PDB-5lbf: HIF prolyl hydroxylase 2 (PHD2/EGLN1) K293K/G294E variant in comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5lbf

タイトル

HIF prolyl hydroxylase 2 (PHD2/EGLN1) K293K/G294E variant in complex with Mn(II) and N-[(1-chloro-4-hydroxyisoquinolin-3-yl)carbonyl]glycine (IOX3/FG2216)

要素

Egl nine homolog 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / NON-HEME DIOXYGENASE / IRON / 2-OXOGLUTARATE / HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR / HIF / HIF PROLYL HYDROXYLASE DOMAIN 2 / PHD2 / EGLN1 / OXYGENASE / HYPOXIA / DNA-BINDING / METAL-BINDING / TRANSCRIPTION / HELIX-LOOP-HELIX-BETA / DSBH / FACIAL TRIAD / CYTOPLASM / TRANSCRIPTION/EPIGENETIC REGULATION / SIGNALING / DEVELOPMENT / CELL STRUCTURE / BETA-HYDROXYLATION / TRANSCRIPTION ACTIVATOR/INHIBITOR / UBL CONJUGATION / POLYMORPHISM / VITAMIN C / ZINC-FINGER / FAMILIAL ERYTHROCYTOSIS / BREAST CANCER / TRANSCRIPTION COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase / peptidyl-proline 4-dioxygenase activity / peptidyl-proline dioxygenase activity / peptidyl-proline hydroxylation to 4-hydroxy-L-proline / negative regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / regulation protein catabolic process at postsynapse / intracellular oxygen homeostasis / labyrinthine layer development / cardiac muscle tissue morphogenesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8995 Å

データ登録者

Chowdhury, R. / Schofield, C.J.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Structural basis for oxygen degradation domain selectivity of the HIF prolyl hydroxylases.
著者: Chowdhury, R. / Leung, I.K. / Tian, Y.M. / Abboud, M.I. / Ge, W. / Domene, C. / Cantrelle, F.X. / Landrieu, I. / Hardy, A.P. / Pugh, C.W. / Ratcliffe, P.J. / Claridge, T.D. / Schofield, C.J.

履歴

登録	2016年6月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年8月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年9月7日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月29日	Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5lbf.cif.gz	149.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5lbf.ent.gz	119 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5lbf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5lbf_validation.pdf.gz	746.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5lbf_full_validation.pdf.gz	746.5 KB	表示
XML形式データ	5lbf_validation.xml.gz	12.2 KB	表示
CIF形式データ	5lbf_validation.cif.gz	16.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lb/5lbf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lb/5lbf	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5l9bC 5l9rC 5l9vC 5la9C 5lasC 5latC 5lb6C 5lbbC 5lbcC 5lbeC 4bqxS 3hqr S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2hbt-d 5lbe-d 5ox5-d 6yw0-d 6yvw-d 1s31-d 1n0w-d 2bre-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (12) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Egl nine homolog 1

ヘテロ分子

28.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.766, 109.766, 39.545
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Egl nine homolog 1 / Hypoxia-inducible factor prolyl hydroxylase 2 / HPH-2 / Prolyl hydroxylase domain-containing ...Hypoxia-inducible factor prolyl hydroxylase 2 / HPH-2 / Prolyl hydroxylase domain-containing protein 2 / PHD2 / SM-20 分子量: 28184.080 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN (181-426) / 変異: K293K, G294E / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: FRAGMENT: CATALYTIC DOMAIN (181-426) / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EGLN1, C1orf12, PNAS-118, PNAS-137 / プラスミド: PET28A(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q9GZT9, hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase

#1: タンパク質

Egl nine homolog 1 / Hypoxia-inducible factor prolyl hydroxylase 2 / HPH-2 / Prolyl hydroxylase domain-containing ...

分子量: 28184.080 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN (181-426) / 変異: K293K, G294E / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: FRAGMENT: CATALYTIC DOMAIN (181-426) / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EGLN1, C1orf12, PNAS-118, PNAS-137 / プラスミド: PET28A(+) / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9GZT9, hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase

-
非ポリマー , 5種, 137分子

#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-UN9 / N-[(1-CHLORO-4-HYDROXYISOQUINOLIN-3-YL)CARBONYL]GLYCINE / [(1-クロロ-4-ヒドロキシ-3-イソキノリニル)カルボニルアミノ]酢酸分子量: 280.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₉ClN₂O₄
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン分子量: 61.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.86 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 1.8 M ammonium sulphate, 2% v/v dioxane, 0.002 M MnCl2

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月11日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8995→47.53 Å / Num. obs: 21775 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.7 % / B_iso Wilson estimate: 35 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 30.8
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 14.9 % / R_merge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000	706E	データ削減
HKL-2000	706E	データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4BQX

4bqx

解像度: 1.8995→47.53 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.94 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1847	1026	4.72 %	Random
R_work	0.1595	-	-	-
obs	0.1607	21759	100 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 60.2 Å² / k_sol: 0.42 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.11 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.11 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.22 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.27 Å	0.24 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	-	0.26 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8995→47.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1734	0	34	132	1900

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	1880
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.947	2553
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.463	1127
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	266
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	336

