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- PDB-5kmz: Solution NMR structure of Tetrahymena telomerase RNA pseudoknot -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kmz
タイトルSolution NMR structure of Tetrahymena telomerase RNA pseudoknot
要素Telomerase RNA pseudoknot
キーワードRNA / telomerase / pseudoknot / triplex
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Tetrahymena thermophila (真核生物)
手法溶液NMR
データ登録者Cash, D.D. / Feigon, J.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM048123 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM007185 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB1022379 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: Structure of Tetrahymena telomerase reveals previously unknown subunits, functions, and interactions.
著者: Jiansen Jiang / Henry Chan / Darian D Cash / Edward J Miracco / Rachel R Ogorzalek Loo / Heather E Upton / Duilio Cascio / Reid O'Brien Johnson / Kathleen Collins / Joseph A Loo / Z Hong Zhou / Juli Feigon /
要旨: Telomerase helps maintain telomeres by processive synthesis of telomere repeat DNA at their 3'-ends, using an integral telomerase RNA (TER) and telomerase reverse transcriptase (TERT). We report the ...Telomerase helps maintain telomeres by processive synthesis of telomere repeat DNA at their 3'-ends, using an integral telomerase RNA (TER) and telomerase reverse transcriptase (TERT). We report the cryo-electron microscopy structure of Tetrahymena telomerase at ~9 angstrom resolution. In addition to seven known holoenzyme proteins, we identify two additional proteins that form a complex (TEB) with single-stranded telomere DNA-binding protein Teb1, paralogous to heterotrimeric replication protein A (RPA). The p75-p45-p19 subcomplex is identified as another RPA-related complex, CST (CTC1-STN1-TEN1). This study reveals the paths of TER in the TERT-TER-p65 catalytic core and single-stranded DNA exit; extensive subunit interactions of the TERT essential N-terminal domain, p50, and TEB; and other subunit identities and structures, including p19 and p45C crystal structures. Our findings provide structural and mechanistic insights into telomerase holoenzyme function.
履歴
登録2016年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2016年10月12日ID: 2N6Q
改定 1.02016年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / entity / pdbx_audit_support
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Telomerase RNA pseudoknot


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8891
ポリマ－9,8891
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5110 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: RNA鎖 Telomerase RNA pseudoknot


分子量: 9888.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Tetrahymena thermophila (真核生物)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D imino NOESY
122isotropic12D D2O NOESY
132isotropic12D TOCSY
144isotropic12D (H)CCH-COSY, 3D (H)CCH-TOCSY, 2D filtered/edited NOESY, 2D 1H-13C HSQC, 2D 1H-15N HSQC, jNN-COSY
153isotropic12D (H)CCH-COSY, 3D (H)CCH-TOCSY, 2D filtered/edited NOESY, 2D 1H-13C HSQC, 2D 1H-15N HSQC, jNN-COSY
165isotropic12D-HSQC-TROSY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution110 mM sodium phosphate, 50 mM potassium chloride, 1 mM RNA (31-MER), 90% H2O/10% D2OUnlabel_H2O90% H2O/10% D2O
solution210 mM sodium phosphate, 50 mM potassium chloride, 1 mM RNA (31-MER), 100% D2OUnlabel_D2O100% D2O
solution310 mM sodium phosphate, 50 mM potassium chloride, 1 mM [U-13C; U-15N]-Ade,Ura RNA (31-MER), 90% H2O/10% D2OAU_label90% H2O/10% D2O
solution410 mM sodium phosphate, 50 mM potassium chloride, 1 mM [U-13C; U-15N]-Gua, Cyt RNA (31-MER), 90% H2O/10% D2OGC_label90% H2O/10% D2O
solution510 mM sodium phosphate, 50 mM potassium chloride, 1 mM [U-13C; U-15N]-Ade, Ura, Cyt, Gua RNA (31-MER), 90% H2O/10% D2OAUGC_label90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
10 mMsodium phosphatenatural abundance1
50 mMpotassium chloridenatural abundance1
1 mMRNA (31-MER)natural abundance1
10 mMsodium phosphatenatural abundance2
50 mMpotassium chloridenatural abundance2
1 mMRNA (31-MER)natural abundance2
10 mMsodium phosphatenatural abundance3
50 mMpotassium chloridenatural abundance3
1 mMRNA (31-MER)[U-13C; U-15N]-Ade,Ura3
10 mMsodium phosphatenatural abundance4
50 mMpotassium chloridenatural abundance4
1 mMRNA (31-MER)[U-13C; U-15N]-Gua, Cyt4
10 mMsodium phosphatenatural abundance5
50 mMpotassium chloridenatural abundance5
1 mMRNA (31-MER)[U-13C; U-15N]-Ade, Ura, Cyt, Gua5
試料状態イオン強度: 50 mM / Label: condition_1 / pH: 6.3 / 圧: ambient / 温度: 283 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8001
Bruker DRXBrukerDRX6002
Bruker DRXBrukerDRX5003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR NIH2.42Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
X-PLOR NIH2.42Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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