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- PDB-2aam: Crystal structure of a putative glycosidase (tm1410) from thermot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2aam
タイトルCrystal structure of a putative glycosidase (tm1410) from thermotoga maritima at 2.20 A resolution
要素Hypothetical protein TM1410
キーワードHYDROLASE / Structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


Extracellular protein / Hypothetical protein TM1410-related / Glycoside-hydrolase family GH114, TIM-barrel domain / Glycoside-hydrolase family GH114 / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Unknown ligand / Uncharacterized protein TM_1410
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of hypothetical protein (tm1410) from THERMOTOGA MARITIMA at 2.20 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2005年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein TM1410
B: Hypothetical protein TM1410
C: Hypothetical protein TM1410
D: Hypothetical protein TM1410
E: Hypothetical protein TM1410
F: Hypothetical protein TM1410
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)222,88649
ポリマ－219,4786
非ポリマー3,40743
水16,682926
1
A: Hypothetical protein TM1410
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2249
ポリマ－36,5801
非ポリマー6458
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Hypothetical protein TM1410
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,50112
ポリマ－36,5801
非ポリマー92111
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Hypothetical protein TM1410
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9486
ポリマ－36,5801
非ポリマー3685
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Hypothetical protein TM1410
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0407
ポリマ－36,5801
非ポリマー4606
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Hypothetical protein TM1410
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9486
ポリマ－36,5801
非ポリマー3685
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Hypothetical protein TM1410
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2249
ポリマ－36,5801
非ポリマー6458
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)194.930, 84.620, 195.010
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 119.900, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細 (eV)
11A
21B
31C
41D
51E
61F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: TRP / Beg label comp-ID: TRP / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 30 - 310 / Label seq-ID: 16 - 296

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
5EE
6FF

-
要素

#1: タンパク質
Hypothetical protein TM1410


分子量: 36579.688 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: tm1410 / プラスミド: DL41 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X1D0
#2: 化合物
ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 6 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 926 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 6.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.71 %
結晶化温度: 277 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 9.5
詳細: 25.0% PEG-300, 10.0% Glycerol, 5.0% PEG-8000, 0.1M CHES pH 9.5 , VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.979170, 0.918370
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月1日 / 詳細: flat mirror
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979171
20.918371
反射解像度: 2.2→28.59 Å / Num. obs: 263407 / % possible obs: 90.2 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 8.15
反射 シェル
解像度 (Å)% possible obs (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID
2.2-2.2861.10.5431.9748264341381
2.28-2.3780.70.5432.3668338436971
2.37-2.4890.30.5433.0885227506001
2.48-2.6192.40.5433.784145501421
2.61-2.7794.10.5434.8184624506441
2.77-2.9895.40.5436.1985732516061
2.98-3.2896.60.5438.9488213534211
3.28-3.7697.30.54313.2188796542081
3.76-4.7297.60.54315.6186342531831
4.72-28.5996.50.54317.4486888537511

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT1.601データ抽出
XDSデータ削減
SHELX位相決定
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→28.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 7.963 / SU ML: 0.105 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.13
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. ELECTRON DENSITY IS DISORDERED AT THE N AND C-TERMINI, THEREFORE, THE STRUCTURE WAS NOT MODELED IN THESE REGIONS 3. ELECTRON DENSITY ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. ELECTRON DENSITY IS DISORDERED AT THE N AND C-TERMINI, THEREFORE, THE STRUCTURE WAS NOT MODELED IN THESE REGIONS 3. ELECTRON DENSITY NEAR THE SIDECHAIN OF TYR 98 ON EACH SUBUNIT INDICATES A BOUND LIGAND. BASED ON STRUCTURAL HOMOLOGS, IT IS BELIEVED THAT THE UNKNOWN LIGAND CONTAINS A MODIFIED PYRANOSE RING.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 14007 5 %RANDOM
Rwork0.216 ---
all0.217 ---
obs-263407 99.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.156 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.33 Å20 Å20 Å2
2---1.13 Å20 Å2
3---0.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→28.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14182 0 324 926 15432
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.02214926
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0212962
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5291.96320215
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.983330229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.68151711
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.17824.615806
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.906152428
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3371588
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.22058
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0216465
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.023155
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1960.33133
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1730.313811
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1870.57314
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.57964
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2040.51607
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0780.51
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1230.316
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1790.376
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2410.516
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.98429347
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.29323473
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.289313854
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.92747395
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.66456361
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 4262 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1AMEDIUM POSITIONAL0.40.5
2BMEDIUM POSITIONAL0.390.5
3CMEDIUM POSITIONAL0.430.5
4DMEDIUM POSITIONAL0.30.5
5EMEDIUM POSITIONAL0.30.5
6FMEDIUM POSITIONAL0.350.5
1AMEDIUM POSITIONAL0.340.5
1AMEDIUM THERMAL0.622
2BMEDIUM THERMAL0.642
3CMEDIUM THERMAL0.672
4DMEDIUM THERMAL0.442
5EMEDIUM THERMAL0.442
6FMEDIUM THERMAL0.662
1AMEDIUM THERMAL0.652
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.258 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 1021 -
Rwork0.257 18835 -
obs--96.64 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4385-0.0920.90221.53730.00161.5014-0.00990.0744-0.15330.16220.0069-0.370.10750.34020.003-0.22280.0131-0.0399-0.12350.01-0.1203-21.39223.8-21.83
23.2322-0.5271.15291.8602-0.03312.09840.0007-0.0245-0.0183-0.19520.0050.3777-0.0627-0.2572-0.0057-0.22130.0265-0.0503-0.1580.0227-0.123825.11323.20516.701
33.4825-0.0229-1.15131.8457-0.01611.71790.05580.16270.1912-0.2902-0.0053-0.3767-0.01280.0824-0.0505-0.1639-0.01270.1402-0.20150.0094-0.114272.10920.62512.642
42.36360.1317-1.17621.80960.10162.1473-0.0474-0.2623-0.16720.3287-0.03110.32210.163-0.07090.0785-0.1674-0.00550.1192-0.14480.0174-0.1435-65.97721.875-8.65
50.81440.24490.0461.99750.15963.12260.0304-0.1279-0.0490.46720.0368-0.07610.13090.0731-0.0672-0.08930.0195-0.0151-0.1976-0.0309-0.246552.16821.86255.221
61.0048-0.06990.39581.99990.02162.93580.01220.1725-0.0517-0.4074-0.00180.08730.0288-0.1222-0.0104-0.1303-0.0056-0.0024-0.17510.0138-0.261-54.98922.142-54.061
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: all

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA28 - 31214 - 298
22BB27 - 31313 - 299
33CC27 - 31213 - 298
44DD27 - 31213 - 298
55EE27 - 31313 - 299
66FF27 - 31213 - 298

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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