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Yorodumi- PDB-6bi1: Crystal Structure of Purine Nucleoside Phosphorylase Isoform 2 fr... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6bi1 | ||||||
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Title | Crystal Structure of Purine Nucleoside Phosphorylase Isoform 2 from Schistosoma mansoni in complex with (2R)-2-amino-3-(benzyloxy)propan-1-ol | ||||||
Components | Purine nucleoside phosphorylase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Purine Nucleoside Phosphorylase | ||||||
Function / homology | Function and homology information guanosine phosphorylase activity / nucleoside metabolic process / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Schistosoma mansoni (invertebrata) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.42 Å | ||||||
Authors | Faheem, M. / Neto, J.B. / Collins, P. / Pearce, N.M. / Valadares, N.F. / Bird, L. / Pereira, H.M. / Delft, F.V. / Barbosa, J.A.R.G. | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal Structure of Purine Nucleoside Phosphorylase Isoform 2 from Schistosoma mansoni in complex with (2R)-2-amino-3-(benzyloxy)propan-1-ol Authors: Faheem, M. / Neto, J.B. / Collins, P. / Pearce, N.M. / Valadares, N.F. / Bird, L. / Pereira, H.M. / Delft, F.V. / Barbosa, J.A.R.G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6bi1.cif.gz | 178.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6bi1.ent.gz | 143.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6bi1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bi/6bi1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bi/6bi1 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5cxqS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 31435.473 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Schistosoma mansoni (invertebrata) / Plasmid: pOPINS3C / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Lemo21 (DE3) References: UniProt: A0A0U3AGT1, purine-nucleoside phosphorylase | ||||
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#2: Chemical | ChemComp-DMS / #3: Chemical | ChemComp-SEM / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.67 Å3/Da / Density % sol: 53.93 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 / Details: 0.2 M Ammonium Acetate , 0.1 M Bis-Tris, PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04-1 / Wavelength: 0.9282 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 20, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9282 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.42→70.88 Å / Num. obs: 63324 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 11.1 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 11.6 |
Reflection shell | Resolution: 1.42→1.46 Å / Redundancy: 8.4 % / Num. unique obs: 4604 / CC1/2: 0.5 / % possible all: 99.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5CXQ Resolution: 1.42→70.88 Å / SU ML: 0.15 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 17.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.42→70.88 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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