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- PDB-6zz3: RBcel1 cellulase variant Y201F with cellotriose covalently bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zz3
タイトルRBcel1 cellulase variant Y201F with cellotriose covalently bound
要素Endoglucanase
キーワードHYDROLASE / Cellulase / Complex / cellotriose / Y201F variant
機能・相同性glucan catabolic process / cellulase / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / cellulase activity / Glycoside hydrolase superfamily / alpha-cellotriose / Endoglucanase
機能・相同性情報
生物種uncultured bacterium (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.095 Å
データ登録者Collet, L. / Dutoit, R.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021
タイトル: Glycoside hydrolase family 5: structural snapshots highlighting the involvement of two conserved residues in catalysis.
著者: Collet, L. / Vander Wauven, C. / Oudjama, Y. / Galleni, M. / Dutoit, R.
履歴
登録2020年8月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endoglucanase
B: Endoglucanase
C: Endoglucanase
D: Endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,0889
ポリマ－144,9484
非ポリマー2,1405
水8,413467
1
A: Endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8643
ポリマ－36,2371
非ポリマー6272
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7412
ポリマ－36,2371
非ポリマー5041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7412
ポリマ－36,2371
非ポリマー5041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7412
ポリマ－36,2371
非ポリマー5041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.000, 61.890, 177.260
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.110, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 17 or (resid 18...
21(chain B and ((resid 1 and (name CA or name...
31(chain C and ((resid 1 and (name CA or name...
41(chain D and ((resid 1 and (name CA or name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERGLYGLY(chain A and (resid 1 through 17 or (resid 18...AA1 - 171 - 17
12LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 1 through 17 or (resid 18...AA1818
13SERSERLYSLYS(chain A and (resid 1 through 17 or (resid 18...AA1 - 3191 - 319
21SERSERSERSER(chain B and ((resid 1 and (name CA or name...BB11
22SERSERALAALA(chain B and ((resid 1 and (name CA or name...BB1 - 3201 - 320
23SERSERALAALA(chain B and ((resid 1 and (name CA or name...BB1 - 3201 - 320
31SERSERSERSER(chain C and ((resid 1 and (name CA or name...CC11
32SERSERLYSLYS(chain C and ((resid 1 and (name CA or name...CC1 - 3191 - 319
33SERSERLYSLYS(chain C and ((resid 1 and (name CA or name...CC1 - 3191 - 319
41SERSERSERSER(chain D and ((resid 1 and (name CA or name...DD11
42SERSERALAALA(chain D and ((resid 1 and (name CA or name...DD1 - 3201 - 320
43SERSERALAALA(chain D and ((resid 1 and (name CA or name...DD1 - 3201 - 320

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要素

#1: タンパク質
Endoglucanase


分子量: 36236.938 Da / 分子数: 4 / 変異: Y201F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / プラスミド: pBad / 発現宿主: Escherichia coli MC1061 (大腸菌) / 参照: UniProt: C1JI15, cellulase
#2: 多糖
beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-cellotriose
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1a_1-5][a2122h-1b_1-5]/1-2-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 467 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.59 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20.5% PEG600, 100mM Tris, 1mM 2-Chloro-4-nitrophenyl-b-cellotrioside

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月15日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.095→45.101 Å / Num. obs: 72131 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.921 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rrim(I) all: 0.094 / Χ2: 1.016 / Net I/σ(I): 11.93
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.1-2.156.681.3021.2633332528749900.511.40994.4
2.15-2.217.1131.1341.5637549528452790.6371.22399.9
2.21-2.277.0060.9961.8235361504550470.6741.076100
2.27-2.346.8530.7112.5933109483348310.8180.77100
2.34-2.426.5490.5223.3731048474547410.8790.56899.9
2.42-2.56.9060.4214.2831886461946170.9180.456100
2.5-2.66.6870.325.3429926447844750.9550.34899.9
2.6-2.77.1850.2576.9430801428342870.9710.278100
2.7-2.827.2320.2048.829515408440810.9810.2299.9
2.82-2.967.1770.15411.2928193392839280.9890.166100
2.96-3.127.0330.11814.3526253373437330.9940.128100
3.12-3.316.870.09617.4424376354835480.9950.104100
3.31-3.546.5990.07521.2221955333033270.9970.08199.9
3.54-3.836.7250.06823.6221124314731410.9970.07399.8
3.83-4.197.2120.05429.5820510284328440.9980.058100
4.19-4.687.2460.04732.918840260126000.9990.05100
4.68-5.417.1140.04433.4916285229022890.9990.047100
5.41-6.636.6040.04531.1412963196319630.9980.049100
6.63-9.376.760.03734.9610478154915500.9990.04100
9.37-45.1016.6830.03238.0357478738600.9990.03498.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4.66 Å45.1 Å
Translation4.66 Å45.1 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.7.15位相決定
PHENIX1.11-2563精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ee9

4ee9


解像度: 2.095→45.101 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2287 3604 5 %
Rwork0.1954 68488 -
obs0.197 72092 99.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 94.77 Å2 / Biso mean: 48.4076 Å2 / Biso min: 23.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.095→45.101 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10084 0 140 467 10691
Biso mean--45.93 48.78 -
残基数----1278
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00610659
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.87514513
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541495
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071886
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.928564
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5565X-RAY DIFFRACTION8.076TORSIONAL
12B5565X-RAY DIFFRACTION8.076TORSIONAL
13C5565X-RAY DIFFRACTION8.076TORSIONAL
14D5565X-RAY DIFFRACTION8.076TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.0951-2.12270.35291230.309233889
2.1227-2.15180.33291380.29132624100
2.1518-2.18250.33731390.28762628100
2.1825-2.21510.32221390.27932640100
2.2151-2.24970.33061370.2712607100
2.2497-2.28660.27261400.25972666100
2.2866-2.3260.30281360.24782586100
2.326-2.36830.31841410.24892667100
2.3683-2.41390.32191360.24412598100
2.4139-2.46310.30271410.2332671100
2.4631-2.51670.29611370.23662595100
2.5167-2.57520.27841400.22442660100
2.5752-2.63960.29671380.22332621100
2.6396-2.7110.27581400.2272675100
2.711-2.79070.25671360.23462588100
2.7907-2.88080.27131400.23572657100
2.8808-2.98380.26961400.22162654100
2.9838-3.10320.24621390.21842643100
3.1032-3.24440.26261400.20942649100
3.2444-3.41540.24841380.21492624100
3.4154-3.62930.24791400.19532666100
3.6293-3.90930.18921400.17692652100
3.9093-4.30250.1581400.15282658100
4.3025-4.92440.17171410.14392686100
4.9244-6.20170.19111420.15842702100
6.2017-45.1010.1851430.1634273399

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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