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- PDB-5kq4: Crystal structure of S. pombe Dcp1/Dcp2 in complex with H. sapien... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kq4
タイトルCrystal structure of S. pombe Dcp1/Dcp2 in complex with H. sapiens PNRC2 and synthetic cap analog
要素
  • Proline-rich nuclear receptor coactivator 2
  • mRNA decapping complex subunit 2
  • mRNA-decapping enzyme subunit 1
キーワードHYDROLASE / decapping mRNA decay Nudix cap analog
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA phosphatase activator activity / RNA decapping complex / mRNA methylguanosine-cap decapping / deadenylation-independent decapping of nuclear-transcribed mRNA / 5'-(N(7)-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase activity / 5'-(N(7)-methylguanosine 5'-triphospho)-[mRNA] hydrolase activity / 加水分解酵素 / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / mRNA cap binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay ...mRNA phosphatase activator activity / RNA decapping complex / mRNA methylguanosine-cap decapping / deadenylation-independent decapping of nuclear-transcribed mRNA / 5'-(N(7)-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase activity / 5'-(N(7)-methylguanosine 5'-triphospho)-[mRNA] hydrolase activity / 加水分解酵素 / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / mRNA cap binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / P-body / cytoplasmic stress granule / mRNA processing / manganese ion binding / single-stranded RNA binding / magnesium ion binding / Golgi apparatus / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Proline-rich nuclear receptor coactivator 1/2 / Proline-rich nuclear receptor coactivator motif / mRNA-decapping enzyme subunit 1 / Dcp1-like decapping family / mRNA decapping protein 2, Box A domain / mRNA decapping protein 2, Box A domain superfamily / mRNA decapping enzyme 2 , NUDIX hydrolase domain / Dcp2, box A domain / Dcp2, box A domain / NUDIX hydrolase, conserved site ...Proline-rich nuclear receptor coactivator 1/2 / Proline-rich nuclear receptor coactivator motif / mRNA-decapping enzyme subunit 1 / Dcp1-like decapping family / mRNA decapping protein 2, Box A domain / mRNA decapping protein 2, Box A domain superfamily / mRNA decapping enzyme 2 , NUDIX hydrolase domain / Dcp2, box A domain / Dcp2, box A domain / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / NUDIX domain / PH-domain like / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6VQ / mRNA decapping complex subunit 2 / Proline-rich nuclear receptor coactivator 2 / mRNA-decapping enzyme subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.56 Å
データ登録者Mugridge, J.S. / Ziemniak, M. / Jemielity, J. / Gross, J.D.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM078360 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM105313 米国
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structural basis of mRNA-cap recognition by Dcp1-Dcp2.
著者: Mugridge, J.S. / Ziemniak, M. / Jemielity, J. / Gross, J.D.
履歴
登録2016年7月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月19日Group: Database references
改定 1.22016年11月16日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.52019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: mRNA-decapping enzyme subunit 1
F: Proline-rich nuclear receptor coactivator 2
E: mRNA decapping complex subunit 2
A: mRNA-decapping enzyme subunit 1
C: Proline-rich nuclear receptor coactivator 2
B: mRNA decapping complex subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,1548
ポリマ－95,2936
非ポリマー1,8612
水48627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8990 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area38680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.067, 120.752, 91.849
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.90, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Gel filtration, SDS PAGE performed. Chains (A,B,C) and (D,E,F) form a dimer in solution with one another.

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要素

#1: タンパク質 mRNA-decapping enzyme subunit 1


分子量: 15335.479 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: dcp1, SPBC3B9.21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21*DE3 / 参照: UniProt: Q9P805
#2: タンパク質・ペプチド Proline-rich nuclear receptor coactivator 2


分子量: 3365.766 Da / 分子数: 2 / Fragment: unp residues 72-102 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PNRC2, HSPC208 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21*DE3 / 参照: UniProt: Q9NPJ4
#3: タンパク質 mRNA decapping complex subunit 2


