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- PDB-5las: HIF prolyl hydroxylase 2 (PHD2-R281C/P317C/R396T) cross-linked to... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5las
タイトルHIF prolyl hydroxylase 2 (PHD2-R281C/P317C/R396T) cross-linked to HIF-1alpha NODD-L397C/D412C and N-oxalylglycine (NOG) (complex-3)
要素
  • Egl nine homolog 1
  • Hypoxia-inducible factor 1-alpha
キーワードOXIDOREDUCTASE / NON-HEME DIOXYGENASE / IRON / 2-OXOGLUTARATE / HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR / HIF / HIF PROLYL HYDROXYLASE DOMAIN 2 / PHD2 / EGLN1 / OXYGENASE / HYPOXIA / DNA-BINDING / METAL-BINDING / TRANSCRIPTION / HELIX-LOOP-HELIX-BETA / DSBH / FACIAL TRIAD / CYTOPLASM / TRANSCRIPTION/EPIGENETIC REGULATION / SIGNALING / DEVELOPMENT / CELL STRUCTURE / BETA-HYDROXYLATION / TRANSCRIPTION ACTIVATOR/INHIBITOR / UBL CONJUGATION / POLYMORPHISM / VITAMIN C / ZINC-FINGER / FAMILIAL ERYTHROCYTOSIS / BREAST CANCER / TRANSCRIPTION COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


epithelial cell differentiation involved in mammary gland alveolus development / neural fold elevation formation / iris morphogenesis / intestinal epithelial cell maturation / : / hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / positive regulation of chemokine-mediated signaling pathway / elastin metabolic process / regulation of transforming growth factor beta2 production / glandular epithelial cell maturation ...epithelial cell differentiation involved in mammary gland alveolus development / neural fold elevation formation / iris morphogenesis / intestinal epithelial cell maturation / : / hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / positive regulation of chemokine-mediated signaling pathway / elastin metabolic process / regulation of transforming growth factor beta2 production / glandular epithelial cell maturation / peptidyl-proline 4-dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase / negative regulation of hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / peptidyl-proline dioxygenase activity / hemoglobin biosynthetic process / negative regulation of mesenchymal cell apoptotic process / cardiac ventricle morphogenesis / connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / positive regulation of hormone biosynthetic process / negative regulation of growth / Cellular response to hypoxia / retina vasculature development in camera-type eye / mesenchymal cell apoptotic process / regulation protein catabolic process at postsynapse / PTK6 Expression / negative regulation of bone mineralization / intracellular oxygen homeostasis / regulation of protein neddylation / B-1 B cell homeostasis / collagen metabolic process / vascular endothelial growth factor production / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / regulation of modification of postsynaptic structure / labyrinthine layer development / dopaminergic neuron differentiation / transcription regulator activator activity / heart trabecula formation / cardiac muscle tissue morphogenesis / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / negative regulation of thymocyte apoptotic process / lactate metabolic process / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / L-ascorbic acid binding / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / negative regulation of TOR signaling / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / response to iron ion / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / neural crest cell migration / embryonic hemopoiesis / regulation of glycolytic process / DNA-binding transcription repressor activity / motile cilium / response to nitric oxide / PTK6 promotes HIF1A stabilization / DNA-binding transcription activator activity / muscle cell cellular homeostasis / positive regulation of neuroblast proliferation / ventricular septum morphogenesis / digestive tract morphogenesis / axonal transport of mitochondrion / response to muscle activity / heart looping / bone mineralization / intracellular glucose homeostasis / E-box binding / outflow tract morphogenesis / TOR signaling / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / positive regulation of macroautophagy / positive regulation of epithelial cell migration / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / epithelial to mesenchymal transition / neuroblast proliferation / cellular response to interleukin-1 / regulation of angiogenesis / chondrocyte differentiation / enzyme inhibitor activity / embryonic placenta development / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of chemokine production / regulation of neuron apoptotic process / lactation / positive regulation of endothelial cell proliferation / axon cytoplasm / negative regulation of miRNA transcription / positive regulation of erythrocyte differentiation / positive regulation of glycolytic process / nuclear receptor binding / response to reactive oxygen species / transcription corepressor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / Hsp90 protein binding / ferrous iron binding / euchromatin / cerebral cortex development / visual learning
類似検索 - 分子機能
Hypoxia-inducible factor-1 alpha / : / HIF-1 alpha, transactivation domain, C-terminal / HIF-1 alpha C terminal transactivation domain / Hypoxia-inducible factor 1-alpha bHLH domain / Hypoxia-inducible factor, alpha subunit-like / Hypoxia-inducible factor-1 / PAS fold-3 / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily ...Hypoxia-inducible factor-1 alpha / : / HIF-1 alpha, transactivation domain, C-terminal / HIF-1 alpha C terminal transactivation domain / Hypoxia-inducible factor 1-alpha bHLH domain / Hypoxia-inducible factor, alpha subunit-like / Hypoxia-inducible factor-1 / PAS fold-3 / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / PAS fold / Prolyl 4-hydroxylase, alpha subunit / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit homologues. / MYND finger / Zinc finger MYND-type signature. / Zinc finger, MYND-type / Zinc finger MYND-type profile. / q2cbj1_9rhob like domain / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / N-OXALYLGLYCINE / Hypoxia-inducible factor 1-alpha / Egl nine homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Chowdhury, R. / Schofield, C.J.
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Structural basis for oxygen degradation domain selectivity of the HIF prolyl hydroxylases.
著者: Chowdhury, R. / Leung, I.K. / Tian, Y.M. / Abboud, M.I. / Ge, W. / Domene, C. / Cantrelle, F.X. / Landrieu, I. / Hardy, A.P. / Pugh, C.W. / Ratcliffe, P.J. / Claridge, T.D. / Schofield, C.J.
#1: ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2013
タイトル: Selective small molecule probes for the hypoxia inducible factor (HIF) prolyl hydroxylases.
著者: Chowdhury, R. / Candela-Lena, J.I. / Chan, M.C. / Greenald, D.J. / Yeoh, K.K. / Tian, Y.M. / McDonough, M.A. / Tumber, A. / Rose, N.R. / Conejo-Garcia, A. / Demetriades, M. / Mathavan, S. / ...著者: Chowdhury, R. / Candela-Lena, J.I. / Chan, M.C. / Greenald, D.J. / Yeoh, K.K. / Tian, Y.M. / McDonough, M.A. / Tumber, A. / Rose, N.R. / Conejo-Garcia, A. / Demetriades, M. / Mathavan, S. / Kawamura, A. / Lee, M.K. / van Eeden, F. / Pugh, C.W. / Ratcliffe, P.J. / Schofield, C.J.
#2: ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: Structural basis for binding of hypoxia-inducible factor to the oxygen-sensing prolyl hydroxylases.
著者: Chowdhury, R. / McDonough, M.A. / Mecinovic, J. / Loenarz, C. / Flashman, E. / Hewitson, K.S. / Domene, C. / Schofield, C.J.
履歴
登録2016年6月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月7日Group: Database references
改定 1.22017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Egl nine homolog 1
B: Egl nine homolog 1
C: Hypoxia-inducible factor 1-alpha
D: Hypoxia-inducible factor 1-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9448
ポリマ－59,5404
非ポリマー4044
水3,693205
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7900 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area17750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.579, 73.642, 70.146
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.25, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Egl nine homolog 1 / Hypoxia-inducible factor prolyl hydroxylase 2 / HPH-2 / Prolyl hydroxylase domain-containing ...Hypoxia-inducible factor prolyl hydroxylase 2 / HPH-2 / Prolyl hydroxylase domain-containing protein 2 / PHD2 / SM-20


