[日本語] English
万見
- PDB-3h73: Crystal structure of Streptococcus pneumoniae D39 neuraminidase A... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h73
タイトルCrystal structure of Streptococcus pneumoniae D39 neuraminidase A precursor (NanA) in complex with DANA
要素Sialidase A
キーワードHYDROLASE / six-bladed beta-propeller / Cell wall / Glycosidase / Peptidoglycan-anchor / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / extracellular region / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Intramolecular trans-sialidase; domain 3 / Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 / Glycoside hydrolase, family 33, N-terminal / Trans-sialidase, domain 3 / Sialidase, N-terminal domain / BNR repeat-like domain / Laminin G domain / Laminin G domain / Sialidase family ...: / Intramolecular trans-sialidase; domain 3 / Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 / Glycoside hydrolase, family 33, N-terminal / Trans-sialidase, domain 3 / Sialidase, N-terminal domain / BNR repeat-like domain / Laminin G domain / Laminin G domain / Sialidase family / Sialidase / YSIRK type signal peptide / Neuraminidase - #10 / YSIRK Gram-positive signal peptide / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / Sialidase superfamily / LPXTG cell wall anchor domain / 6 Propeller / Neuraminidase / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-DEOXY-2,3-DEHYDRO-N-ACETYL-NEURAMINIC ACID / Sialidase A
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Hsiao, Y.-S. / Tong, L.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2009
タイトル: Crystal structures of respiratory pathogen neuraminidases
著者: Hsiao, Y.-S. / Parker, D. / Ratner, A.J. / Prince, A. / Tong, L.
履歴
登録2009年4月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp / struct_site / struct_site_gen / Item: _chem_comp.type / 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Sialidase A
B: Sialidase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,7264
ポリマ－107,1442
非ポリマー5832
水27,7251539
1
A: Sialidase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,8632
ポリマ－53,5721
非ポリマー2911
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Sialidase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,8632
ポリマ－53,5721
非ポリマー2911
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)158.340, 47.400, 137.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.45, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Sialidase A / Neuraminidase A


分子量: 53571.906 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 317-793 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
株: R6 / 遺伝子: nanA, spr1536 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Star / 参照: UniProt: P62576, exo-alpha-sialidase
#2: 糖 ChemComp-DAN / 2-DEOXY-2,3-DEHYDRO-N-ACETYL-NEURAMINIC ACID / Neu5Ac2en / N-アセチル-2,3-ジデヒドロ-2-デオキシ-α-ノイラミン酸


タイプ: D-saccharide / 分子量: 291.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H17NO8
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1539 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.87 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100 mM Hepes, 30% Jeffamine ED-2001, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.9798 / 波長: 0.981 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月18日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97981
20.9811
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. obs: 93762 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 11.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 36.541
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Mean I/σ(I) obs: 14.6 / Num. unique all: 8694 / % possible all: 86.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
COMO位相決定
CNS1.2精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→27.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 734818.06 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.209 7032 7.5 %RANDOM
Rwork0.178 ---
all0.178 ---
obs0.178 93563 92.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 37.9284 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 14.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.61 Å20 Å21.44 Å2
2--0.85 Å20 Å2
3---0.76 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.21 Å0.17 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.12 Å0.07 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→27.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7518 0 40 1539 9097
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.83
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.051.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.62
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.832
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.62.5
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 1074 7.5 %
Rwork0.205 13240 -
obs-13240 85.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5dan.pardan.top

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る