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- PDB-6r2j: Crystal Structure of Pseudomonas stutzeri endoglucanase Cel5A in ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6r2j | |||||||||
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Title | Crystal Structure of Pseudomonas stutzeri endoglucanase Cel5A in complex with cellobiose | |||||||||
![]() | Endoglucanase(Endo-1,4-beta-glucanase)protein | |||||||||
![]() | HYDROLASE / Cellulase / endoglucanase / GH5 / transglycosylation / cellobiose | |||||||||
Function / homology | ![]() hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Dutoit, R. / Delsaute, M. / Berlemont, R. / Van Elder, D. / Galleni, M. / Bauvois, C. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure determination of Pseudomonas stutzeri A1501 endoglucanase Cel5A: the search for a molecular basis for glycosynthesis in GH5_5 enzymes. Authors: Dutoit, R. / Delsaute, M. / Collet, L. / Vander Wauven, C. / Van Elder, D. / Berlemont, R. / Richel, A. / Galleni, M. / Bauvois, C. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 790.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 666.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.1 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.2 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 73.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 110.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4lx4S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 37216.852 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: PST_2494 / Plasmid: pET22b-Cel5 / Details (production host): pET22b / Production host: ![]() ![]() #2: Polysaccharide | #3: Chemical | ChemComp-TRS / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.04 Å3/Da / Density % sol: 39.83 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: Ps_Cel5A (27 microM) in 50 mM sodium phosphate pH 7.0, was mixed 1:1 with 100 mM tris pH 5.9 22.5 % PEG600 0.1 % cellobiose. The crystal was soaked 1 hour in 100 mM Tris pH 5.9 30% PEG600. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: May 18, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9796 Å / Relative weight: 1 |
Reflection twin | Operator: h,-k,-l / Fraction: 0.14 |
Reflection | Resolution: 1.44→48.19 Å / Num. obs: 216633 / % possible obs: 99.1 % / Redundancy: 6.753 % / Biso Wilson estimate: 18.89 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rrim(I) all: 0.07 / Χ2: 0.981 / Net I/σ(I): 19.06 / Num. measured all: 1462858 / Scaling rejects: 224 |
Reflection shell | Resolution: 1.44→48.19 Å / Redundancy: 5.97 % / Rmerge(I) obs: 0.352 / Mean I/σ(I) obs: 5.11 / Num. measured obs: 16755 / Num. possible: 2543 / Num. unique obs: 2482 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.04 / % possible all: 96.4 |
-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4LX4 Resolution: 1.44→48.19 Å / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 2.42 / Phase error: 24.94 / Stereochemistry target values: TWIN_LSQ_F
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 94.32 Å2 / Biso mean: 15.92 Å2 / Biso min: 3.27 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.44→48.19 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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