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Yorodumi- PDB-5kq4: Crystal structure of S. pombe Dcp1/Dcp2 in complex with H. sapien... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5kq4 | |||||||||
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Title | Crystal structure of S. pombe Dcp1/Dcp2 in complex with H. sapiens PNRC2 and synthetic cap analog | |||||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE / decapping mRNA decay Nudix cap analog | |||||||||
Function / homology | Function and homology information mRNA phosphatase activator activity / : / RNA decapping complex / mRNA methylguanosine-cap decapping / deadenylation-independent decapping of nuclear-transcribed mRNA / 5'-(N(7)-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase activity / 5'-(N(7)-methylguanosine 5'-triphospho)-[mRNA] hydrolase activity / Hydrolases / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / mRNA cap binding ...mRNA phosphatase activator activity / : / RNA decapping complex / mRNA methylguanosine-cap decapping / deadenylation-independent decapping of nuclear-transcribed mRNA / 5'-(N(7)-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase activity / 5'-(N(7)-methylguanosine 5'-triphospho)-[mRNA] hydrolase activity / Hydrolases / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / mRNA cap binding / : / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / P-body / mRNA processing / cytoplasmic stress granule / manganese ion binding / single-stranded RNA binding / Golgi apparatus / magnesium ion binding / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Schizosaccharomyces pombe (fission yeast) Homo sapiens (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.56 Å | |||||||||
Authors | Mugridge, J.S. / Ziemniak, M. / Jemielity, J. / Gross, J.D. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Nat.Struct.Mol.Biol. / Year: 2016 Title: Structural basis of mRNA-cap recognition by Dcp1-Dcp2. Authors: Mugridge, J.S. / Ziemniak, M. / Jemielity, J. / Gross, J.D. | |||||||||
History |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED | |||||||||
Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED |
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5kq4.cif.gz | 339.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5kq4.ent.gz | 279.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5kq4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kq/5kq4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kq/5kq4 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5kq1C 2qkmS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Details | Gel filtration, SDS PAGE performed. Chains (A,B,C) and (D,E,F) form a dimer in solution with one another. |
-Components
#1: Protein | Mass: 15335.479 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (yeast) Strain: 972 / ATCC 24843 / Gene: dcp1, SPBC3B9.21 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21*DE3 / References: UniProt: Q9P805 #2: Protein/peptide | Mass: 3365.766 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: unp residues 72-102 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: PNRC2, HSPC208 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21*DE3 / References: UniProt: Q9NPJ4 #3: Protein | Mass: 28945.359 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: unp residues 1-244 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (yeast) Strain: 972 / ATCC 24843 / Gene: dcp2, SPAC19A8.12 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21*DE3 / References: UniProt: O13828, Hydrolases #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.48 Å3/Da / Density % sol: 50.45 % / Description: Plates |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 150 mM trilithium citrate, 13% PEG 3350, 0.05% mellitic acid, ~4 mM ZD3 soak |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.3.1 / Wavelength: 1.115869 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Oct 1, 2015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.115869 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.55→50 Å / Num. obs: 29862 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.115 / Net I/av σ(I): 25.586 / Net I/σ(I): 11.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2QKM Resolution: 2.56→45.489 Å / SU ML: 0.42 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 28.43 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.56→45.489 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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