PDB-1tcu: Crystal Structure of the Purine Nucleoside Phosphorylase from Sch...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1tcu

タイトル

Crystal Structure of the Purine Nucleoside Phosphorylase from Schistosoma mansoni in complex with phosphate and acetate

要素

purine-nucleoside phosphorylase

キーワード

TRANSFERASE / Purine Nucleoside Phosphorylase

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoside metabolic process / guanosine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)

手法

X線回折 / Rigid Body / 解像度: 2 Å

データ登録者

Pereira, H.D. / Franco, G.R. / Cleasby, A. / Garratt, R.C.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Structures for the Potential Drug Target Purine Nucleoside Phosphorylase from Schistosoma mansoni Causal Agent of Schistosomiasis.
著者: Pereira, H.D. / Franco, G.R. / Cleasby, A. / Garratt, R.C.

履歴

登録	2004年5月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年5月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1tcu.cif.gz	180.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1tcu.ent.gz	143.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1tcu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/1tcu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/1tcu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1tcvC 1td1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5cxs-1 1tcv-d 3f8w-d 1a9t-1 5etj-2 6bi1-1 1fxu-2 5ugf-2 3e0q-d 2ai1-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: purine-nucleoside phosphorylase

B: purine-nucleoside phosphorylase

C: purine-nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

94.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.962, 120.202, 131.957
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	purine-nucleoside phosphorylase 分子量: 31197.254 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) 遺伝子: SmPNP / プラスミド: pMal C2g / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha / 参照: UniProt: Q9BMI9, purine-nucleoside phosphorylase
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 608 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.3 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: PEG 1500, Glycerol, Acetate buffer, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU ULTRAX 18 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年7月15日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Osmic Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→25.82 Å / Num. obs: 50988 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.085 / R_sym value: 0.071
反射シェル	解像度: 2→2.11 Å / R_merge(I) obs: 0.495 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / R_sym value: 0.39 / % possible all: 89.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法: Rigid Body
開始モデル: SmPNP refined at 1.9 angstrons

解像度: 2→25.82 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 4.201 / SU ML: 0.116 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.226 / ESU R Free: 0.168 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21329	2588	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18664	-	-	-
all	0.188	50931	-	-
obs	0.18799	48343	95.14 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.515 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→25.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6341	0	39	608	6988

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	6479
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	6116
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.02	1.972	8768
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.735	3	14235
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.344	5	834
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.061	0.2	1029
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	7140
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1180
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.183	0.2	1361
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.215	0.2	7354
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.077	0.2	3967
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.104	0.2	423
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.127	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.205	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.152	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.449	1.5	4161
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.836	2	6704
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.942	3	2318
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.669	4.5	2064
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.251	169
R_work	0.228	3300

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3188	0.0314	-0.1155	0.2522	-0.0624	0.5229	-0.003	-0.0121	-0.0319	-0.0364	0.0342	0.0095	0.0971	0.0495	-0.0311	0.046	0.0197	-0.0113	0.0191	0.0081	0.0422	23.8161	0.9718	17.4841
2	0.4483	-0.1686	-0.1153	0.2722	-0.135	0.7839	-0.0297	-0.1227	0.0074	0.1	0.0818	0.0502	-0.0588	0.0859	-0.0521	0.0507	0.0396	0.0117	0.0721	0.0076	0.0125	18.8664	20.2644	48.7929
3	0.1947	0.0352	0.1141	0.4617	0.1264	0.3371	-0.0109	0.0089	-0.0052	-0.0359	0.0432	0.0032	-0.0619	0.026	-0.0323	0.0357	-0.0056	0.0007	0.029	-0.0062	0.0345	20.0277	37.9666	15.1739
4	0.0694	-0.0319	-0.0062	0.346	-0.0392	0.2987	-0.0154	-0.0259	-0.0044	-0.0006	0.0431	0.0125	-0.0029	0.0163	-0.0277	0.002	0.0064	-0.003	0.0292	0.0074	0.038	19.5034	20.3171	25.4128

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	3 - 285	3 - 285
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	3 - 285	3 - 285
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	3 - 285	3 - 285
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	M	707 - 925

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)