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- PDB-5kky: Structure of Streptococcus pneumonia NanA bound with inhibitor 9N... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kky
タイトルStructure of Streptococcus pneumonia NanA bound with inhibitor 9N3Neu5Ac2en
要素Sialidase A
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / Neuramibidase / sialidase / inhibitor / complex / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / intracellular membrane-bounded organelle / extracellular region / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Intramolecular trans-sialidase; domain 3 / Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 / Trans-sialidase, domain 3 / Glycoside hydrolase, family 33, N-terminal / Sialidase, N-terminal domain / BNR repeat-like domain / Laminin G domain / Laminin G domain / Sialidase family / Sialidase ...Intramolecular trans-sialidase; domain 3 / Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 / Trans-sialidase, domain 3 / Glycoside hydrolase, family 33, N-terminal / Sialidase, N-terminal domain / BNR repeat-like domain / Laminin G domain / Laminin G domain / Sialidase family / Sialidase / YSIRK type signal peptide / Neuraminidase - #10 / YSIRK Gram-positive signal peptide / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / Sialidase superfamily / LPXTG cell wall anchor domain / 6 Propeller / Neuraminidase / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6UD / Sialidase A
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.393 Å
データ登録者Shi, D. / Zhao, G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)R01HD065122 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Synthesis of selective inhibitors against S. pneumoniae and V. cholerae sialidases
著者: Slack, T.J. / Zhao, G.
履歴
登録2016年6月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年7月29日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sialidase A
B: Sialidase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,9806
ポリマ－111,2682
非ポリマー7124
水12,286682
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.325, 77.054, 85.810
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.520, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA

Dom-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1ASNASNchain AAA307 - 77726 - 496
2LYSLYSchain BBB307 - 77626 - 495

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要素

#1: タンパク質 Sialidase A / Neuraminidase A


分子量: 55634.047 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 318-792 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: nanA / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P62575, exo-alpha-sialidase
#2: 糖 ChemComp-6UD / 5-acetamido-2,6-anhydro-3,5,9-trideoxy-9-triazan-1-yl-D-glycero-D-galacto-non-2-enonic acid / (2~{R},3~{R},4~{S})-3-acetamido-2-[(1~{R},2~{R})-3-(2-azanylhydrazinyl)-1,2-bis(oxidanyl)propyl]-4-oxidanyl-3,4-dihydro -2~{H}-pyran-6-carboxylic acid


タイプ: D-saccharide / 分子量: 320.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H20N4O7
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 682 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100 mM Tris pH 8.5, 0.2 M lithium sulfate monohydrate, 25% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-D / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月10日
放射モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.393→50 Å / Num. obs: 38079 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/av σ(I): 9.43 / Net I/σ(I): 4.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.4-2.442.30.28187.5
2.44-2.492.80.261199.1
2.49-2.533.10.234199.9
2.53-2.593.40.23199.9
2.59-2.643.70.2261100
2.64-2.73.70.2071100
2.7-2.773.70.1871100
2.77-2.853.70.1751100
2.85-2.933.70.1531100
2.93-3.023.70.1351100
3.02-3.133.70.121100
3.13-3.263.70.1071100
3.26-3.413.70.0941100
3.41-3.583.70.0841100
3.58-3.813.70.081100
3.81-4.13.70.0721100
4.1-4.523.70.0661100
4.52-5.173.70.0611100
5.17-6.513.70.0641100
6.51-503.50.055197

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VVZ

2vvz


解像度: 2.393→22.801 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 20.35
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2074 1903 5 %
Rwork0.154 --
obs0.1567 38059 98.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 91.14 Å2 / Biso mean: 26.29 Å2 / Biso min: 11.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.393→22.801 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7449 0 46 682 8177
Biso mean--21.9 28.89 -
残基数----941
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0087673
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.14610370
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0751095
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051356
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0522937
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4552X-RAY DIFFRACTION4.492TORSIONAL
12B4552X-RAY DIFFRACTION4.492TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3929-2.45270.23731180.17742253237186
2.4527-2.51890.25031360.179525642700100
2.5189-2.5930.26241360.171525932729100
2.593-2.67650.25581370.181526042741100
2.6765-2.7720.25441370.175725972734100
2.772-2.88280.25071360.172925932729100
2.8828-3.01370.24491370.172126022739100
3.0137-3.17220.25941370.16725952732100
3.1722-3.37040.23691360.164226052741100
3.3704-3.62970.20631380.148426082746100
3.6297-3.99320.20311380.1426182756100
3.9932-4.5670.16161380.130126152753100
4.567-5.73870.14961380.13326402778100
5.7387-22.80240.17081410.152226692810100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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