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8995-1.9997	0.2744	141	0.2629	2928	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9997-2.125	0.2827	122	0.2081	2953	X-RAY DIFFRACTION	100
2.125-2.289	0.1889	143	0.1838	2962	X-RAY DIFFRACTION	100
2.289-2.5194	0.2182	142	0.1728	2929	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5194-2.8839	0.2065	184	0.1672	2927	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8839-3.6332	0.1921	133	0.1546	2995	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6332-47.5449	0.1505	161	0.1371	3039	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3593	0.4277	0.1909	0.7481	0.2394	0.1102	0.3556	-0.1322	-0.6318	0.2931	-0.0346	0.3377	-0.0828	-0.0058	0.0286	0.4504	0.0289	0.0456	0.3258	0.1579	0.5459	37.4339	2.3369	3.2714
2	0.1227	-0.0329	-0.0348	0.2522	-0.352	0.5158	0.0866	-0.1855	-0.6867	0.2809	0.0214	-0.0078	1.1197	0.1626	0.0277	0.3947	-0.1374	0.0412	0.3366	0.0934	0.3829	31.5147	9.3685	2.1975
3	1.4741	0.9236	0.4365	0.6204	0.3007	0.2001	-0.1009	-0.6284	0.5135	0.2908	-0.4538	1.1051	0.2151	-0.6063	-0.2667	0.4517	-0.0573	0.2109	0.553	0.0205	0.379	24.702	23.9396	13.8472
4	1.6841	0.2919	-0.1163	1.7903	1.6944	1.5978	-0.1973	-0.124	0.6733	-0.1284	0.0143	0.0619	-0.7533	0.1422	0.0004	0.4443	-0.0084	-0.014	0.4084	0.0137	0.433	33.8608	35.9406	4.001
5	0.6621	0.152	0.7733	0.1237	0.0875	0.8322	-0.1516	-0.4724	-0.4217	0.9232	-0.0663	-0.0399	0.5063	-0.3955	-0.0005	0.4984	0.0139	0.0333	0.4466	0.154	0.3535	38.0938	13.4381	13.8738
6	0.3154	0.1054	0.1605	0.1186	0.0319	0.0951	-0.0422	-0.3276	-0.7218	-0.2489	0.4093	-0.292	0.4117	0.6009	0.0001	0.4005	0.0156	-0.0237	0.479	0.0815	0.5925	50.1409	8.0043	5.0858
7	0.1622	-0.1499	0.0973	0.6974	0.3896	0.2404	0.0819	-0.3232	0.4018	0.1545	-0.1452	-0.0557	-0.0219	-0.1742	0.0007	0.3173	0.013	-0.0169	0.3485	0.0528	0.3499	36.0807	26.3117	4.9097
8	0.6357	0.1693	-0.296	0.5859	-0.3079	0.6181	-0.001	0.0594	0.747	-0.3369	-0.1141	-0.5717	-0.1209	0.0199	0.0001	0.3285	0.0051	0.0127	0.3661	0.1055	0.3661	41.5727	25.1939	-6.7949
9	0.6521	-0.2248	0.8313	2.0066	-0.0477	1.2678	0.1511	-0.1847	-0.2296	0.1004	-0.0792	0.2371	0.1496	-0.2161	-0	0.2574	-0.0226	0.0323	0.3353	0.1	0.3325	31.2387	18.7086	2.4847
10	0.4305	0.5694	0.2698	0.8343	0.5726	0.3928	-0.1303	0.9999	-1.0206	-0.6222	-0.1949	0.4421	0.1887	-0.4493	-0.002	0.3258	0.0133	-0.0045	0.4373	-0.0315	0.36	30.5672	18.1861	-10.783
11	0.4942	-0.1132	0.294	0.436	0.1362	0.6987	-0.2825	0.3151	-0.4981	0.1	-0.0454	0.4812	0.6636	-0.5322	-0.0316	0.3825	-0.0702	0.0004	0.4681	0.0003	0.3756	28.0049	15.0776	-5.8276
12	0.5193	-0.3454	0.3211	0.8695	0.3223	0.5971	-0.0299	-0.1992	0.1391	-0.134	0.0308	-0.1223	0.2906	0.2244	0.0001	0.3137	-0.0058	0.0311	0.3032	0.0684	0.3168	40.2308	14.2604	-3.1607
13	0.3684	0.4111	0.1069	0.5892	0.3114	0.1782	0.1712	0.2815	-0.3578	-0.6368	-0.201	0.342	-0.1634	0.0238	0.0013	0.3401	0.0609	-0.046	0.3632	0.064	0.3346	30.8426	24.084	-8.2877
14	0.3917	0.5065	0.5059	0.8969	0.3009	0.6605	-0.0806	-0.4445	-0.4702	0.0953	0.147	0.1105	0.0179	-0.1125	0.0001	0.2453	0.0038	-0.0012	0.3039	0.0681	0.2946	37.6453	21.2822	4.2088
15	0.0164	-0.0041	0.0337	0.0305	-0.1714	0.9972	-0.1295	0.1172	0.1738	-0.1174	0.3405	0.185	0.2879	0.1816	0.0008	0.2377	0.0415	-0.0269	0.3802	0.0313	0.5007	58.5138	21.1385	2.4591

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 188:204)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 205:215)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 216:232)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 233:266)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 267:283)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 284:293)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 294:306)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 307:320)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 321:335)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 336:350)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 351:361)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 362:371)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 372:381)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 382:392)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 393:404)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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