PDB-5lbe: HIF prolyl hydroxylase 2 (PHD2/EGLN1) G294E variant in complex wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5lbe

タイトル

HIF prolyl hydroxylase 2 (PHD2/EGLN1) G294E variant in complex with Mn(II) and N-[(1-chloro-4-hydroxyisoquinolin-3-yl)carbonyl]glycine (IOX3/FG2216)

要素

Egl nine homolog 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / NON-HEME DIOXYGENASE / IRON / 2-OXOGLUTARATE / HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR / HIF / HIF PROLYL HYDROXYLASE DOMAIN 2 / PHD2 / EGLN1 / OXYGENASE / HYPOXIA / DNA-BINDING / METAL-BINDING / TRANSCRIPTION / HELIX-LOOP-HELIX-BETA / DSBH / FACIAL TRIAD / CYTOPLASM / TRANSCRIPTION/EPIGENETIC REGULATION / SIGNALING / DEVELOPMENT / CELL STRUCTURE / BETA-HYDROXYLATION / TRANSCRIPTION ACTIVATOR/INHIBITOR / UBL CONJUGATION / POLYMORPHISM / VITAMIN C / ZINC-FINGER / FAMILIAL ERYTHROCYTOSIS / BREAST CANCER / TRANSCRIPTION COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidyl-proline 4-dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase / peptidyl-proline dioxygenase activity / negative regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / intracellular oxygen homeostasis / labyrinthine layer development / regulation protein catabolic process at postsynapse / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / heart trabecula formation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.749 Å

データ登録者

Chowdhury, R. / Schofield, C.J.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Structural basis for oxygen degradation domain selectivity of the HIF prolyl hydroxylases.
著者: Chowdhury, R. / Leung, I.K. / Tian, Y.M. / Abboud, M.I. / Ge, W. / Domene, C. / Cantrelle, F.X. / Landrieu, I. / Hardy, A.P. / Pugh, C.W. / Ratcliffe, P.J. / Claridge, T.D. / Schofield, C.J.

履歴

登録	2016年6月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年8月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年9月7日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月29日	Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5lbe.cif.gz	144.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5lbe.ent.gz	114.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5lbe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lb/5lbe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lb/5lbe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5l9bC 5l9rC 5l9vC 5la9C 5lasC 5latC 5lb6C 5lbbC 5lbcC 5lbfC 4bqxS 3hqr S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5lbf-d 2hbt-d 2bre-2 5v45-2 1n0w-d 6wgr-3 1s31-d 1x3f-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (12) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Egl nine homolog 1

ヘテロ分子

28.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.450, 110.450, 39.654
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	Egl nine homolog 1 / Hypoxia-inducible factor prolyl hydroxylase 2 / HPH-2 / Prolyl hydroxylase domain-containing ...Hypoxia-inducible factor prolyl hydroxylase 2 / HPH-2 / Prolyl hydroxylase domain-containing protein 2 / PHD2 / SM-20 分子量: 28169.004 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN (181-426) / 変異: G294E / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: FRAGMENT: CATALYTIC DOMAIN (181-426) / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EGLN1, C1orf12, PNAS-118, PNAS-137 / プラスミド: PET28A(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q9GZT9, hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-UN9 / N-[(1-CHLORO-4-HYDROXYISOQUINOLIN-3-YL)CARBONYL]GLYCINE / [(1-クロロ-4-ヒドロキシ-3-イソキノリニル)カルボニルアミノ]酢酸分子量: 280.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₉ClN₂O₄
#4: 化合物	ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / オキシラトぎ酸分子量: 61.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.56 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 2.0 M ammonium sulphate, 7% v/v dioxane, 0.002 M MnCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月24日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.749→32.21 Å / Num. obs: 28119 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 34 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 25.1
反射シェル	解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.957 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000	706E	データ削減
HKL-2000	706E	データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4BQX

4bqx

解像度: 1.749→32.21 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 18.89 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1771	1413	5.03 %	Random
R_work	0.1644	-	-	-
obs	0.1651	28108	99.5 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 66.7 Å² / k_sol: 0.45 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.35 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.35 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.71 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.3 Å	0.27 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	-	0.23 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.749→32.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1696	0	24	103	1823

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	1783
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.813	2419
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.565	1053
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	257
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	318

