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- PDB-5l91: The 2.2 A crystal structure of CYP109E1 from Bacillus megaterium ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5l91
タイトルThe 2.2 A crystal structure of CYP109E1 from Bacillus megaterium bound with four corticosterone molecules
要素Cytochrome P450
キーワードOXIDOREDUCTASE / Bacillus / Bacterial Proteins / Binding Sites / Catalysis / Corticosterone / Cytochrome P-450 Enzyme System / Cytochrome P450 / Hydroxylation / Escherichia coli / Heme / Ligands / Molecular Structure / Oxidation-Reduction / Oxygen / Protein / Protein Structure / Secondary / Steroids / Substrate Specificity
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; フラビンないしはフラボプロテインを片方の電子供与体とし、1分子の酸素を取り込む / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CORTICOSTERONE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome P450
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus megaterium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Jozwik, I.K. / Thunnissen, A.M.W.H.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
European Commission289217 オランダ
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2016
タイトル: Structural basis of steroid binding and oxidation by the cytochrome P450 CYP109E1 from Bacillus megaterium.
著者: Jozwik, I.K. / Kiss, F.M. / Abdulmughni, A. / Brill, E. / Zapp, J. / Pleiss, J. / Bernhardt, R. / Thunnissen, A.W.
履歴
登録2016年6月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月12日Group: Database references
改定 1.22016年11月30日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450
B: Cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,64212
ポリマ－95,6372
非ポリマー4,00510
水3,549197
1
A: Cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8216
ポリマ－47,8181
非ポリマー2,0025
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8216
ポリマ－47,8181
非ポリマー2,0025
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.418, 120.418, 140.803
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 18 and (name N or name...
21(chain B and (resseq 18:22 or (resid 23 and (name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRTHRTHR(chain A and ((resid 18 and (name N or name...AA1818
12GLNGLNHISHIS(chain A and ((resid 18 and (name N or name...AA17 - 40717 - 407
13GLNGLNHISHIS(chain A and ((resid 18 and (name N or name...AA17 - 40717 - 407
14GLNGLNHISHIS(chain A and ((resid 18 and (name N or name...AA17 - 40717 - 407
15GLNGLNHISHIS(chain A and ((resid 18 and (name N or name...AA17 - 40717 - 407
16GLNGLNHISHIS(chain A and ((resid 18 and (name N or name...AA17 - 40717 - 407
17GLNGLNHISHIS(chain A and ((resid 18 and (name N or name...AA17 - 40717 - 407
18GLNGLNHISHIS(chain A and ((resid 18 and (name N or name...AA17 - 40717 - 407
19GLNGLNHISHIS(chain A and ((resid 18 and (name N or name...AA17 - 40717 - 407
110GLNGLNHISHIS(chain A and ((resid 18 and (name N or name...AA17 - 40717 - 407
111GLNGLNHISHIS(chain A and ((resid 18 and (name N or name...AA17 - 40717 - 407
112GLNGLNHISHIS(chain A and ((resid 18 and (name N or name...AA17 - 40717 - 407
113GLNGLNHISHIS(chain A and ((resid 18 and (name N or name...AA17 - 40717 - 407
21THRTHRARGARG(chain B and (resseq 18:22 or (resid 23 and (name...BB18 - 2218 - 22
22PHEPHEPHEPHE(chain B and (resseq 18:22 or (resid 23 and (name...BB2323
23THRTHRHISHIS(chain B and (resseq 18:22 or (resid 23 and (name...BB18 - 40618 - 406
24THRTHRHISHIS(chain B and (resseq 18:22 or (resid 23 and (name...BB18 - 40618 - 406
25THRTHRHISHIS(chain B and (resseq 18:22 or (resid 23 and (name...BB18 - 40618 - 406
26THRTHRHISHIS(chain B and (resseq 18:22 or (resid 23 and (name...BB18 - 40618 - 406
27THRTHRHISHIS(chain B and (resseq 18:22 or (resid 23 and (name...BB18 - 40618 - 406
28THRTHRHISHIS(chain B and (resseq 18:22 or (resid 23 and (name...BB18 - 40618 - 406
29THRTHRHISHIS(chain B and (resseq 18:22 or (resid 23 and (name...BB18 - 40618 - 406
210THRTHRHISHIS(chain B and (resseq 18:22 or (resid 23 and (name...BB18 - 40618 - 406
211THRTHRHISHIS(chain B and (resseq 18:22 or (resid 23 and (name...BB18 - 40618 - 406
212THRTHRHISHIS(chain B and (resseq 18:22 or (resid 23 and (name...BB18 - 40618 - 406
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215THRTHRHISHIS(chain B and (resseq 18:22 or (resid 23 and (name...BB18 - 40618 - 406
216THRTHRHISHIS(chain B and (resseq 18:22 or (resid 23 and (name...BB18 - 40618 - 406
217THRTHRHISHIS(chain B and (resseq 18:22 or (resid 23 and (name...BB18 - 40618 - 406
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219THRTHRHISHIS(chain B and (resseq 18:22 or (resid 23 and (name...BB18 - 40618 - 406
220THRTHRHISHIS(chain B and (resseq 18:22 or (resid 23 and (name...BB18 - 40618 - 406

