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- PDB-3pnx: Crystal structure of a putative sulfurtransferase dsrE (Swol_2425... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pnx
タイトルCrystal structure of a putative sulfurtransferase dsrE (Swol_2425) from Syntrophomonas wolfei str. Goettingen at 1.92 A resolution
要素Putative sulfurtransferase dsrE
キーワードTRANSFERASE / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-BIOLOGY
機能・相同性DsrE2-like family / DsrE/DsrF/DrsH-like family / DsrEFH-like / DsrEFH-like / Hypothetical Protein Ychn; Chain: A, / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Sulfide reductase
機能・相同性情報
生物種Syntrophomonas wolfei (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a putative sulfurtransferase dsrE (Swol_2425) from Syntrophomonas wolfei str. Goettingen at 1.92 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2010年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月20日Group: Structure summary
改定 1.32017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative sulfurtransferase dsrE
B: Putative sulfurtransferase dsrE
C: Putative sulfurtransferase dsrE
D: Putative sulfurtransferase dsrE
E: Putative sulfurtransferase dsrE
F: Putative sulfurtransferase dsrE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,87222
ポリマ－112,2026
非ポリマー66916
水3,333185
1
A: Putative sulfurtransferase dsrE
B: Putative sulfurtransferase dsrE
C: Putative sulfurtransferase dsrE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,43611
ポリマ－56,1013
非ポリマー3358
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9360 Å2
ΔGint-160 kcal/mol
Surface area18210 Å2
手法PISA
2
D: Putative sulfurtransferase dsrE
E: Putative sulfurtransferase dsrE
F: Putative sulfurtransferase dsrE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,43611
ポリマ－56,1013
非ポリマー3358
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9470 Å2
ΔGint-162 kcal/mol
Surface area17670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.416, 76.504, 127.652
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.080, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1116A3 - 159
2116B3 - 159
3116C3 - 159
4116D3 - 159
5116E3 - 159
6116F3 - 159
詳細ANALYTICAL SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORTS THE ASSIGNEMENT OF A TRIMER AS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION.

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要素

#1: タンパク質
Putative sulfurtransferase dsrE


分子量: 18700.412 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Syntrophomonas wolfei (バクテリア)
株: Goettingen / 遺伝子: Swol_2425 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q0AU90
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.63 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.67
詳細: 0.80M sodium chloride, 24.00% polyethylene glycol 600, 10.00% Glycerol, 0.1M sodium cacodylate pH 6.67, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91837,0.97960,0.97925
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月8日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI (111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.918371
20.97961
30.979251
反射解像度: 1.92→29.453 Å / Num. obs: 72995 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 37.721 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.027 / Net I/σ(I): 15.37
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.92-1.990.5661.42719213916194.7
1.99-2.070.3872.12748313916195.9
2.07-2.160.2633.12644413404196.5
2.16-2.280.1664.92901314699196.3
2.28-2.420.1156.92698213678196.6
2.42-2.60.07110.92667613535196.6
2.6-2.870.04915.22866214540196.5
2.87-3.280.02824.22661513535195.1
3.28-4.130.01738.32694413727194.6
4.13-29.4530.01447.52686613769194.4

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SHELX位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.92→29.453 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / SU B: 7.787 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.142
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. SODIUM (NA) AND CHLORIDE (CL) IONS HAVE BEEN MODELED INTO THE STRUCTURE. 4. ELECTRON DENSITY SUPPORTS THE MODELING OF CYS 120 ON THE SIX SUBUNITS IN THE ASYMMETRIC UNIT AS CYSTEINESULFONIC ACID (OCS). 5. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY 5. LEU 83 ON THE C AND E SUBUNITS AND ASN 82 ON THE E SUBUNIT ARE IN REGIONS WHERE ELECTRON DENSITIES ARE DISORDERED, AND THESE RESIDUES ARE RAMACHANDRAN OUTLIERS IN MOLPROBITY. 6. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 7. WATERS WERE EXCLUDED FROM AUTOMATIC TLS ASSIGNMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2152 3687 5.1 %RANDOM
Rwork0.1896 ---
obs0.1909 72993 98.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 90.23 Å2 / Biso mean: 51.769 Å2 / Biso min: 32.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.02 Å20 Å2-1.01 Å2
2---0.11 Å20 Å2
3----1.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→29.453 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7354 0 36 185 7575
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0227751
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025392
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2182.01510472
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.837313338
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.32351022
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.72725.783313
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.747151539
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.1881526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.21180
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.028511
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021433
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6781.54855
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1381.51947
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.28327764
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.93832896
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2734.52669
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 1834 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
ALOOSE POSITIONAL0.345
BLOOSE POSITIONAL0.35
CLOOSE POSITIONAL0.315
DLOOSE POSITIONAL0.225
ELOOSE POSITIONAL0.325
FLOOSE POSITIONAL0.245
ALOOSE THERMAL1.5810
BLOOSE THERMAL1.7310
CLOOSE THERMAL4.610
DLOOSE THERMAL1.1410
ELOOSE THERMAL2.4210
FLOOSE THERMAL3.710
LS精密化 シェル解像度: 1.919→1.969 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 271 -
Rwork0.266 4993 -
all-5264 -
obs--96.6 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3423-0.18240.30971.6824-0.28631.5823-0.04780.04770.1261-0.0333-0.0471-0.2228-0.1520.24420.09490.1180.03440.03110.17140.00590.167435.316715.322414.5671
22.2122-0.3140.24520.9396-0.01721.5965-0.0559-0.3188-0.07650.11470.07990.06770.1592-0.0025-0.0240.17280.02310.00430.10320.00380.173317.07622.615727.063
31.95070.0255-0.25871.4769-0.22191.57920.03040.04180.16650.0004-0.03820.102-0.0781-0.06050.00780.1730.0218-0.04150.1409-0.00440.151910.80220.628310.0189
41.8811-0.4290.63961.581-0.34431.75420.1036-0.2512-0.10990.0669-0.05610.1540.0347-0.135-0.04740.13420.00420.06110.2254-0.04750.11518.823432.824550.7891
52.3789-0.0716-0.2681.3498-0.18561.30280.03130.18550.1513-0.0863-0.0064-0.1273-0.21070.0016-0.02480.15090.00420.0280.1018-0.03520.195220.585749.013635.3389
61.16940.0131-0.282.0982-0.56211.2911-0.051-0.14150.04120.0763-0.0647-0.34040.10540.18340.11570.1148-0.0194-0.05080.2223-0.02970.151733.841333.024450.1903
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 159
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 159
3X-RAY DIFFRACTION3C3 - 159
4X-RAY DIFFRACTION4D0 - 159
5X-RAY DIFFRACTION5E3 - 159
6X-RAY DIFFRACTION6F3 - 159

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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