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7489-1.8114	0.2878	115	0.2493	2569	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8114-1.884	0.2632	154	0.2236	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
1.884-1.9697	0.2402	145	0.2103	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9697-2.0735	0.2275	162	0.1885	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0735-2.2034	0.1708	143	0.1764	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2034-2.3735	0.1903	110	0.1641	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3735-2.6122	0.1649	142	0.1735	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6122-2.99	0.198	153	0.1809	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
2.99-3.7662	0.1728	137	0.1602	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7662-32.2159	0.1546	152	0.1442	2771	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.498	-0.3777	0.3389	0.8727	-0.1638	0.2927	0.0999	-0.0456	-0.4921	-0.2784	0.1005	0.2036	-0.0077	0.4169	-0.0004	0.5602	-0.0503	-0.0171	0.3524	-0.129	0.5454	-37.7453	2.4369	-1.7929
2	0.5532	0.0783	0.4108	0.4882	0.5661	0.8459	0.4459	-0.0016	-1.0336	-0.3915	-0.1153	-0.0079	1.2591	-0.1092	0.1427	0.4325	0.2154	0.0455	0.3123	-0.1527	0.381	-31.8707	9.477	-0.5099
3	0.7232	0.1571	-0.1832	0.2485	-0.221	0.4658	0.1999	0.471	0.4077	-0.359	-0.4956	-0.7435	0.0237	0.4552	-0.0098	0.4511	0.0093	0.1514	0.5885	-0.0451	0.4587	-25.275	24.4752	-12.1789
4	2.4403	-0.7393	-0.2241	1.7669	-1.676	1.9531	-0.1804	0.0073	0.7529	0.0319	0.0104	-0.1023	-0.5414	0.1668	-0.0001	0.4497	-0.0246	-0.0252	0.4082	-0.0184	0.4931	-34.0923	35.6536	-2.6827
5	0.7195	-0.4425	0.4569	0.3728	-0.1075	0.5004	-0.0413	0.7774	-0.5803	-0.7491	0.0045	0.2856	0.2806	0.1299	0.0021	0.5426	-0.0268	0.0077	0.4704	-0.1925	0.4254	-38.4026	13.4832	-11.7138
6	0.1533	-0.0134	0.1461	0.0802	-0.0446	0.102	-0.112	0.1656	-0.8531	0.0744	0.5691	0.0466	0.0914	-0.2084	0.0008	0.483	0.0115	-0.0682	0.5173	-0.05	0.6712	-49.9537	7.6526	-2.5831
7	0.2046	-0.1495	0.2147	0.9337	-0.8429	0.6467	-0.1593	0.2835	0.5424	-0.3378	0.0007	0.1283	-0.264	0.1749	-0	0.3188	-0.0236	-0.0338	0.3484	-0.0836	0.3675	-36.33	26.5395	-3.1858
8	0.2893	-0.4594	-0.1595	0.7974	-0.0359	0.446	0.0788	-0.1075	0.5475	0.2754	-0.1451	0.5665	-0.2172	-0.0432	0.0001	0.3098	-0.0167	0.0308	0.3737	-0.1281	0.4002	-41.9193	25.4009	8.4774
9	0.3185	0.0084	0.5285	1.7349	-0.2712	0.9055	0.1736	-0.1265	-0.2699	-0.1147	-0.1535	-0.0429	0.2239	0.2332	-0.0005	0.2438	0.0205	0.017	0.3419	-0.1171	0.3452	-32.5162	18.6307	-0.2205
10	0.6647	-0.8654	0.5185	1.0891	-0.4721	0.7627	0.0468	-0.4753	-0.7723	0.7304	-0.0308	-0.2341	0.1104	0.2686	0.0005	0.3455	-0.0265	-0.0122	0.4029	0.0001	0.3958	-31.1505	18.5197	12.3952
11	0.9896	-0.2067	-0.1979	0.5111	-0.0855	0.7747	-0.1728	-0.3316	-0.5213	0.0719	-0.344	-0.3823	0.8522	0.7683	-0.0386	0.3877	0.0445	0.0141	0.4684	-0.0286	0.3751	-28.1967	15.4287	7.0007
12	0.3089	0.2787	0.231	0.3641	0.0837	0.2429	0.0086	-0.0294	-0.2872	-0.0183	-0.0637	0.1961	0.2688	-0.0725	-0.0003	0.3146	-0.0045	0.0196	0.3655	-0.0816	0.3723	-40.224	14.2174	4.5543
13	0.5589	-0.6356	0.4742	0.64	-0.46	0.4583	0.0791	-0.5107	-0.2294	0.567	-0.2149	-0.2963	-0.023	0.1779	0	0.329	-0.0566	-0.0379	0.3946	-0.0819	0.3218	-31.153	24.2586	10.0245
14	0.5286	-0.8211	0.4944	1.1325	-0.6601	0.4218	-0.0549	0.5834	-0.3144	-0.1584	0.1277	0.0597	0.1035	0.1415	0	0.2525	-0.0055	-0.0031	0.3306	-0.0786	0.3246	-37.9296	21.465	-2.5264
15	0.2841	0.0744	-0.1679	0.1181	0.0324	0.2108	-0.0856	-0.2149	0.3979	-0.0717	0.4418	0.1829	-0.078	-0.0854	0.0005	0.307	-0.0253	-0.0502	0.4085	0.0108	0.6344	-58.9347	21.2871	-0.888
16	4.6074	3.5917	3.449	3.0806	2.4892	2.741	-0.304	0.871	0.3659	-0.4475	-0.2102	0.9995	-0.8188	-0.2266	-2.0748	0.8132	0.002	0.0885	0.5036	0.182	0.6297	-71.7183	33.6515	-12.3571

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 188:204)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 205:215)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 216:232)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 233:266)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 267:283)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 284:293)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 294:306)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 307:320)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 321:335)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 336:350)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 351:361)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 362:371)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 372:381)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 382:392)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 393:404)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 409:413)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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