PDB-6wgr: The crystal structure of a beta-lactamase from Staphylococcus aur...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wgr

タイトル

The crystal structure of a beta-lactamase from Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300_TCH1516

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.88 Å

データ登録者

Tan, K. / Wu, R. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of a beta-lactamase from Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300_TCH1516
著者: Tan, K. / Wu, R. / Endres, M. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2020年4月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年4月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6wgr.cif.gz	394.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6wgr.ent.gz	267.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6wgr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wg/6wgr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wg/6wgr	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3blmS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2wk0-2 5ddz-d 1kgf-d 2zq9-d 1bsx-2 1gis-d 1blh-d 4b6g-1 4q2v-d 2r2x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP97179

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (5) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (4) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (5)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (4)
#187 - 2015年7月
ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase)
類似性 (2)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

B: Beta-lactamase

C: Beta-lactamase

ヘテロ分子

88.5 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Beta-lactamase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.2 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	52.357, 52.505, 89.662
Angle α, β, γ (deg.)	75.625, 81.053, 64.124
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 29218.551 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: blaZ, SAP015A_001, SUA_0014, SUC_0012, SUD_0013p2, SUI_0012p2, SUJ_0013p2, SUK_0013p2, SUP_0013 プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3) 参照: UniProt: D2J684, UniProt: P00807*PLUS, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 431 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.74 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES:NaOH 20% (w/v) PEG 4000, 10% (v/v) 2-Propanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.88→43.2 Å / Num. obs: 66212 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 24.04 Å² / CC_1/2: 0.991 / CC star: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.119 / R_pim(I) all: 0.064 / R_rim(I) all: 0.136 / Χ²: 1.598 / Net I/σ(I): 16.4
反射シェル	解像度: 1.88→1.91 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.807 / Mean I/σ(I) obs: 1.06 / Num. unique obs: 3126 / CC_1/2: 0.555 / CC star: 0.845 / R_pim(I) all: 0.511 / R_rim(I) all: 0.963 / Χ²: 0.515 / % possible all: 92.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
HKL-3000		位相決定
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3BLM

3blm

解像度: 1.88→43.15 Å / SU ML: 0.2169 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 21.084

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2058	3208	4.85 %
R_work	0.167	-	-
obs	0.1689	66183	98.16 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.88→43.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6161	0	51	431	6643

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0075	6332
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8552	8512
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0542	954
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0048	1076
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.6072	2481