分子量: 27874.648 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, UNP residues 181-426 / 変異: C201A, R281C, P317C, R396T, R398A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EGLN1, C1orf12, PNAS-118, PNAS-137 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9GZT9, hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase
#2: タンパク質・ペプチド Hypoxia-inducible factor 1-alpha / HIF1-alpha / ARNT-interacting protein / Basic-helix-loop-helix-PAS protein MOP1 / Class E basic ...HIF1-alpha / ARNT-interacting protein / Basic-helix-loop-helix-PAS protein MOP1 / Class E basic helix-loop-helix protein 78 / bHLHe78 / Member of PAS protein 1 / PAS domain-containing protein 8


分子量: 1895.203 Da / 分子数: 2
断片: N-TERMINAL OXYGEN DEPENDENT DEGRADATION DOMAIN (NODD), UNP RESIDUES 395-413;
変異: L397C, D412C / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SYNTHETIC PEPTIDE / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q16665
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-OGA / N-OXALYLGLYCINE


分子量: 147.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H5NO5
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1 M citrate pH 5.0, 20 % w/v polyethylene glycol 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.83441 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月26日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.83441 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→43.569 Å / Num. obs: 26258 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 25.94 Å2 / CC1/2: 0.982 / Rmerge(I) obs: 0.175 / Net I/σ(I): 7.75
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.681 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
HKL-2000706Eデータ削減
HKL-2000706Eデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HQR

3hqr


解像度: 2.1→43.569 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 29.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2212 1177 4.57 %
Rwork0.1853 --
obs0.187 25751 99.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 60.9 Å2 / ksol: 0.41 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--16.84 Å20 Å21.22 Å2
2--35.05 Å20 Å2
3----18.21 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.4 Å0.41 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a-0.98 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→43.569 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3487 0 22 205 3714
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043626
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7024934
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6112141
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048542
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003650
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.19560.34251560.28993059X-RAY DIFFRACTION99
2.1956-2.31130.28341660.26563017X-RAY DIFFRACTION99
2.3113-2.45610.28271440.24743034X-RAY DIFFRACTION99
2.4561-2.64570.29351370.22783061X-RAY DIFFRACTION99
2.6457-2.91190.29391110.19373121X-RAY DIFFRACTION99
2.9119-3.33320.21721670.1783068X-RAY DIFFRACTION99
3.3332-4.19890.17191560.1453068X-RAY DIFFRACTION100
4.1989-43.57790.16911400.14773146X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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