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- PDB-5kq4: Crystal structure of S. pombe Dcp1/Dcp2 in complex with H. sapien... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5kq4 | |||||||||
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Title | Crystal structure of S. pombe Dcp1/Dcp2 in complex with H. sapiens PNRC2 and synthetic cap analog | |||||||||
![]() |
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![]() | HYDROLASE / decapping mRNA decay Nudix cap analog | |||||||||
Function / homology | ![]() mRNA phosphatase activator activity / : / RNA decapping complex / mRNA methylguanosine-cap decapping / 5'-(N(7)-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase activity / deadenylation-independent decapping of nuclear-transcribed mRNA / mRNA 5'-diphosphatase activity / 5'-(N(7)-methylguanosine 5'-triphospho)-[mRNA] hydrolase activity / Hydrolases / mRNA cap binding ...mRNA phosphatase activator activity / : / RNA decapping complex / mRNA methylguanosine-cap decapping / 5'-(N(7)-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase activity / deadenylation-independent decapping of nuclear-transcribed mRNA / mRNA 5'-diphosphatase activity / 5'-(N(7)-methylguanosine 5'-triphospho)-[mRNA] hydrolase activity / Hydrolases / mRNA cap binding / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / P-body / mRNA processing / cytoplasmic stress granule / manganese ion binding / single-stranded RNA binding / mRNA binding / Golgi apparatus / magnesium ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Mugridge, J.S. / Ziemniak, M. / Jemielity, J. / Gross, J.D. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural basis of mRNA-cap recognition by Dcp1-Dcp2. Authors: Mugridge, J.S. / Ziemniak, M. / Jemielity, J. / Gross, J.D. | |||||||||
History |
| |||||||||
Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED | |||||||||
Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 279.2 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 29.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 39.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5kq1C ![]() 2qkmS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Details | Gel filtration, SDS PAGE performed. Chains (A,B,C) and (D,E,F) form a dimer in solution with one another. |
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Components
#1: Protein | Mass: 15335.479 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: 972 / ATCC 24843 / Gene: dcp1, SPBC3B9.21 / Production host: ![]() ![]() #2: Protein/peptide | Mass: 3365.766 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: unp residues 72-102 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #3: Protein | Mass: 28945.359 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: unp residues 1-244 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: 972 / ATCC 24843 / Gene: dcp2, SPAC19A8.12 / Production host: ![]() ![]() #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.48 Å3/Da / Density % sol: 50.45 % / Description: Plates |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 150 mM trilithium citrate, 13% PEG 3350, 0.05% mellitic acid, ~4 mM ZD3 soak |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Oct 1, 2015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.115869 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.55→50 Å / Num. obs: 29862 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.115 / Net I/av σ(I): 25.586 / Net I/σ(I): 11.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2QKM Resolution: 2.56→45.489 Å / SU ML: 0.42 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 28.43 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.56→45.489 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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