分子量: 28945.359 Da / 分子数: 2 / Fragment: unp residues 1-244 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: dcp2, SPAC19A8.12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21*DE3 / 参照: UniProt: O13828, 加水分解酵素
#4: 化合物 ChemComp-6VQ / [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-7-methyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-7-ium-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-sulfanyl-phosphoryl] [[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-7-methyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-7-ium-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-sulfanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl] hydrogen phosphate


分子量: 930.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H34N10O19P4S2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.45 % / 解説: Plates
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 150 mM trilithium citrate, 13% PEG 3350, 0.05% mellitic acid, ~4 mM ZD3 soak

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.115869 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.115869 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→50 Å / Num. obs: 29862 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.115 / Net I/av σ(I): 25.586 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.55-2.613.90.940.626199.9
2.61-2.6740.9530.4321100
2.67-2.7340.9360.7431100
2.73-2.8140.4640.8611100
2.81-2.894.10.3680.9071100
2.89-2.9840.2820.9341100
2.98-3.094.10.2240.9631100
3.09-3.2140.1750.9741100
3.21-3.364.10.130.9861100
3.36-3.5440.2530.8341100
3.54-3.7640.1820.897199.9
3.76-4.0540.1670.921100
4.05-4.4540.0730.9921100
4.45-5.140.070.991100
5.1-6.423.90.0580.9951100
6.42-5040.0420.998199.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000v708cデータ削減
HKL-2000v708cデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootv0.8.2モデル構築
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QKM

