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Yorodumi- PDB-4j4a: Crystal Structure of Engineered Trimeric Cortexillin-1 Coiled-Coi... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4j4a | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal Structure of Engineered Trimeric Cortexillin-1 Coiled-Coil Variant | ||||||
Components | Cortexillin-1 | ||||||
Keywords | DE NOVO PROTEIN / trimer / coiled-coil | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationlateral part of motile cell / sorocarp stalk morphogenesis / negative regulation of protein localization to cell cortex / actomyosin contractile ring contraction / adenylate cyclase-activating G protein-coupled cAMP receptor signaling pathway / regulation of myosin II filament assembly / chemotaxis to cAMP / protein localization to cleavage furrow / cell trailing edge / positive regulation of cytoskeleton organization ...lateral part of motile cell / sorocarp stalk morphogenesis / negative regulation of protein localization to cell cortex / actomyosin contractile ring contraction / adenylate cyclase-activating G protein-coupled cAMP receptor signaling pathway / regulation of myosin II filament assembly / chemotaxis to cAMP / protein localization to cleavage furrow / cell trailing edge / positive regulation of cytoskeleton organization / aggregation involved in sorocarp development / basal cortex / mitotic spindle midzone / actomyosin contractile ring / actin crosslink formation / sexual reproduction / detection of mechanical stimulus / alpha-catenin binding / cleavage furrow formation / bleb assembly / protein kinase regulator activity / cortical actin cytoskeleton organization / cortical actin cytoskeleton / cell leading edge / cleavage furrow / actin filament bundle assembly / mitotic cytokinesis / response to mechanical stimulus / phagocytic vesicle / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / cell projection / response to bacterium / cell morphogenesis / actin filament binding / intracellular protein localization / actin cytoskeleton / regulation of gene expression / actin cytoskeleton organization / cell cortex / vesicle / positive regulation of gene expression / identical protein binding / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.6499 Å | ||||||
Authors | Bjelic, S. / Steinmetz, M.O. / Kammerer, R.A. | ||||||
Citation | Journal: Plos One / Year: 2013Title: Structural basis for the oligomerization-state switch from a dimer to a trimer of an engineered cortexillin-1 coiled-coil variant. Authors: Bjelic, S. / Wieser, M. / Frey, D. / Stirnimann, C.U. / Chance, M.R. / Jaussi, R. / Steinmetz, M.O. / Kammerer, R.A. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 4j4a.cif.gz | 133.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb4j4a.ent.gz | 111.7 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 4j4a.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 4j4a_validation.pdf.gz | 501.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 4j4a_full_validation.pdf.gz | 503 KB | Display | |
| Data in XML | 4j4a_validation.xml.gz | 14 KB | Display | |
| Data in CIF | 4j4a_validation.cif.gz | 20.2 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/4j4a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/4j4a | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 4 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein/peptide | Mass: 3128.816 Da / Num. of mol.: 12 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 50.85 % |
|---|
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.6→50 Å / Num. all: 46235 / Num. obs: 46230 / % possible obs: 99.99 % / Observed criterion σ(F): 1.5 / Observed criterion σ(I): 1.5 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.6499→46.288 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8169 / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.99 / Phase error: 25.24 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 124.64 Å2 / Biso mean: 32.7673 Å2 / Biso min: 11.35 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6499→46.288 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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X-RAY DIFFRACTION
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