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Yorodumi- PDB-3f8w: Crystal structure of Schistosoma mansoni purine nucleoside phosph... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3f8w | ||||||
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Title | Crystal structure of Schistosoma mansoni purine nucleoside phosphorylase in complex with adenosine | ||||||
Components | Purine-nucleoside phosphorylasePurine nucleoside phosphorylase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Purine Nucleoside Phosphorylase / Schistosoma / adenosine / Glycosyltransferase | ||||||
Function / homology | Function and homology information guanosine phosphorylase activity / nucleoside metabolic process / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Schistosoma mansoni (invertebrata) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Pereira, H.M. / Rezende, M.M. / Garratt, R.C. / Oliva, G. | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.D / Year: 2010 Title: Adenosine binding to low-molecular-weight purine nucleoside phosphorylase: the structural basis for recognition based on its complex with the enzyme from Schistosoma mansoni. Authors: Pereira, H.M. / Rezende, M.M. / Castilho, M.S. / Oliva, G. / Garratt, R.C. #1: Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2005 Title: Structures for the potential drug target purine nucleoside phosphorylase from Schistosoma mansoni causal agent of schistosomiasis. Authors: Pereira, H.D. / Franco, G.R. / Cleasby, A. / Garratt, R.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3f8w.cif.gz | 344.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3f8w.ent.gz | 282.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3f8w.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/3f8w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/3f8w | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3e9rC 3fazC 3fnqC 1td1S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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-Components
#1: Protein | Mass: 31197.254 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Schistosoma mansoni (invertebrata) / Gene: SmPNP / Plasmid: pMAL-C2G / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): DH5alpha References: UniProt: Q9BMI9, purine-nucleoside phosphorylase #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.17 Å3/Da / Density % sol: 43.41 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion Details: 18-20% PEG 1500, 20% Glycerol, 32mM Sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K PH range: 4.9-5.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: LNLS / Beamline: W01B-MX2 / Wavelength: 1.459 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Mar 14, 2008 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.459 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.3→46.93 Å / Num. obs: 37280 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 13.2 % / Rmerge(I) obs: 0.128 / Rsym value: 0.128 / Net I/σ(I): 4.522 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 1TD1 Resolution: 2.3→46.009 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.26 / σ(F): 0.02 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.265 Å2 / ksol: 0.344 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 210.05 Å2 / Biso mean: 42.729 Å2 / Biso min: 8.07 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→46.009 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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