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- PDB-3vk7: Crystal structure of DNA-glycosylase bound to DNA containing 5-Hy... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3vk7 | ||||||
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Title | Crystal structure of DNA-glycosylase bound to DNA containing 5-Hydroxyuracil | ||||||
![]() |
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![]() | HYDROLASE/DNA / DNA glycosylase / hNEIL1 ortholog / DNA LESION / 5-Hydroxyuracil / Zincless finger / DNA binding / HYDROLASE-DNA complex | ||||||
Function / homology | ![]() DNA-formamidopyrimidine glycosylase / 8-oxo-7,8-dihydroguanine DNA N-glycosylase activity / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / base-excision repair / damaged DNA binding / zinc ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Imamura, K. / Averill, A. / Wallace, S.S. / Doublie, S. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural characterization of viral ortholog of human DNA glycosylase NEIL1 bound to thymine glycol or 5-hydroxyuracil-containing DNA Authors: Imamura, K. / Averill, A. / Wallace, S.S. / Doublie, S. #1: ![]() Title: Structural characterization of a viral NEIL1 ortholog unliganded and bound to abasic site-containing DNA Authors: Imamura, K. / Wallace, S.S. / Doublie, S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 132.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 478.6 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 488.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 30.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 44.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3vk8C ![]() 3a46S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1
NCS ensembles :
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Components
#1: Protein | Mass: 34581.367 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: E3Q Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q5UQ00, DNA-formamidopyrimidine glycosylase, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase #2: DNA chain | Mass: 4056.646 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Details: complementary DNA #3: DNA chain | Mass: 3904.521 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Details: DNA containing 5-hydroxyuracil #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.29 Å3/Da / Density % sol: 46.31 % / Mosaicity: 0.561 ° |
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Crystal grow | Temperature: 285 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.3 Details: PEG 3350, HCOONa, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Oct 15, 2010 / Details: mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: DOUBLE CRYSTAL CRYO-COOLED SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0332 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.1→50 Å / Num. all: 45100 / Num. obs: 41763 / % possible obs: 92.6 % / Redundancy: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 25.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Χ2: 1.117 / Net I/σ(I): 7.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 3A46 Resolution: 2.1→28.296 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.7917 / SU ML: 1.17 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1 / Phase error: 28.03 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.299 Å2 / ksol: 0.363 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 85.98 Å2 / Biso mean: 25.4534 Å2 / Biso min: 6.71 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→28.296 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27
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