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- PDB-5lbf: HIF prolyl hydroxylase 2 (PHD2/EGLN1) K293K/G294E variant in comp... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5lbf | ||||||
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Title | HIF prolyl hydroxylase 2 (PHD2/EGLN1) K293K/G294E variant in complex with Mn(II) and N-[(1-chloro-4-hydroxyisoquinolin-3-yl)carbonyl]glycine (IOX3/FG2216) | ||||||
![]() | Egl nine homolog 1 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / NON-HEME DIOXYGENASE / IRON / 2-OXOGLUTARATE / HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR / HIF / HIF PROLYL HYDROXYLASE DOMAIN 2 / PHD2 / EGLN1 / OXYGENASE / HYPOXIA / DNA-BINDING / METAL-BINDING / TRANSCRIPTION / HELIX-LOOP-HELIX-BETA / DSBH / FACIAL TRIAD / CYTOPLASM / TRANSCRIPTION/EPIGENETIC REGULATION / SIGNALING / DEVELOPMENT / CELL STRUCTURE / BETA-HYDROXYLATION / TRANSCRIPTION ACTIVATOR/INHIBITOR / UBL CONJUGATION / POLYMORPHISM / VITAMIN C / ZINC-FINGER / FAMILIAL ERYTHROCYTOSIS / BREAST CANCER / TRANSCRIPTION COMPLEX | ||||||
Function / homology | ![]() hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase / peptidyl-proline 4-dioxygenase activity / peptidyl-proline dioxygenase activity / negative regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / regulation protein catabolic process at postsynapse / intracellular oxygen homeostasis / labyrinthine layer development / cardiac muscle tissue morphogenesis / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity ...hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase / peptidyl-proline 4-dioxygenase activity / peptidyl-proline dioxygenase activity / negative regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / regulation protein catabolic process at postsynapse / intracellular oxygen homeostasis / labyrinthine layer development / cardiac muscle tissue morphogenesis / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / heart trabecula formation / regulation of modification of postsynaptic structure / L-ascorbic acid binding / response to nitric oxide / ventricular septum morphogenesis / regulation of angiogenesis / ferrous iron binding / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / cellular response to hypoxia / intracellular iron ion homeostasis / postsynaptic density / response to hypoxia / intracellular membrane-bounded organelle / glutamatergic synapse / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chowdhury, R. / Schofield, C.J. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural basis for oxygen degradation domain selectivity of the HIF prolyl hydroxylases. Authors: Chowdhury, R. / Leung, I.K. / Tian, Y.M. / Abboud, M.I. / Ge, W. / Domene, C. / Cantrelle, F.X. / Landrieu, I. / Hardy, A.P. / Pugh, C.W. / Ratcliffe, P.J. / Claridge, T.D. / Schofield, C.J. #1: ![]() Title: Selective small molecule probes for the hypoxia inducible factor (HIF) prolyl hydroxylases. Authors: Chowdhury, R. / Candela-Lena, J.I. / Chan, M.C. / Greenald, D.J. / Yeoh, K.K. / Tian, Y.M. / McDonough, M.A. / Tumber, A. / Rose, N.R. / Conejo-Garcia, A. / Demetriades, M. / Mathavan, S. / ...Authors: Chowdhury, R. / Candela-Lena, J.I. / Chan, M.C. / Greenald, D.J. / Yeoh, K.K. / Tian, Y.M. / McDonough, M.A. / Tumber, A. / Rose, N.R. / Conejo-Garcia, A. / Demetriades, M. / Mathavan, S. / Kawamura, A. / Lee, M.K. / van Eeden, F. / Pugh, C.W. / Ratcliffe, P.J. / Schofield, C.J. #2: ![]() Title: Structural basis for binding of hypoxia-inducible factor to the oxygen-sensing prolyl hydroxylases. Authors: Chowdhury, R. / McDonough, M.A. / Mecinovic, J. / Loenarz, C. / Flashman, E. / Hewitson, K.S. / Domene, C. / Schofield, C.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 149.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 119 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5l9bC ![]() 5l9rC ![]() 5l9vC ![]() 5la9C ![]() 5lasC ![]() 5latC ![]() 5lb6C ![]() 5lbbC ![]() 5lbcC ![]() 5lbeC ![]() 4bqxS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 28184.080 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: CATALYTIC DOMAIN (181-426) / Mutation: K293K, G294E Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: FRAGMENT: CATALYTIC DOMAIN (181-426) / Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q9GZT9, hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase |
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-Non-polymers , 5 types, 137 molecules ![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/UN9.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/BCT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/UN9.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/BCT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-MN / | ||||
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#3: Chemical | ChemComp-UN9 / | ||||
#4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-BCT / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.72 Å3/Da / Density % sol: 54.86 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 0.1 M MES pH 6.5, 1.8 M ammonium sulphate, 2% v/v dioxane, 0.002 M MnCl2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Jul 11, 2015 / Details: MIRRORS |
Radiation | Monochromator: SI 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.8995→47.53 Å / Num. obs: 21775 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 14.7 % / Biso Wilson estimate: 35 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 30.8 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.97 Å / Redundancy: 14.9 % / Rmerge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 100 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4BQX Resolution: 1.8995→47.53 Å / SU ML: 0.21 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 19.94 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT MODEL / Bsol: 60.2 Å2 / ksol: 0.42 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 51 Å2
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Refine analyze |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8995→47.53 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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