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.88-1.91	0.3169	132	0.2762	2405	X-RAY DIFFRACTION	86.62
1.91-1.94	0.2912	127	0.2402	2709	X-RAY DIFFRACTION	95.49
1.94-1.97	0.2685	156	0.2131	2655	X-RAY DIFFRACTION	97.23
1.97-2.01	0.215	153	0.2004	2754	X-RAY DIFFRACTION	98.44
2.01-2.04	0.266	145	0.1896	2724	X-RAY DIFFRACTION	99.17
2.04-2.08	0.2463	139	0.1843	2762	X-RAY DIFFRACTION	98.77
2.08-2.12	0.2386	133	0.1836	2773	X-RAY DIFFRACTION	98.84
2.12-2.17	0.2542	147	0.1807	2744	X-RAY DIFFRACTION	98.4
2.17-2.22	0.213	161	0.1735	2710	X-RAY DIFFRACTION	98.39
2.22-2.28	0.2422	121	0.1731	2789	X-RAY DIFFRACTION	98.78
2.28-2.34	0.2531	140	0.17	2719	X-RAY DIFFRACTION	98.52
2.34-2.41	0.207	134	0.169	2814	X-RAY DIFFRACTION	99.13
2.41-2.48	0.2045	144	0.1641	2770	X-RAY DIFFRACTION	99.25
2.48-2.57	0.2268	145	0.1655	2710	X-RAY DIFFRACTION	99.1
2.57-2.68	0.2286	145	0.1685	2753	X-RAY DIFFRACTION	98.57
2.68-2.8	0.227	129	0.1686	2816	X-RAY DIFFRACTION	99.16
2.8-2.94	0.2449	127	0.1781	2782	X-RAY DIFFRACTION	99.49
2.94-3.13	0.2395	113	0.181	2770	X-RAY DIFFRACTION	99.48
3.13-3.37	0.1904	140	0.1732	2774	X-RAY DIFFRACTION	99.01
3.37-3.71	0.186	132	0.1598	2791	X-RAY DIFFRACTION	98.65
3.71-4.25	0.1802	142	0.1413	2763	X-RAY DIFFRACTION	99.45
4.25-5.35	0.1487	134	0.1303	2750	X-RAY DIFFRACTION	98.94
5.35-43.15	0.1677	169	0.1611	2738	X-RAY DIFFRACTION	98.91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.47665504772	0.508311836108	-0.890601776863	2.52113123882	-1.04939853196	2.06597884941	0.135117281679	0.158225806618	0.403991512667	-0.305568520312	0.0383415083363	0.180211243364	-0.389927419583	-0.476978252167	-0.12204842232	0.273804804975	0.106900571487	0.0125405794936	0.213225121572	0.0334108486329	0.275214659797	-12.3925333551	13.1201389881	-0.41392837619
2	1.11841327596	-0.711725945486	0.0208407284504	1.14647740672	-0.209141547818	1.04097922711	0.0509992019724	0.115380151407	0.0135547994793	-0.178714056195	-0.0260126059778	0.0477597900073	-0.00117498946902	-0.194641081266	-0.0541738557142	0.183763752668	0.0041593402728	-0.0207193776814	0.21453426603	-0.0108708306528	0.179135003527	-5.03918811714	-1.975192375	-1.60808398407
3	2.6180378819	0.159717630467	-0.512948273447	2.4348123393	-1.21144369542	3.60388345556	0.00948352355862	0.0841089658195	-0.158466962621	-0.361962217298	-0.131101833839	-0.458897540932	0.311707709612	0.583657111154	0.0896889300438	0.204542709497	0.0422507839904	0.0577805837176	0.246206917919	-0.0201745809503	0.299100133105	16.5175348104	-10.3664424167	0.359252464271
4	2.95457787846	-0.86800709685	-0.207135651637	2.95738303375	-0.284504748456	2.84768798104	0.0982724608539	0.0741273028784	-0.120961410277	-0.16730315583	-0.00121373963604	-0.144448400529	0.156374551758	0.251527727316	-0.11985308556	0.159673672882	0.0168239616912	0.00929117259534	0.184823724896	-0.0170980766712	0.247565991207	12.090938599	-8.03779769061	0.796589215715
5	2.73297693364	-0.771250215705	-1.53688801587	1.53879204217	-0.671372930765	3.20780843433	0.0838008087366	-0.0139223557091	-0.349240395642	-0.256107002526	-0.0471153843508	0.0539183777574	0.353645133875	-0.135514588476	-0.0454192628018	0.291218078541	-0.0274863683398	-0.0640643914062	0.205267705151	-0.051625643461	0.282995490484	-3.73634071656	-11.4925985236	-6.36375509678
6	3.0860225964	-0.405261351386	-1.31751905065	2.49317306868	-0.229606106029	5.08978740107	0.143128960341	0.446686819775	0.0921206819102	-0.351760461317	-0.0671253253414	0.0914586893861	0.0821331524436	-0.383012384258	-0.0625726597239	0.222019625028	0.027361901226	-0.0276073734137	0.194135899337	-0.000302804502774	0.180854860488	-5.12885045478	-1.97099422292	-7.89852215715
7	2.92840313677	-0.57065208848	0.331226406707	3.35455600106	-1.03248083387	2.20090027072	0.0661612260863	-0.209579353584	0.107406473799	0.203082546511	-0.0714412377639	-0.206744407655	-0.158451888862	0.0990252472432	-0.0221361507243	0.139732851431	-0.0015871686415	0.00284780487296	0.170057072771	-0.0353738159662	0.151312537648	2.09878708149	1.69878112244	10.7651778086
8	2.67086509103	-0.254818479654	-0.397789620241	2.48573776257	0.549239211692	2.67497564164	0.175636554947	0.0449012578673	0.360161206263	-0.199168465401	-0.0829709625843	-0.093334635519	-0.370053527871	-0.0692778468888	-0.0860578709581	0.169917163491	0.0165186176781	0.0152649665918	0.118299221425	0.00612211648374	0.192475052868	-3.51262451062	9.55119711789	0.908506971875
9	4.49127140446	2.66398656061	-1.22601829968	4.42723259271	-1.68743361944	3.01052796491	0.106787620375	0.0259519175346	0.535392832721	-0.145348741845	0.0168435979982	0.148329986532	-0.431756166859	-0.273616661413	-0.0821162471674	0.270381493277	0.102752839625	0.00971507881124	0.228951123529	-0.0325316805696	0.35355629251	7.14751819329	31.5289603962	31.0090051985
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19	5.30968855985	-0.384491977763	0.113898058785	3.43998891276	-0.231551416031	3.2046857268	0.396726105131	0.651746956587	0.191521866088	-0.0268584128526	-0.0846467902923	0.231967113342	-0.33286907633	-0.044774908267	-0.302944351682	0.322619605831	0.0352871772202	0.0375844216423	0.291654637143	0.0350557343257	0.221679099825	18.9636634043	40.4548268158	39.4091674977
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22	1.95805307582	0.773022749911	1.47468690674	4.46647070825	1.80324540523	1.46777498993	0.36139058632	-0.556947813429	0.0726788941346	0.748555003917	-0.235745663344	0.279900669961	-0.433459608079	0.247725134492	-0.0639536109361	0.589320885958	-0.210429990436	0.107975797414	0.413350707503	-0.0515300994589	0.238795389017	23.9699647201	39.1514348531	62.7816725192
23	6.18646960197	0.587172890205	-0.329050233317	1.80995886538	-0.0342512395809	2.4197642519	0.0991798858271	-0.219220880388	-0.550305793858	0.104714227537	-0.0318754184299	-0.107372711903	0.11448225755	0.207432022843	-0.0834627618896	0.29345995306	-0.0301989250576	-0.00958474047653	0.183404022857	-0.00503751131814	0.190569369419	24.6171061713	29.0465730219	50.4899850329
24	2.63972300868	0.530697026692	-0.0608967206698	2.1308941572	0.672737974965	2.43452526316	0.465978094163	-0.486556182127	-0.100274110968	0.334960860467	-0.242264482612	-0.405450574809	-0.1233882918	0.70521565178	-0.18114602783	0.372880436283	-0.120902880205	-0.0376188795679	0.409302827706	0.00352922814926	0.245671603869	35.4062843036	34.5692624305	56.4435361062

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 22 through 49 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 50 through 76 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 77 through 105 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 106 through 133 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 134 through 158 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 159 through 184 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 185 through 219 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 220 through 281 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 22 through 34 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 35 through 76 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 77 through 105 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 106 through 133 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 134 through 158 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 159 through 184 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 185 through 219 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 220 through 281 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 22 through 76 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 77 through 105 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 106 through 120 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 121 through 158 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 159 through 170 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 171 through 184 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 185 through 220 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 221 through 281 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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万見 (Yorodumi)