang, C. / Luo, H.B. / Xu, J. / Wu, D.
履歴
登録2018年7月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aldo-keto reductase family 1 member C3
B: Aldo-keto reductase family 1 member C3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,33410
ポリマ－73,8122
非ポリマー2,5228
水3,747208
1
A: Aldo-keto reductase family 1 member C3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1675
ポリマ－36,9061
非ポリマー1,2614
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1200 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area13420 Å2
手法PISA
2
B: Aldo-keto reductase family 1 member C3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1675
ポリマ－36,9061
非ポリマー1,2614
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1200 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area12570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.619, 88.300, 75.626
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.70, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Aldo-keto reductase family 1 member C3 / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 5 / 17-beta-HSD 5 / 3-alpha-HSD type II / brain / 3-alpha- ...17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 5 / 17-beta-HSD 5 / 3-alpha-HSD type II / brain / 3-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase type 2 / 3-alpha-HSD type 2 / Chlordecone reductase homolog HAKRb / Dihydrodiol dehydrogenase 3 / DD3 / Dihydrodiol dehydrogenase type I / HA1753 / Indanol dehydrogenase / Prostaglandin F synthase / PGFS / Testosterone 17-beta-dehydrogenase 5 / Trans-1 / 2-dihydrobenzene-1 / 2-diol dehydrogenase


分子量: 36906.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AKR1C3, DDH1, HSD17B5, KIAA0119, PGFS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P42330, 酸化還元酵素, 3alpha-hydroxysteroid 3-dehydrogenase, indanol dehydrogenase, prostaglandin-F synthase, 3alpha(17beta)-hydroxysteroid dehydrogenase (NAD+), testosterone ...参照: UniProt: P42330, 酸化還元酵素, 3alpha-hydroxysteroid 3-dehydrogenase, indanol dehydrogenase, prostaglandin-F synthase, 3alpha(17beta)-hydroxysteroid dehydrogenase (NAD+), testosterone 17beta-dehydrogenase (NADP+), trans-1,2-dihydrobenzene-1,2-diol dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-9S0 / (4R)-6-amino-4-(4-hydroxy-3-methoxy-5-nitrophenyl)-3-propyl-1,4-dihydropyrano[2,3-c]pyrazole-5-carbonitrile


分子量: 371.347 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H17N5O5
#4: 化合物
ChemComp-DMF / DIMETHYLFORMAMIDE / ジメチルホルムアミド


分子量: 73.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.54 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 15-20% (w/v) PEG 8000, 100 mM MES, 0.14M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION NOVA / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: OXFORD ONYX CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.37→25.33 Å / Num. obs: 25253 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 2.37→2.52 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 4198

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
CrysalisProデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FAM

4fam


解像度: 2.37→25.326 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2311 1994 7.9 %
Rwork0.1635 --
obs0.1689 25247 99.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.37→25.326 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5014 0 74 208 5296
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095210
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1087084
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9152000
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046771
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005991
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3701-2.42930.27281440.19251669X-RAY DIFFRACTION100
2.4293-2.49490.28861400.18441632X-RAY DIFFRACTION100
2.4949-2.56830.26061420.1831677X-RAY DIFFRACTION100
2.5683-2.65110.31051430.18971658X-RAY DIFFRACTION100
2.6511-2.74580.27931430.17891658X-RAY DIFFRACTION100
2.7458-2.85550.22611450.17921680X-RAY DIFFRACTION100
2.8555-2.98530.23851420.17181657X-RAY DIFFRACTION100
2.9853-3.14240.24851430.18521666X-RAY DIFFRACTION100
3.1424-3.33890.23191420.17871640X-RAY DIFFRACTION100
3.3389-3.5960.23641430.16191683X-RAY DIFFRACTION100
3.596-3.95670.21321420.15061650X-RAY DIFFRACTION99
3.9567-4.52640.19191430.13841668X-RAY DIFFRACTION99
4.5264-5.69210.21091430.14341651X-RAY DIFFRACTION98
5.6921-25.3270.18481390.1391664X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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