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome P450


分子量: 47818.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus megaterium (strain DSM 319) (バクテリア)
株: DSM 319 / 遺伝子: BMD_3874 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43
参照: UniProt: D5DKI8, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: D5DKI8, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; フラビンないしはフラボプロテインを片方の電子供与体とし、1分子の酸素を取り込む
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-C0R / CORTICOSTERONE / (11-BETA)-11,21-DIHYDROXY-PREGN-4-ENE-3,20-DIONE / コルチコステロン


分子量: 346.461 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30O4 / コメント: ホルモン*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5 and 4% tacsimate reagent (pH 6.0)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.87261 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87261 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→48.9 Å / Num. obs: 60153 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 32.87 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.2-2.265.90.6691100
9.84-48.95.50.021197.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
EDNAデータ収集
XDSデータ削減
Aimless0.2.8データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5L90

5l90


解像度: 2.2→46.934 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.18 / 位相誤差: 24.6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2321 5833 5.05 %
Rwork0.1848 --
obs0.1872 60153 99.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 139.8 Å2 / Biso mean: 42.3849 Å2 / Biso min: 17.71 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→46.934 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6389 0 286 197 6872
Biso mean--50.61 35.09 -
残基数----780
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0146872
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3229379
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0631018
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081192
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8234133
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4656X-RAY DIFFRACTION5.247TORSIONAL
12B4656X-RAY DIFFRACTION5.247TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2001-2.22510.35931590.283836863845100
2.2251-2.25130.3151890.268836783867100
2.2513-2.27870.33781900.260336533843100
2.2787-2.30750.28042210.261336593880100
2.3075-2.33790.27961600.24537313891100
2.3379-2.36990.29852230.245136203843100
2.3699-2.40380.3011810.247637153896100
2.4038-2.43970.29811980.246735863784100
2.4397-2.47780.35291760.248636443820100
2.4778-2.51840.27752050.239736973902100
2.5184-2.56180.29221860.23436953881100
2.5618-2.60840.27571810.225236673848100
2.6084-2.65860.23292020.222136503852100
2.6586-2.71280.27182060.222936543860100
2.7128-2.77180.30261840.21436353819100
2.7718-2.83630.25111770.213836733850100
2.8363-2.90720.25432050.222136663871100
2.9072-2.98580.26542600.224835863846100
2.9858-3.07370.29842410.216136023843100
3.0737-3.17280.23941790.209237343913100
3.1728-3.28620.23611800.189236463826100
3.2862-3.41770.2341880.182436583846100
3.4177-3.57320.23032140.178436593873100
3.5732-3.76160.19091900.16336663856100
3.7616-3.99710.20652070.14763645385299
3.9971-4.30550.16411910.12923670386199
4.3055-4.73850.17171950.12583614380999
4.7385-5.42320.17151830.13373661384499
5.4232-6.82940.2091730.15913665383899
6.8294-46.9450.18361890.1483646383599

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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