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- PDB-5ko5: Crystal Structure of Isoform 2 of Purine Nucleoside Phosphorylase... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ko5 | |||||||||
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Title | Crystal Structure of Isoform 2 of Purine Nucleoside Phosphorylase from Schistosoma mansoni in complex with cytosine | |||||||||
![]() | Purine nucleoside phosphorylase | |||||||||
![]() | TRANSFERASE | |||||||||
Function / homology | ![]() guanosine phosphorylase activity / nucleoside metabolic process / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Torini, J.R. / Romanello, L. / Bird, L. / Owens, R. / Brandao-Neto, J. / Pereira, H.M. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: The molecular structure of Schistosoma mansoni PNP isoform 2 provides insights into the nucleoside selectivity of PNPs. Authors: Torini, J.R. / Romanello, L. / Batista, F.A.H. / Serrao, V.H.B. / Faheem, M. / Zeraik, A.E. / Bird, L. / Nettleship, J. / Reddivari, Y. / Owens, R. / DeMarco, R. / Borges, J.C. / Brandao-Neto, J. / Pereira, H.D. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 134.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 103 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 445.2 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 446.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 16.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 24.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5cxqSC ![]() 5cxsC ![]() 5ko6C ![]() 5tbsC ![]() 5tbtC ![]() 5tbuC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 31359.355 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: A0A0U3AGT1, UniProt: G4VP83*PLUS, purine-nucleoside phosphorylase | ||
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#2: Chemical | ChemComp-CYT / | ||
#3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.58 Å3/Da / Density % sol: 52.34 % / Description: cubic shape |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 10% w/v PEG 8000, 20% v/v ethylene glycol, 30mM magnesium chloride, 30mM calcium chloride, 0.1 M MES/imidazole pH 6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Jul 21, 2015 | |||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.36→49.567 Å / Num. obs: 69723 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.135 / Net I/σ(I): 15.9 | |||||||||||||||
Reflection shell |
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5CXQ Resolution: 1.36→49.567 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 21.68
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 93.72 Å2 / Biso mean: 25.4999 Å2 / Biso min: 8.96 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.36→49.567 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 24
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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