2qkm


解像度: 2.56→45.489 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 1460 4.91 %
Rwork0.2065 --
obs0.2087 29761 99.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.56→45.489 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6347 0 114 27 6488
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036641
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6559021
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.1823933
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046965
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041135
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.56-2.65150.38041540.36472655X-RAY DIFFRACTION95
2.6515-2.75770.4211450.34012799X-RAY DIFFRACTION99
2.7577-2.88310.29031590.27092857X-RAY DIFFRACTION100
2.8831-3.03510.28041320.24742848X-RAY DIFFRACTION100
3.0351-3.22520.28521390.24722850X-RAY DIFFRACTION100
3.2252-3.47420.26521390.24822824X-RAY DIFFRACTION100
3.4742-3.82360.27091530.20682865X-RAY DIFFRACTION100
3.8236-4.37650.21771520.1882845X-RAY DIFFRACTION100
4.3765-5.51240.19511440.15882853X-RAY DIFFRACTION100
5.5124-45.49570.23821430.17492905X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.6143-1.28593.50317.41360.4592.5894-0.4367-0.94890.39690.96270.3844-0.4293-0.0917-0.2750.02610.48380.0351-0.10810.553-0.14250.541712.03912.262621.7916
29.3743-0.49884.6124.0524-0.346.23930.65010.7083-0.8428-0.40210.07580.47930.18050.3303-0.82950.4590.0069-0.06680.3186-0.04730.52290.52098.57524.2513
35.6394-2.36392.48391.20510.39598.011-0.1526-0.27950.6668-0.18410.1435-0.7648-0.65460.29130.1250.3405-0.06910.01380.323-0.04860.54198.766513.77318.8404
48.7122-6.0582.02697.02920.99835.6913-0.22450.0172-0.3785-0.74910.09120.4132-0.38390.08890.07210.4768-0.0148-0.13450.3897-0.00440.4633-3.632716.96814.2561
58.8998-2.6362-0.6495.0753-0.55336.8572-0.096-1.3930.25320.6724-0.2080.0136-0.774-0.47210.26090.40720.0168-0.10820.5121-0.05130.5873-3.787315.261614.8076
64.6441-2.65620.96534.855-1.25710.57121.5547-1.2146-1.5772-0.3530.49292.36231.509-0.0443-1.49310.64870.0277-0.1020.52480.13510.9395-8.33580.60855.8992
74.8279-3.37473.49125.6177-4.97294.48680.35580.2581-0.0776-1.916-0.41481.6942-0.595-0.16120.06450.66870.0553-0.10.4646-0.03150.4153-9.481916.0168-1.2925
82.3174-1.475-0.58933.27122.72662.52850.4031.956-1.5566-1.0702-0.64350.4146-2.0853-1.91450.69010.7941-0.01060.05571.4198-0.46861.0477-6.320116.2201-16.6032
93.7204-0.17550.85777.524-0.31667.6849-0.0046-0.5854-0.18540.7477-0.07690.1123-0.0209-0.22690.04350.3958-0.0312-0.09480.4075-0.01590.444514.7604-3.93120.4437
103.01330.3942-0.63075.39192.07797.21920.0618-0.0995-0.0234-0.0562-0.05490.220.6656-0.12610.04150.4144-0.01720.0160.29980.03030.391511.0803-22.386.0857
115.5749-0.0691-1.39357.52110.9488.8531-0.09560.06870.1124-0.59270.1936-0.4303-0.01320.5771-0.12040.4920.01010.03120.40160.04730.407120.3395-18.1152-2.0666
129.07760.5657-0.89315.62790.16656.64930.01391.0268-0.127-2.1846-0.1984-0.8691-2.6152-0.39840.54821.6604-0.02880.09830.711-0.17220.8999-7.151220.1494-47.0478
136.79972.5764-1.90865.2336-1.92664.40530.0325-1.10762.3829-0.1184-0.28911.8064-1.729-0.25240.30531.10630.26170.07740.8197-0.28621.0383-9.419426.0642-35.963
143.3498-1.56843.35215.0453-3.0223.8320.65250.0345-0.1459-0.4091-0.0603-0.6773-0.57161.6127-0.72431.0266-0.17150.04130.9098-0.14960.86723.388413.9248-29.96
155.4655-0.55182.58012.1893-1.63428.51040.2353-0.66350.02751.01740.2611-0.1537-0.5936-0.1902-0.6740.9955-0.0455-0.01370.7464-0.13520.71991.320613.7224-26.1885
169.31032.66933.00175.08281.12747.5038-0.4643-0.33941.3420.35770.1320.5331-0.76690.26240.43090.7524-0.06410.00440.716-0.14740.6657-5.765418.4619-31.6205
178.0272.6162.60564.33551.83887.1986-0.7701-0.02921.8257-0.94190.4736-0.782-1.7629-0.3820.39611.0154-0.0179-0.08480.5979-0.07560.9872-1.2124.7435-26.4899
182.31830.5753.39934.0890.48146.47080.18-0.21810.52610.73650.5661-1.4257-0.37490.4273-0.46560.9367-0.10940.01911.1288-0.50221.38537.432320.5651-23.3855
198.1041-3.98962.20217.9077-0.9995.75150.26611.18130.7752-1.40980.0274-2.4616-0.74131.2737-0.28460.9393-0.28770.40491.226-0.36471.34249.177119.8094-33.9111
200.99360.32150.23133.85691.75323.08540.1960.3066-0.73951.00971.1487-0.56580.40811.9593-1.38160.7780.34430.00231.597-0.17431.30919.12953.6821-28.5294
217.06920.3072.27884.779-1.36232.80320.80160.1593-1.5529-0.1743-0.32881.0395-1.4111.10380.24410.8949-0.0099-0.18441.2806-0.21461.180211.046915.9191-11.4606
226.0148-0.1152-1.49677.60153.46168.68360.0370.5049-0.019-0.4938-0.08570.1585-0.2927-0.20660.03220.59230.039-0.06890.55-0.02820.336-10.01763.7367-46.2735
235.63420.7404-2.10786.5785-2.60478.3429-0.1277-0.1182-0.2562-0.4755-0.0661-0.2241.00260.21110.1890.8080.01580.08260.6085-0.04190.4874-16.7799-19.2558-32.0101
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'D' and (resid 1 through 32 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'D' and (resid 33 through 59 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'D' and (resid 60 through 83 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 84 through 102 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'D' and (resid 103 through 126 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'F' and (resid 100 through 106 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'F' and (resid 107 through 114 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'F' and (resid 115 through 121 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'E' and (resid 0 through 82 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'E' and (resid 83 through 176 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'E' and (resid 177 through 240 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 1 through 19 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 20 through 26 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 27 through 39 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 40 through 59 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 60 through 76 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 77 through 83 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'A' and (resid 84 through 102 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'A' and (resid 103 through 124 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 99 through 106 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 107 through 121 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'B' and (resid -2 through 95 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'B' and (resid 96 through 239 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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